FFPEだけでなく新鮮凍結と固定凍結に対応
Visium HD 空間的遺伝子発現が導く空間解析の新時代
- Whole transcriptome analysis at single cell-scale resolution
- Continuous tissue coverage
- Best-in-class data powered by innovative probe-based chemistry and a Visium CytAssist-enabled workflow
空間的プロファイリングの実践からの洞察
健康や疾患において重要な機能を果たす細胞種や細胞間相互作用を特定する際に、全トランスクリプトームの空間的解析がどのように役立ってきたかを見てみましょう。
肺における新たな免疫ニッチは抗体の長期的な隠れ家となる
Wellcome Sanger Instituteの研究者らは、健康なヒトの肺および気道のシングルセルおよび空間アトラスを確立し、呼吸器の健康を支えていると思われるIgA形質細胞の新しい免疫細胞ニッチを明らかにしました。
空間的トランスクリプトミクス―がん創薬の次なる進化
空間的トランスクリプトミクスによってバイオマーカーや細胞間相互作用、未変性組織構造における腫瘍トランスクリプトームなどを視覚化することが、潜在的な創薬ターゲットやがんの耐性メカニズムを特定する上でどのように役立つかを見てみましょう。
Visium空間的トランスクリプトミクスに関する注目の論文（2023年発表分）
これまで記述されていなかったがん中でのT細胞の状態の特定から、健康な口蓋の発達に関与する遺伝子の定義まで、これらの論文はVisium空間プラットフォームの最も革新的で興味深いアプリケーションを網羅しています。
アッセイ | HD空間的遺伝子発現 | 空間的遺伝子発現v2 & v1 | 空間的遺伝子・タンパク質発現 |
|---|---|---|---|
実現できること | シングルセルスケールの分解能と切れ目の無い組織カバレッジにより、信頼のおける全トランスクリプトーム空間解析
| FFPEと凍結切片から分子と画像データを同時に解析
| プローブベースのケミストリーとタグ付加抗体を用いて、FFPE組織のRNAとタンパク質発現を同時に解析します。
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対応生物種 | ヒトとマウス | 幅広く対応 | ヒトとマウス |
対応組織 | FFPE 新鮮凍結 固定凍結 | FFPE、新鮮凍結、固定凍結組織 | FFPE |
Capture Area size | 6.5 mm x 6.5 mm | 6.5 mm x 6.5 mm 11 mm x 11 mm | 6.5 mm x 6.5 mm 11 mm x 11 mm |
分析対象物の捕捉方法 |
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簡単なサンプル操作と強力な空間的解析
- 標準的ガラススライドを用いた一般的な組織学的ワークフローからスタート
- 装置を用いてスライドをVisiumキャプチャーエリアに移動
- 後半はVisium のワークフロー
空間的解析に役立つ直観的なソフトウェア
空間的遺伝子発現データの処理
Space Rangerは、エンドツーエンドの解析パイプライン一式であり、Visium空間的遺伝子発現データを処理して明視野顕微鏡像および蛍光顕微鏡像と合わせて解析することで、組織切片全体にわたって全トランスクリプトームデータをマッピングすることができます。
クラスターを調査し、発現パターンを調べる
Spacel Rangerの実行後、インタラクティブなLoupe Browserデスクトップソフトウェアを使って結果を調べます。Loupe Browserは、Space Ranger解析パイプラインとシームレスに連携するデスクトップアプリケーションであり、元の組織切片画像に重ねた分子発現パターンを簡単にナビゲーションできます。
空間生物学が持つ力を探る
Visium腫瘍データアトラス
ホルマリン固定パラフィン包埋組織サンプルに関して10x Genomicsが生成したVisiumデータセットにアクセスし、空間解析生物学が持つ力を経験してください。
空間的データセット
Visium空間的ソリューションで多種多様なサンプルから生成されたデータを無料でご利用いただけます。
空間的解析の出版物
査読付きの論文を閲覧し、研究者がどのように10x Genomics製品を使用してアプリケーションの新たな発見を加速させているかをご覧ください。
補完的なプラットフォームで空間的探索を強化
新たに発見・マッピングされた細胞種をシングルセルプロファイリングで調べることで、Visiumで得られた知見をさらに広めることができます。また、Xeniumを用いることで細胞下レベルの精度で特定の標的に関する理解を深めることができます。
マルチオミクス機能により、最大100万個のシングルセルについてトランスクリプトームプロファイリングを実施
組織の不均一性を調べ、希少な細胞種を発見し、細胞ごとに分子機構を解明します。
組織サンプル全体の個々の細胞にある数百から数千の RNA をターゲット
検証済みの生物学的に関連したパネルの多様なメニューを使用して、細胞以下の解像度で遺伝子発現をマッピングします。