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Visium HD 空間的遺伝子発現が導く空間解析の新時代
遺伝子発現の空間的構成を探索する
Visiumは、凍結・固定組織切片の偏りのない分子プロファイリング、組織の簡単な取り扱い、高感度での遺伝子検出、そして遺伝子発現を視覚化する使いやすいソフトウェアを実現したプラットフォームです。
Visiumによる研究のパワーアップ
- 最大11 x 11mmのキャプチャーエリアで組織をプロファイル
事前に領域を選択する事なく、組織切片全体に渡り探索と検証実験を実施
- RNA、タンパク質、組織を同時に解析
遺伝子発現だけにとどまらず、転写産物と組織学を組み合わせ、タンパク質発現解析を重ねることでより深い細胞解析を実施
- 新鮮、PFA固定、FFPEおよび組織マイクロアレイをマッピング
最適化されたワークフローで幅広いサンプルにアクセスし、様々な生物種および組織に対応
お客様のニーズに合わせた柔軟なアッセイ
アッセイ | HD空間的遺伝子発現 | 空間的遺伝子発現 | 空間的遺伝子・タンパク質発現 |
|---|---|---|---|
実現できること | シングルセルスケールの分解能と切れ目の無い組織カバレッジにより、信頼のおける全トランスクリプトーム空間解析
| FFPEと凍結切片から分子と画像データを同時に解析
| プローブベースのケミストリーとタグ付加抗体を用いて、FFPE組織のRNAとタンパク質発現を同時に解析します。
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対応生物種 | ヒトとマウス | 幅広く対応 | ヒトとマウス |
対応組織 | FFPE | FFPE、新鮮凍結、固定凍結組織 | FFPE |
分析対象物の捕捉方法 |
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簡単なサンプル操作と強力な空間的解析
- 標準的ガラススライドを用いた一般的な組織学的ワークフローからスタート
- 装置を用いてスライドをVisiumキャプチャーエリアに移動
- 後半はVisium のワークフロー
空間的解析に役立つ直観的なソフトウェア
空間的遺伝子発現データの処理
Space Rangerは、エンドツーエンドの解析パイプライン一式であり、Visium空間的遺伝子発現データを処理して明視野顕微鏡像および蛍光顕微鏡像と合わせて解析することで、組織切片全体にわたって全トランスクリプトームデータをマッピングすることができます。
クラスターを調査し、発現パターンを調べる
Spacel Rangerの実行後、インタラクティブなLoupe Browserデスクトップソフトウェアを使って結果を調べます。Loupe Browserは、Space Ranger解析パイプラインとシームレスに連携するデスクトップアプリケーションであり、元の組織切片画像に重ねた分子発現パターンを簡単にナビゲーションできます。
組織の背景情報の中であらゆる遺伝子を視覚化
空間的情報を捕捉するテクノロジーで生成されたデータは、関心のある遺伝子を選択して、元の組織切片上で空間的に発現状態を表示することができます。
- ヒトまたはマウス組織において重要な細胞の種類や状態をプロファイリング。また、最大100遺伝子がカスタム化可能
空間生物学が持つ力を探る
Visium腫瘍データアトラス
ホルマリン固定パラフィン包埋組織サンプルに関して10x Genomicsが生成したVisiumデータセットにアクセスし、空間解析生物学が持つ力を経験してください。
空間的データセット
Visium空間的ソリューションで多種多様なサンプルから生成されたデータを無料でご利用いただけます。
空間的解析の出版物
査読付きの論文を閲覧し、研究者がどのように10x Genomics製品を使用してアプリケーションの新たな発見を加速させているかをご覧ください。
補完的なプラットフォームで空間的探索を強化
新たに発見・マッピングされた細胞種をシングルセルプロファイリングで調べることで、Visiumで得られた知見をさらに広めることができます。また、Xeniumを用いることで細胞下レベルの精度で特定の標的に関する理解を深めることができます。マルチオミックス解析においてシングルセル解像度、空間解像度、または細胞下の解像度の間をシームレスに行き来できます。
Chromiumシングルセル
マルチオミクス機能により、最大100万個のシングルセルについてトランスクリプトームプロファイリングを行えます。組織の不均一性を調べ、希少な細胞種を発見し、細胞ごとに分子機構を解明します。
Xenium In Situ
単一分子内の数百のRNA標的について、組織切片内の位置を細胞下の解像度で特定します。シングルセル解析および空間解析で得られた生物学的知見をより精密なものとし、検証を行えます。