Visium 空间蛋白质组学

组织分析层面的转录组和蛋白共检测

将同一块组织切片的全转录组空间分析与免疫荧光蛋白检测结合起来。通过共定位的蛋白检测和基因表达分析,更深入、更全面地了解组织结构。

空间蛋白质组学
  • 全面提升您的见解

    全面提升您的见解

    将蛋白、总mRNA和形态学分析相融合,更深入、更完整地评估您的样本。

  • 分析整块组织切片

    分析整块组织切片

    将蛋白和全转录组表达可视化,而无需选择感兴趣的区域。

  • 触手可及的技术

    触手可及的技术

    使用标准的显微镜、免疫荧光染色操作以及抗体。

  • 简化的数据分析

    简化的数据分析

    通过轻松易用的软件将组织学或蛋白表达谱与基因表达数据结合起来。

  • 一天的实验流程

    一天的实验流程

    从组织切片到可立即测序的文库,整个流程只需一天。

  • 与多种样本兼容

    与多种样本兼容

    在小鼠和人的多种组织上演示过

探索您的应用

  • 全面了解疾病复杂性

  • 发现新的生物标志物,并鉴定新的细胞类型和状态

  • 定位细胞图谱的空间结构

  • 鉴定基因表达的时空模式

灵活的多组学空间分析

将蛋白表达数据与全转录组分析相结合,获得多组学信息,或采用靶向基因表达基因组合,重点关注您感兴趣的基因。

靶向基因表达基因组合

您可以从预先设计的癌症、免疫学、神经科学和基因签名基因组合中选择,自行添加多达200个自定义基因,也可以设计完全自定义的基因组合。

高度多重的蛋白检测(即将推出)

借助Feature Barcode技术开展多组学分析,与荧光标记方法相比,检测到的蛋白数量大大增加。

有了我们全面的解决方案,您将实现:

有力探索

通过蛋白检测和全转录组分析,设想新发现的细胞类型、状态和生物标志物的空间结构。

无缝整合

验证新发现或探索新假设,并且能够采用相同的文库,在全转录组分析和靶向分析之间无缝转换。

重点扩展

在蛋白表达模式的指导下,将高通量的空间基因表达与高效的靶向基因组合相结合,可以从几个感兴趣的基因扩展到所有相关的基因和通路。

久经考验的结果

久经考验的结果

视频

观看客户如何使用空间基因表达。

完整的解决方案

Visium空间组织优化玻片

Visium空间组织优化玻片

可在现有的实验室基础设施中轻松使用,而无需购买新仪器。

Visium空间基因表达试剂

Visium空间基因表达试剂

使用我们的试剂盒,您可以捕获整张组织切片上的全转录组基因表达和空间分布信息。

数据分析和可视化软件

数据分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

所需的产品

Visium空间蛋白质组学可通过下列10x Genomics产品来实现:

分析和可视化软件:

其他所需的材料:

  • 支持组织学或免疫荧光染色方案所需的设备和试剂
  • 用于数字图像捕获和导出的显微镜设备
  • 测序设备

资源

我们的支持页面提供了Visium空间工作流程所用产品的详细清单以及推荐的兼容产品。

工作流程

  1. 1Step 1

    样本制备

    包埋、切片,并将新鲜冷冻的组织放置在基因表达玻片的捕获区。每个捕获区含有数千个带条形码的点(spot),每个点所包含的数百万条捕获寡核苷酸均带有特异性的空间条形码。

    资源
  2. 3Step 3

    组织透化和文库构建

    对组织进行透化处理,从细胞中释放出mRNA,这些mRNA与点上带有空间条形码的寡核苷酸相结合。通过逆转录反应从捕获的mRNA中生成cDNA。将带有条形码的cDNA合并后进行下游处理,制备出可立即测序的文库。

    资源
  3. 4Step 4

    测序

    上一步所生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现整张组织切片的大规模转录分析。

    资源
  4. 5Step 5

    数据分析和可视化

    Space Ranger分析软件可处理您的空间基因表达数据,而Loupe Browser可视化软件可帮助您交互式地探索实验结果。

    只有生物信息学家才能使用Loupe吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都能轻松下载和使用。

    资源

常见问题

随着带有免疫荧光功能的Visium空间基因表达的发布,Visium分析和可视化软件现在每次可显示免疫染色样本的六种荧光信号。10x Genomics已采用带有免疫荧光的Visium空间基因表达流程验证了四种荧光信号的检测,并支持多达三种抗体以及DAPI。最终可检测到的蛋白最大数量将取决于您的实验设计和成像系统配置。

是的,与Visium结合使用的IF方案与标准的IF方案有几个主要差别。请参阅IF演示方案,了解详细信息。

由于Visium分析的灵敏度高,IF对Visium性能的影响可能因组织而异。不过,H&E和IF之间的基因表达空间结构和细胞簇检测具有可比性。

Visium与含有mRNA的新鲜冷冻组织兼容。就目前而言,Visium空间基因表达不兼容固定样本。不过,这正是我们积极努力希望在未来实现的目标。

查看内部成功测试的组织

10x Genomics提供了两种类型的软件,可以帮助您分析数据:Space Ranger和Loupe Browser。Space Ranger这款分析软件能够自动地将空间基因表达信息与组织图像相叠加,鉴定出转录图谱相似的数据点集合。随后,您可以采用Loupe Browser可视化软件来交互式地探索实验结果。Space Ranger和Loupe Browser可从10x Genomics支持页面上免费下载。

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产品

空间基因表达

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单细胞基因表达

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单细胞免疫分析

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单细胞ATAC

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性能
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 兼容FFPE组织切片和新鲜冷冻组织切片
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究
扩展应用
  • Spatial Gene Expression with Immunofluorescence
  • 免疫荧光蛋白共检测
  • 多样本混合检测
仪器
Single Cell Gene Expression

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