Chromium 単一細胞解析ソフトウェア

シングルセルデータ解析への道のり

バイオインフォマティクスのスキルがなくても、10xのソフトウェアツールがあればシングルセルデータの処理、視覚化、探索が容易です。

Cell Ranger解析パイプライン

配列の生データをシングルセルの所見に変換

Cell Rangerは、Chromiumシングルセルデータを処理するために無料で提供する解析パイプラインです。Cell Rangerの資料はこちらから

Cell Rangerでリードのアライメント、cell-featureマトリックスの生成、クラスタリング、二次解析を開始します

Cell Rangerは、生の配列データの処理、QC実行、セルバーコードの識別、遺伝子発現量の定量をシングルセルレベルで行うことができます。

Cell Rangerの後に続く旅

Cell Rangerを実行するウェブアプリケーションPipeline Runnerで結果取得までの時間を短縮

お使いのウェブブラウザからPipeline Runnerを経由してCell Rangerにアクセスします。

Pipeline Runnerがお客様に適しているかどうかの確認はこちらから

Loupe Browser

Loupe Browserでデータを掘り下げる10の方法

Loupe BrowserはWindowsおよびMacOS用のデスクトップアプリケーションで、データをインタラクティブに視覚化することができます。

Loupe Browserのダウンロード

Loupeを使ってSeurat解析をさらに深く。コードは不要
LoupeRは、SeuratオブジェクトからLoupe Browser用のファイルを生成するRパッケージです。 LoupeRを利用することで、コマンドラインによるデータラングリングを行うことなく、シームレスにLoupe内でSeuratデータを探索することができます。
LoupeRのインストール
処理群と対照群で発現に差のある遺伝子を検出
複数サンプルの比較も簡単に実行でき、繰り返すことができます。
選んだ遺伝子の発現を迅速に視覚化
発現結果の差異をすばやくプロット
発現に違いのあった遺伝子を、インタラクティブなヒートマップやバイオリンプロットで表して探索します。
細胞種のアノテーションも容易
既存の細胞種別を初めからやり直すことも、精細化することもできます。
迅速でインタラクティブな発現差異解析を実行
データサブセットを再解析して新しい細胞種を検出
対象となる細胞種を絞り込むか、あるいは低品質のデータをフィルタリングして除外します。
わずか数回のクリックで高解像度の図を作成
Loupe Browserでは、プレゼンテーションや出版に使用できるSVGおよびPNG形式の画像を簡単に作成できます。
高度なフィルター機能による細胞の特性解析
ブール演算子を用いてルールのカスタムセットを作成することで、特定のバーコードセットに注目します。
シングルセルのV(D)J、ATAC、空間的遺伝子発現など、多様なデータ様式を探索
Loupe Browserは10x Genomicsのシングルセルデータおよび空間的データの全容をサポートしています。