全トランスクリプトームの空間解析をシングルセルのスケールで
完全なカバレッジで最高クラスの空間データ品質を実現
Visiumのスライドと試薬
種や組織の状態を問わない、全トランスクリプトームの空間的遺伝子発現解析を高い解像度で実現
Visium CytAssist装置
組織学を考慮しやすいワークフロー設計と、高い空間忠実度
データ解析
使いやすさにこだわった無償のソフトウェアが、直感的なデータの可視化と探索を実現
詳細な空間的発見
細胞セグメンテーションを用いた生物種に依存しないシングルセルスケールの解像度を持つ全トランスクリプトーム解析
TCR/BCR、SNV検出の可能性を含む新しい発見
Visium CytAssist装置による高い空間忠実度と組織学に適した合理的なワークフロー
必要な解像度で全トランスクリプトームの空間バイオロジーを探索
Visium HD WT Panel
ヒトおよびマウスの遺伝子発現の差時的な解析に推奨
タンパク質をコードする遺伝子のカバレッジ: アーカイブおよびFFPEサンプル向けに最適化
柔軟な組織適合性: FFPE、凍結、固定凍結組織に対応
Visium HD 3’
探索研究アプリケーションに推奨
全トランスクリプトームのカバレッジ：新たな発見力を導く
生物種を超えた探索が可能：ヒト、マウス、ラット、ブタ、非ヒト霊長類などで検証済み
組織学を考慮しやすいワークフローが実現した、かつてない空間データ品質
Visium CytAssist装置が高い精度で転写産物の位置特定を促進することで、かつてない高い空間忠実度が実現
標準的な組織学的ワークフローを活用して、スライドガラス上で直接組織を薄切し、染色し、画像化することが可能
組織切片をプレスクリーニングし、最も解析したい組織領域をVisiumスライドのキャプチャーエリアに正確に配置
直感的に使えるデータ探索が空間解析をさらにスピーディに
Space Rangerがシンプルで迅速な解析を実現
FASTQファイルを10x Cloud Analysisにアップロードするか、10x Genomicsが無償で提供しているローカル分析用のソフトウェアをダウンロード
ソフトウェアが空間シーケンシングデータを処理。画像データは数分で完了し、コマンドラインも不要
パワフルなデータ可視化が直接的な洞察を提供
Loupe Browserにより、わずか数回クリックで、空間的にばらつきのある数千もの遺伝子を可視化し、探索
組織が持つ背景状況の中で遺伝子発現クラスターを探索し、細胞のタイプや遺伝子シグネチャーを領域ごと、形態ごとに定義
関連資料
Visium HDのデータ取得を実際にみる
このガイド付きデータチュートリアルでは、Visium HDアッセイとLoupe Browserが実際にはどのように大腸がんの腫瘍微小環境をマッピングするのかを見ることができます。
生物学のすべての領域を解き明かす技術
| プラットフォーム | |||
| 用途 | 包括的なシングルセルデータ細胞の集団や状態の詳細な特性評価に理想的 | 高解像度の空間遺伝子発現複雑な組織や細胞近傍関係、細胞間の相互作用を把握他の空間オミクス解析、組織、形態に関する情報と統合 | |
| 選ばれる理由 | 偏りのないシングルセル解析
高い遺伝子ごとの感度 | 偏りのない空間解析 | ターゲットを絞った空間的探索
高い遺伝子ごとの感度 |
| アプリケーション | 全トランスクリプトームの遺伝子発現
タンパク質
TCR, BCR
CRISPR
ATAC | 全トランスクリプトームの遺伝子発現n | ターゲットをしぼった遺伝子発現（最大5,000遺伝子） |
| 解像度 | シングルセル | 2-µm四方に割り当てられた転写産物 | シングルセル |
| データの読み出し | NGSベース | NGSベース | 画像ベース |
| 対応サンプル | シングルセル、または新鮮、凍結、FFPEサンプルの核懸濁液 | FFPE
新鮮凍結
固定凍結 | 新鮮凍結
FFPE |
