Chromium シングルセルFixed RNAプロファイリング

細胞の状態を固定し、遺伝子発現の時間的制約を除去

Fixed RNAプロファイリングは、シングルセル全体のトランスクリプトーム遺伝子発現と、数百から数百万の細胞のプロファイリングが可能なルチプレックス機能を提供します。サンプル採取時に固定化することで、壊れやすい生物学的情報を維持し、ワークフローを大幅に合理化して、より多くのサンプルについて重要な知見を提供します。

シングルセルFixed RNAプロファイリング

Resources:

  • 細胞の状態を維持

    細胞の状態を維持

    固定化により、生物学的な状態を固定し、脆弱な細胞や急速に変化する細胞を保護することができます。

  • 高感度

    高感度

    低発現の遺伝子をシングルセル解像度で高感度に検出します。

  • スケジュールに従って実行

    スケジュールに従って実行

    サンプル処理の準備が出来るまでサンプルを保存することで、時間的な制約をなくします。

  • 規模に応じた設計

    規模に応じた設計

    サンプルをバッチ又はマルチプレックス処理することで、便利なワークフロー、コスト削減、最大限の効率化を実現します。

  • データ解析の効率化

    データ解析の効率化

    簡単操作のソフトウェアにより、遺伝子発現プロファイルを探索し、解釈することができます。

  • サンプル調製のサポート

    サンプル調製のサポート

    実証されたプロトコルとガイダンスを利用して、多種多様なサンプルの取扱いを最適化します。

お客様ができること

長期的かつ大規模な患者コホート研究への展開

データ品質を損なうことなくサンプルを保存することで、複数のサンプルを同一ランでバッチ処理し、ばらつきを抑えることができます。

手術室からのプロファイル組織生検

収集時に細胞状態を固定することにより、サンプル調製と処理プロセスを合理化します。

急速に変化する細胞状態を固定して保存

処理や摂動に反応してサンプルが急速に変化するような、短いタイムスケールで研究を行うことができます。

シングルセル分解能での差次的遺伝子発現

遺伝子発現と細胞表面タンパク質を同時に高感度に測定します。

エンドツーエンドソリューション

Chromium X Series

Chromium X Series

シングルセルアッセイ用の拡張性の高い装置

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ChromiumシングルセルFixed RNAプロファイリングキット

ChromiumシングルセルFixed RNAプロファイリングキット

試薬キットを用いて、細胞表面タンパク質の同時測定の他、PFAで固定したヒトまたはマウスサンプルのシングルセル、全トランスクリプトーム解析を通じて細胞の多様性を探求することができます。

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

データ処理プラットフォーム

解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

世界最高水準のテクニカルとカスタマーサポート

世界最高水準のテクニカルとカスタマーサポート

専門サポートチームには、電話またはメールでお問い合わせいただけます。

ワークフロー

シングルセルFixed RNAプロファイリングの基本的なワークフローをスクロールしてご覧ください。サンプルのマルチプレキシングまたは細胞表面タンパク質検出用のFeature Barcodeキットを使用するためのオプションが含まれます。

  1. 1Step 1

    サンプルの採取

    数万から数百万の細胞から始めます。サンプル調製の過去の事例をもとに、高品質のシングルセル懸濁液が得られます。必要に応じて、Feature Barcode技術を用いて細胞を染色し、遺伝子発現と同時に細胞表面タンパク質をプロファイリングします。

    参考資料
    • シングルセル懸濁液調製ガイド
    • 細胞表面タンパク質標識のための実証されたプロトコル
  2. 2Step 2

    サンプルの固定と透過処理

    簡単なプロトコルに従って、パラホルムアルデヒド(PFA)中でサンプルを固定し、生物学的な状態で固定し、脆弱な細胞を保存しますこの時点で、サンプルを安全に輸送したり、作業の準備ができるまで、-80℃で保管したりすることができます。

