Chromium 单细胞固定RNA分析

锁定细胞状态,消除基因表达的时间限制

固定RNA分析提供单细胞全转录组基因表达和混样功能,以分析数百到一百万个细胞。在样本采集点进行固定可保留脆弱样本的生物学特征,并大大简化工作流程,带来更多样本的宝贵见解。

单细胞固定RNA分析

Resources:

  • 保留细胞状态

    保留细胞状态

    固定可锁定生物学状态,并保存脆弱或快速变化的细胞。

  • 高灵敏度

    高灵敏度

    以单细胞分辨率和高灵敏度实现低表达基因的检测。

  • 按照您的规划安排实验

    按照您的规划安排实验

    通过存储样本来消除时间限制,直到您准备好处理这些样本。

  • 扩大规模

    扩大规模

    批量和混样处理样本可实现便捷的工作流程、节约成本和效率最大化。

  • 简化数据分析

    简化数据分析

    使用简单易用的软件探究并解释基因表达谱。

  • 支持样本制备

    支持样本制备

    利用示范性的实验方案和指南优化多种样本类型的处理。

您可以做什么

解锁纵向和更大规模患者队列研究

在不折损数据质量的情况下保存样本,能够使您在同一次运行中批量分析样本,并最大限度地减少可变性。

从手术室进行组织活检

通过锁定采样时的细胞状态,简化样本制备和处理流程。

锁定并保存迅速变化的细胞状态

以较短的时间尺度进行研究,其中样本会因治疗或扰动而迅速变化。

单细胞分辨率下的差别基因表达

同时进行基因表达与细胞表面蛋白的高灵敏度检测。

完整的端到端解决方案

Chromium X系列

Chromium X系列

Our scalable instrument for all single cell assays.

View instrument

Chromium单细胞固定RNA分析试剂盒

Chromium单细胞固定RNA分析试剂盒

使用我们的试剂盒,通过PFA固定人类或小鼠样本进行单细胞、全转录组分析,包括同时检测细胞表面蛋白,从而探究细胞多样性。

分析与可视化软件

分析与可视化软件

数据处理平台

数据分析产品线

可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

Scroll to see the base workflow for Single Cell Fixed RNA Profiling. Options are included for sample multiplexing or use of the Feature Barcode kit for Cell Surface Protein detection.

  1. 1Step 1

    采集样本

    从数万到数百万个细胞开始。遵循样品制备的最佳实践,以获得高质量的单细胞悬液。如果需要,可以使用Feature Barcode技术对细胞进行标记,以同时分析细胞表面蛋白和基因表达。

    • 单细胞悬液制备指南
    • 细胞表面蛋白标记的示范方案
  2. 2Step 2

    样本固定&透化

    按照我们简单的方案用多聚甲醛(PFA)固定样本,同时锁定生物学状态并保存脆弱细胞。此时,样本可在-80℃进行安全运输或将储存,直到您准备好处理这些样本为止。

    资源
  3. 3Step 3

    构建10x文库

    将探针组与固定样本杂交,然后在Chromium iX或X仪器上进行连接和延伸反应,构建10x条形码文库。在每个纳升规模的分区反应体系内,细胞发生以RNA为模板的连接,因此每个由此生成的产物都共享一个来自其单个来源细胞的10x条形码。 对于混样工作流程,将您的样本与探针组杂交,把这些样本合并在一起,再照常进行操作——在Chromium芯片的单个通道中最多混合16个样本。在这种情况下,附加在每组探针的另一个独特条形码可使您将每个单独的分子分配回它来自的样本。

    资源
  4. 4Step 4

    测序

    由此获得的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准NGS短读长测序相兼容,可一次对数十万个单细胞进行大规模转录分析。

    资源
  5. 5Step 5

    分析数据并使其可视化

    使用我们的Cell Ranger分析软件生成每个细胞的基因表达谱,识别具有相似表达谱的细胞簇,并汇总来自多个样本的数据。使用我们的Loupe Browser可视化软件交互式地探索结果。

    数据分析流程的输出

    内容输出内容包括QC信息和易用于在我们Loupe Browser可视化软件或第三方R或Python工具中进行进一步分析的文件。

    资源

常见问题

它可以使用基于探针的方法对单细胞的转录组(人或小鼠)进行全面分析。Feature Barcode技术的使用能够同时分析细胞表面蛋白表达,从而获得对复杂生物学的多维度认识。该分析技术还支持样本混样处理,以提高通量和工作流程效率。

在所测试的样本类型中,单细胞固定 RNA 分析检测与单细胞3’基因表达相比具有相同或更高的灵敏度。

样本固定可保留细胞状态,消除使单细胞分析具有挑战性的时间限制。该固定方案能够实现珍贵和/或脆弱样本从采集点到进行样本处理的研究中心的运输,例如中心实验室或服务商。

固定还能够提高样本批处理的效率,简化工作流,并降低可变性。固定还可中和感染因子,并且在正确验证此步骤后,可能不再需要在BSL-3实验室中处理样本。

人类(不久后可支持小鼠)样本与该分析兼容。从新鲜单细胞悬液开始,并遵照我们的固定方案。

Cell Ranger是一组分析流程,可自动生成每个细胞的表达谱,并识别具有相似表达谱的细胞簇。随后,我们的可视化软件Loupe Browser可用于交互式探索结果。这两个工具都能从我们的支持网站免费下载,您可在自己的计算机上分析10x Genomics数据集。

10x Genomics云分析目前只在美国提供支持,可通过一个简单的网页界面处理您的单细胞固定RNA分析数据,利用优化的、可扩展的基础设施来快速获得结果。用户能够通过此云界面设置和运行Cell Ranger流程。

相关产品

查看所有产品

产品

单细胞固定RNA分析

View details

单细胞基因表达

View details

单细胞免疫分析

View details

单细胞ATAC

View details

性能

  • Whole transcriptome gene expression
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究

拓展

  • 细胞表面蛋白
  • 细胞表面蛋白
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测
  • 细胞表面蛋白
  • 抗原特异性
  • CRISPR筛选

仪器

  • Chromium X系列单细胞系统
Single Cell Gene Expression

立即开始