Chromium シングルセル免疫受容体マッピング

抗原特異的受容体の探索を スケールアップ

抗原特異的なB細胞およびT細胞受容体を大規模に単離し、複数の抗原およびエピトープ結合特異性をスクリーニングします。さらに下流の発現や機能解析のために、対応する受容体完全長ペア配列を取得しましょう。

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シングルセル免疫受容体マッピング

Resources:

  • 拡張性のある抗原スクリーニング

    拡張性のある抗原スクリーニング

    1回の反応で最大数万個のT細胞およびB細胞の抗原スクリーニング

  • 実用的な知見

    実用的な知見

    抗原特異性と同時に機能的な免疫受容体の配列をわずか数日で取得

  • サンプル種類の柔軟性

    サンプル種類の柔軟性

    磁気ビーズやフローソーターを使用したサンプル濃縮法に対応

  • 互換性のある製品パートナー

    互換性のある製品パートナー

    既製品やカスタム製品について互換性のある製品パートナーの専門知識を活用

  • 単一の統合されたワークフロー

    単一の統合されたワークフロー

    新規TCRや抗体発見に細胞から抗原特異的受容体配列までのワークフロー

  • 効率的なデータ解析

    効率的なデータ解析

    クロノタイプ、レパトア多様性、クローン増大などを探索・視覚化

さらなる可能性を探る

  • 大規模なB細胞受容体マッピング

  • T細胞レパトア特異性のさらに理解

  • 抗原に対する免疫応答の包括的な特徴付け

  • 抗原特異性の解析を容易にスケールアップ

実績のある結果

実績のある結果

ビデオ

研究者がどのように10x製品を使って免疫システムに挑んでいるかをご覧下さい。

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論文

High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity

High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity

Cell, 2019, Ian Setliff et al.

Cell, 2019, Ian Setliff et al.

Massively Parallel Single-Cell B-Cell Receptor Sequencing Enables Rapid Discovery of Diverse Antigen-Reactive Antibodies

Massively Parallel Single-Cell B-Cell Receptor Sequencing Enables Rapid Discovery of Diverse Antigen-Reactive Antibodies

Communications Biology, 2019, Leonard D. Goldstein et al.

Communications Biology, 2019, Leonard D. Goldstein et al.

Human Thymopoiesis Selects Unconventional CD8+ α/β T Cells That Respond to Multiple Viruses

Human Thymopoiesis Selects Unconventional CD8+ α/β T Cells That Respond to Multiple Viruses

bioRxiv, 2020, Valentin Quiniou et al.

bioRxiv, 2020, Valentin Quiniou et al.

リソース

最新アプリケーションノートや製品資料をご覧ください。

A New Way of Exploring Immunity—Linking Highly Multiplexed Antigen Recognition to Immune Repertoire and Phenotype

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Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

Redefining Cellular Phenotyping: Comprehensive Characterization and Resolution of the Antigen-Specific T Cell Response

Redefining Cellular Phenotyping: Comprehensive Characterization and Resolution of the Antigen-Specific T Cell Response

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

エンドツーエンドのソリューション

Next GEM技術を用いたChromium装置

Next GEM技術を用いたChromium装置

拡張可能な装置

コンパクトな装置

Chromium シングルセル免疫プロファイリング試薬

Chromium シングルセル免疫プロファイリング試薬

5' mRNA、完全長対のBCRおよびTCR配列、抗原受容体特異性、細胞表面タンパク質などを含む多次元的なアプローチで適応免疫を探索できる試薬キット

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

データ解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

必要製品

シングルセル免疫受容体マッピングは以下の 10x Genomics 製品で可能です:

互換性のある製品

Immudex dCODE Dextramer® 試薬

    BioLegend TotalSeq™ 抗体

    ワークフロー

    1. 1Step 1

      サンプルの準備

      固有のオリゴヌクレオチドバーコードと結合した抗原またはpMHCマルチマーで細胞を標識します。抗原特異的細胞の予想される割合に応じて、フローまたは磁気のソーティングにより細胞集団を濃縮できます。濃縮後、サンプルは直接10x Genomics のChromium GEMでキャプチャーします。単離した腫瘍細胞、細針吸引、TIL、PBMCなどのサンプルが細胞懸濁液として使用可能です。

      リソース
    2. 2Step 2

      10xライブラリーの構築

      試薬キットとChromium Controller装置を使用して、10xバーコードを付加したライブラリーを構築します。Chromium Controllerでは、10xバーコードがついたゲルビーズを加えてそれぞれの細胞を分画化します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、細胞は逆転写によりcDNAを作成します。1つの細胞から作成されたcDNAには、共通の10xバーコードが付加されています。

      リソース
    3. 3Step 3

      シーケンス

      10xバーコードが付加されたライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、免疫および転写プロファイリングを実施します。

      リソース
    4. 4Step 4

      データ解析

      シーケンス生データから生物学的に意味のある情報に変換するには、Cell Rangerを使います。Cell Rangerは遺伝子発現、ペアの免疫受容体レパトア配列、細胞表面タンパク質、そして抗原特異性のデータを処理します。

      解析パイプライン出力

      出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティのR、Pythonツールで使用できます。

      リソース
    5. 5Step 5

      データの視覚化

      Loupe Browser とLoupe V(D)J Browser ソフトウェアを使用し、マーカーの違いを元に細胞型を定義していきます。

      バイオインフォマティシャンが必要ですか?

      Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

      リソース

    よくある質問

    10x Genomicsは、ImmudexのdCODE Dextramer®試薬を使用してT細胞の抗原特異性を決定するための完全にサポートされたワークフローを提供しています。このワークフローでは、シングルセルレベルで目的のエピトープに結合するペアの受容体を同定することができます。Vanderbiltによって最近報告された技術は、B細胞抗原特異性を決定するために使用することができます(Ian Setliffら、High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity. Cell, doi: 10.1016/j.cell.2019.11.003)

    抗原特異性のデータは、ハイスループット抗体探索、ワクチンデザイン、ネオアンチゲン同定、高分解能免疫プロファイリングなど、幅広い種類のアッセイに使用できます。

    ほとんどのマルチマーアッセイは蛍光ベースのアッセイで、マルチマー分子に蛍光マーカーのタグを付けて抗原特異的な細胞の選別に使用します。このような手法では、細胞集団における抗原特異的な細胞数について情報を得ることができます。シングルセル免疫プロファイリングは、これらの情報に加えて、抗原特異的受容体の完全長ペア配列や、シングルセルレベルでの遺伝子発現データを得ることができます。これらのデータを組み合わせることで、免疫応答の完全なプロファイルが得られます。

    抗原特異的な集団は稀であるため、10x Genomicsライブラリーの調製前に抗原陽性細胞のソーティングを推奨します。最終的には実験の目的に依存します。

    関連製品

    製品

    シングルセル遺伝子発現解析

    View details

    空間的遺伝子発現

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    シングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現

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    性能

    • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
    • ターゲット遺伝子発現
    • サンプルマルチプレックス
    • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
    • ターゲット遺伝子発現
    • FFPEと凍結切片組織の両方に対応
    • 同一核からの遺伝子発現とクロマチンプロファイリングの組み合わせ

    拡張機能

    • Cell Surface Protein
    • CRISPRスクリーニング
    • サンプルマルチプレックス
    • 免疫蛍光タンパク質の同時検出

    装置

    • Chromium X シリーズ
    • Chromium Controller
    • Chromium Connect
    Single Cell Gene Expression

    さあ、始めましょう