    参考資料
  3. 3Step 3

    10xライブラリーの構築

    プローブセットを固定したサンプルにハイブリダイズさせ、Chromium iXまたはXでライゲーションおよび伸長反応を行い、10xバーコードライブラリーを構築します。各ナノリットルスケールのパーティション内で、細胞はRNAテンプレートのライゲーションを受け、結果として得られる各製品は、その起源の個々の細胞からの10xバーコードを共有します。 マルチプレックスワークフローでは、サンプルをプローブセットにハイブリダイズさせ、サンプルをプールすることで、Chromiumチップの単一レーンに最大16のサンプルをまとめて処理することができます。この場合、プローブの各セットに別の固有のバーコードが付けられているため、個々の分子を元のサンプルに戻すことができます。

    参考資料
  4. 4Step 4

    シーケンス

    得られた10xバーコードライブラリーは、Illuminaシーケンサー上の標準的なNGSショートリードシーケンシングと互換性があり、一度に数十万個の個別の細胞の大規模な転写プロファイリングを行うことができます。

    参考資料
  5. 5Step 5

    データ解析と視覚化

    解析ソフトウェアCell Rangerの使用により、各細胞の発現プロファイルを生成し、類似したプロファイルを持つ細胞のクラスターを同定し、複数サンプルのデータを集約することができます。視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用することで、結果をインタラクティブに検索できます。

    解析パイプラインの出力

    出力にはQC情報と、視覚化ソフトウェアLoupe BrowserやサードパーティのRやPythonツールで更なる解析に簡単に使用できるファイルが含まれています。

    参考資料

よくある質問

プローブベースのアプローチを用いて、シングルセルからのトランスクリプトーム(ヒトまたはマウス)の包括的なプロファイリングを可能にします。Feature Barcode技術の追加により、細胞表面タンパク質発現の同時プロファイリングが可能になり、複雑な生物学への多面的な知見が得られます。また、このアッセイによりサンプルのマルチプレックスが可能になり、スループットとワークフローの効率を向上させることができます。

テストしたサンプルタイプにおいて、シングルセルFixed RNAプロファイリングアッセイは、シングルセル3'遺伝子発現アッセイと比較して、同等以上の感度です。

サンプルの固定により、細胞状態を維持し、シングルセル解析を困難にする時間の制約がなくなります。固定プロトコルにより、貴重で壊れやすいサンプルを収集地点からコアラボやサービスプロバイダーなどの中央施設に輸送し、処理すること可能にします。

また細胞固定は、サンプルバッチにおけるより大きな効率を可能にし、これにより、ワークフローはより便利になり、ばらつきをが減少します。固定はまた、感染因子を中和することもでき、この段階を適切に検証することで、サンプルのBSL-3施設での取り扱いが不要になる場合もあります。

ヒト(そしてまもなくマウス)のサンプルが、このアッセイに対応しています。新鮮なシングルセル懸濁液からスタートし、固定化プロトコルに従ってください。

Cell Rangerは、各細胞の発現プロファイルを自動的に生成し、類似した発現プロファイルを持つ細胞のクラスターを特定する解析パイプラインです。その後、視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。どちらのツールもサポートサイトから自由にダウンロードでき、10x Genomicsのデータセットをお客様ご自身のコンピュータで解析することができます。

10x Genomics Cloud Analysis(現在米国でのみ利用可能)を使用すると、シンプルなWebインターフェイスを通して、最適化されたスケーラブルなインフラを活用し、シングルセルFixed RNAプロファイリングデータを処理して、迅速に結果を得ることができます。ユーザは、このクラウドインターフェースを通じて、Cell Rangerパイプラインを設定し、実行することができます。

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製品

シングルセルFixed RNAプロファイリング

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シングルセル遺伝子発現解析

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シングルセル免疫プロファイリング

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シングルセルATAC

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機能

  • Whole transcriptome gene expression
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング

拡張

  • Cell Surface Protein
  • Cell Surface Protein
  • CRISPRスクリーニング
  • サンプルマルチプレックス
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • CRISPRスクリーニング

装置

  • Chromium X シリーズ
Single Cell Gene Expression

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