Visiumでの解析

新しいキャンバスで空間的データを探索

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全トランスクリプトームを対象とする空間的な所見への旅

10xのVisium Spatial Software Suiteでは、バイオインフォマティクスの助けがなくても、Visiumプラットフォームで生成された空間的な遺伝子・タンパク質発現データを解析し、視覚化することが可能です。

Visium analysis spatial
Space Ranger解析パイプライン

シーケンスデータを遺伝子発現と位置合わせした画像に変換

Space Rangerは、Visium空間的遺伝子発現のデータを明視野顕微鏡および蛍光顕微鏡の画像とあわせて処理する解析パイプラインのセットです。

Space Rangerによるリードのアライメントとデータの処理

Visiumの空間的遺伝子発現(GEX)およびタンパク質発現(PEX)データを明視野顕微鏡および蛍光顕微鏡の画像とあわせて処理し、リードのアライメントとFeature-Barcodeマトリックスの生成を行い、クラスタリングや遺伝子発現差異解析といった二次解析を実行します。

Space ranger pipelines
Loupe Browser

Loupe Browserで空間的遺伝子発現のデータを探索する10の方法

Loupe Browserでは、Space Rangerのアウトプットから得られた空間的データをインタラクティブに視覚化できます。

1

組織の背景情報がある状態で遺伝子発現クラスターを探索

2

数千件の遺伝子の発現を、HEまたはIF染色像上にマッピング

3

近接する領域の遺伝子シグネチャーを特定

4

形態学的特徴に基づく組織のアノテーション

5

自動スポットデコンボリューションによる細胞種の定義

Space Rangerは、リファレンスなしでのスポットデコンボリューションを実行し、Loupeにおいて既存の枠組みにとらわれない細胞種レベルの解析を実現します。

6

数回のクリックで空間的に変動する遺伝子を発見

Space Rangerはユニークな空間的パターンを有する遺伝子を特定し、Loupeにおいて視覚化することで、新たな標的遺伝子を見いだします。

7

対象領域を深く掘り下げる

8

タンパク質の同時検出による免疫細胞の特定解析

Visiumの遺伝子・タンパク質検出キットは、Loupeでのユーザーフレンドリーなタンパク質閾値設定を通じて、さまざまな組織における免疫細胞の特性解析を可能にします。

9

遺伝子・タンパク質の閾値を調整して組織領域を選択

10

論文に利用できる高品質な図を作成

Loupe Browserでは、プレゼンテーションや出版に使用できるSVGおよびPNG形式の画像を簡単に作成できます。

空間的データを見つけましょう

さまざまなアッセイ、サンプル、生物種を含む多様な10x Genomicsのデータセットを探索できます。

Visium Spatial family

Visium空間的プラットフォーム

Visiumプラットフォームは、凍結・固定組織切片におけるバイアスのない分子プロファイリング、シンプルな組織操作、高感度での遺伝子検出、遺伝子発現を視覚化するユーザーフレンドリーなソフトウェアを実現します。

Visiumの旅を始めましょう