全トランスクリプトームの空間解析をシングルセルのスケールで
完全なカバレッジで最高クラスの空間データ品質を実現
Visiumのスライドと試薬
種や組織の状態を問わない、全トランスクリプトームの空間的遺伝子発現解析を高い解像度で実現
Visium CytAssist装置
組織学を考慮しやすいワークフロー設計と、高い空間忠実度
データ解
使いやすさにこだわった無償のソフトウェアが、直感的なデータの可視化と探索を実現
空間解析は新しい時代へ。Visium HD空間遺伝子解析が登場
全トランスクリプトーム解析をシングルセルスケールの解像度で
連続的な組織カバレッジ
革新的なプローブベースのケミストリーとVisium CytAssistが可能にするワークフローがもたらすベストインクラスのデータ品質
必要な解像度で全トランスクリプトームの空間バイオロジーを探索
Visium HDアッセイ
シングルセルスケールの解像度
プローブベースのケミストリー: ヒトおよびマウスのFFPE、新鮮凍結、固定凍結組織
逆転写ベースのケミストリー: 種横断的組織、新鮮凍結組織（間もなく販売開始）
マルチオミクス機能による同じ切片からのデータ読み出し: 遺伝子発現、タンパク質同時検出（免疫蛍光法）、形態学解析（HE）
Visium v1およびv2アッセイ
1から10の選べる細胞解像度
プローブベースのケミストリー（v2）: ヒトおよびマウスのFFPE、新鮮凍結、固定凍結組織
逆転写ベースのケミストリー（v1）: 種横断的組織、新鮮凍結組織
マルチオミクス機能による同じ切片からのデータ読み出し: 遺伝子発現、タンパク質同時検出（免疫蛍光法）、形態学解析（HE）、ヒト免疫オンコロジータンパク質パネル（v2）
組織学を考慮しやすいワークフローが実現した、かつてない空間データ品質
Visium CytAssist装置が高い精度で転写産物の位置特定を促進することで、かつてない高い空間忠実度が実現
標準的な組織学的ワークフローを活用して、スライドガラス上で直接組織を薄切し、染色し、画像化することが可能
組織切片をプレスクリーニングし、最も解析したい組織領域をVisiumスライドのキャプチャーエリアに正確に配置
直感的に使えるデータ探索が空間解析をさらにスピーディに
Space Rangerがシンプルで迅速な解析を実現
FASTQファイルを10x Cloud Analysisにアップロードするか、10x Genomicsが無償で提供しているローカル分析用のソフトウェアをダウンロード
ソフトウェアが空間シーケンシングデータを処理。画像データは数分で完了し、コマンドラインも不要
パワフルなデータ可視化が直接的な洞察を提供
Loupe Browserにより、わずか数回クリックで、空間的にばらつきのある数千もの遺伝子を可視化し、探索
組織が持つ背景状況の中で遺伝子発現クラスターを探索し、細胞のタイプや遺伝子シグネチャーを領域ごと、形態ごとに定義
関連資料
Visium HDのデータ取得を実際にみる
このガイド付きデータチュートリアルでは、Visium HDアッセイとLoupe Browserが実際にはどのように大腸がんの腫瘍微小環境をマッピングするのかを見ることができます。
生物学のすべての領域を解き明かす技術
| プラットフォーム | |||
| 用途 | 包括的なシングルセルデータ細胞の集団や状態の詳細な特性評価に理想的 | 高解像度の空間遺伝子発現複雑な組織や細胞近傍関係、細胞間の相互作用を把握他の空間オミクス解析、組織、形態に関する情報と統合 | |
| 選ばれる理由 | 偏りのないシングルセル解析
高い遺伝子ごとの感度 | 偏りのない空間解析 | ターゲットを絞った空間的探索
高い遺伝子ごとの感度 |
| アプリケーション | 全トランスクリプトームの遺伝子発現
タンパク質
TCR, BCR
CRISPR
ATAC | 全トランスクリプトームの遺伝子発現n | ターゲットをしぼった遺伝子発現（最大5,000遺伝子） |
| 解像度 | シングルセル | 2-µm四方に割り当てられた転写産物 | シングルセル |
| データの読み出し | NGSベース | NGSベース | 画像ベース |
| 対応サンプル | シングルセル、または新鮮、凍結、FFPEサンプルの核懸濁液 | FFPE
新鮮凍結
固定凍結 | 新鮮凍結
FFPE |
