Chromium 单细胞免疫受体映射

大规模地发现抗原特异性的受体

您现在可以大规模地分离抗原特异性的B细胞和T细胞受体。对数百个至数万个B细胞或T细胞开展分析,筛选多个抗原或表位的结合特异性。获得相应的全长配对的受体序列,用于下游的表达和功能检测。

单细胞免疫受体映射

Resources:

  • 可扩展的抗原筛选

    可扩展的抗原筛选

    在单个反应中对成千上万个T细胞和B细胞进行抗原筛选。

  • 有价值的见解

    有价值的见解

    在数天内获得功能性免疫受体的序列及抗原特异性。

  • 灵活的样本起始量

    灵活的样本起始量

    与磁珠分选和流式分选等样本富集方法兼容。

  • 兼容的合作伙伴

    兼容的合作伙伴

    借助我们合作伙伴的专业知识来获得现有产品或定制产品。

  • 整合的工作流程

    整合的工作流程

    覆盖从细胞到抗原特异性的受体序列的全过程,可发现新型TCR或抗体。

  • 简化的数据分析

    简化的数据分析

    探索和观察克隆型、组库多样性、克隆扩增等。

探索您的应用

  • 大规模的B细胞受体映射

  • 了解T细胞组库的特异性

  • 全面鉴定抗原的免疫反应

  • 轻松扩展您的抗原特异性研究

久经考验的结果

久经考验的结果

视频

了解研究人员如何使用10x Genomics的产品来探索免疫系统。

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文献

High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity

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Cell, 2019, Ian Setliff et al.

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Massively Parallel Single-Cell B-Cell Receptor Sequencing Enables Rapid Discovery of Diverse Antigen-Reactive Antibodies

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Communications Biology, 2019, Leonard D. Goldstein et al.

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Human Thymopoiesis Selects Unconventional CD8+ α/β T Cells That Respond to Multiple Viruses

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bioRxiv, 2020, Valentin Quiniou et al.

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资源

查找最新的应用指南及其他文档

A New Way of Exploring Immunity—Linking Highly Multiplexed Antigen Recognition to Immune Repertoire and Phenotype

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Application Note, 10x Genomics

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Redefining Cellular Phenotyping: Comprehensive Characterization and Resolution of the Antigen-Specific T Cell Response

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Application Note, 10x Genomics

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完整的解决方案

基于Next GEM技术的Chromium仪器

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小巧灵活

Chromium单细胞免疫分析试剂

Chromium单细胞免疫分析试剂

使用我们的试剂盒,从多个维度探索适应性免疫,包括5’mRNA、全长配对的BCR和TCR序列、抗原-受体特异性、细胞表面蛋白等。

分析和可视化软件

分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

必需的组件

单细胞免疫受体映射可通过10x Genomics的下列产品来实现:

兼容的合作伙伴产品

Immudex dCODE Dextramer® 试剂

    BioLegend TotalSeq™ 抗体

    工作流程

    1. 1Step 1

      制备样本

      用理想的抗原或与独特的寡核苷酸条形码偶联的pMHC多聚体来标记细胞。通过流式分选或磁珠分选来富集细胞群体,具体取决于抗原特异性细胞的预期比例。在富集后,直接通过10x Genomics的Chromium GEM技术来捕获样本。兼容的细胞悬液包括解离的肿瘤细胞、细针穿刺样本、TIL和PBMC等。

      资源
    2. 2Step 2

      构建10x文库

      采用试剂盒和Chromium Controller来构建带有条形码的10x文库。Chromium Controller将每个带有10x条形码的凝胶珠的细胞封装在单个液滴中。在每个纳升级的液滴中,细胞经过逆转录生成cDNA,其中单个细胞的所有cDNA都带有共同的10x条形码。

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    3. 3Step 3

      测序

      上一步所生成的带有10x条形码的文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现数千个单细胞的免疫分析和转录分析。

      资源
    4. 4Step 4

      数据分析

      Cell Ranger可将原始的测序数据转化成有生物学意义的见解。Cell Ranger能够处理基因表达、配对的免疫受体组库序列、细胞表面蛋白和抗原特异性的数据。

      分析流程结果输出

      输出结果包括质控信息和文件,这些文件可轻松用于Loupe Browser可视化软件或第三方R工具及Python工具的进一步分析。

      资源
    5. 5Step 5

      数据可视化

      Loupe Browser和Loupe V(D)J Browser软件可根据不同的标志物来定义和比较细胞类型。

      该软件只对生物信息学家友好吗?

      Loupe是点选式软件,任何人都可以轻松下载和使用。

      资源

    常见问题

    通过使用Immudex的dCODE Dextramer® 试剂,10x Genomics为确定T细胞的抗原特异性提供了一个全方位支持的工作流程。这个流程可在单细胞水平上鉴定与您感兴趣的表位相结合的配对受体。范德堡大学最近报道的一项技术可用来确定B细胞的抗原特异性(Ian Setliff et al., High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity. Cell, doi: 10.1016/j.cell.2019.11.003)。

    抗原特异性数据可用于多种类型的分析,包括高通量的抗体发现、疫苗设计、新抗原鉴定以及高分辨率的免疫分析研究等。

    大多数的多聚体分析是基于荧光的,这意味着多聚体分子要连接荧光标记物,才能用于抗原特异性细胞的分选。这类研究可提供细胞群体中抗原特异性细胞的数量。通过单细胞免疫分析,您不仅能够获得该信息,还能获得单细胞水平上的抗原特异性受体的全长配对序列和基因表达数据。这些数据合起来提供了免疫反应的完整图谱。

    由于抗原特异性的细胞群体很稀少,我们建议在制备10x Genomics文库之前分选出抗原阳性的细胞,但最终取决于实验目的。

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    单细胞基因表达

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    空间基因表达

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    单细胞多组学ATAC + 基因表达

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    性能

    • 3’转录组基因在组织中的表达
    • 靶向基因表达
    • 多样本混合检测
    • 3’转录组基因在组织中的表达
    • 靶向基因表达
    • 兼容FFPE组织切片和新鲜冷冻组织切片
    • 在同一个单细胞核中进行转录组和开放染色质的联合分析

    扩展应用

    • 细胞表面蛋白
    • CRISPR筛选
    • 多样本混合检测
    • 免疫荧光蛋白共检测

    仪器

    • Chromium X系列单细胞系统
    • Chromium Controller
    • Chromium Connect
    Single Cell Gene Expression

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