Visium CytAssist空間的遺伝子・タンパク質発現

遺伝子発現および タンパク質の同時検出による組織のプロファイリング

同一の組織切片で、空間的な全トランスクリプトーム解析とNGSによるハイプレックスなタンパク質検出を組み合わせます。Visium CytAssistを用いることで、サンプルアクセスを拡大し、ワークフローを簡素化しながら、組織構造をより深く包括的に理解できます。

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Spatial Gene and Protein Expression

Resources:

  • 理解の最大化

    同一組織切片のタンパク質、mRNA、形態に関する情報を1つにまとめることで、サンプルをより深く、より完全に評価できます。

  • 組織切片全体のプロファイリング

    対象となる領域を絞り込む必要なく、タンパク質検出と全トランスクリプトーム発現を画像化します。

  • 合理化されたデータ解析

    使いやすいソフトウェアで、タンパク質の検出プロファイルと遺伝子発現データを組み合わせます。

実現できることの探索

  • 疾患の複雑性について全体を俯瞰

  • 新規バイオマーカーを発見し、新しい細胞種および細胞状態を特定

  • 細胞アトラスの空間構成をマッピング

  • 時空間的な遺伝子発現パターンを特定

豊かな洞察

  • 単一切片・マルチオミックス - あらかじめキュレーションおよびバリデーションされた抗体パネルを用いて、単一の組織切片からタンパク質とRNAの両方を検出
  • 形態を確認 - HE染色またはIF染色で組織を画像化し、形態を確認してからマルチプレックスタンパク質アッセイを開始
  • バイアスのない探索 - 全トランスクリプトーム検出によるバイアスのない遺伝子発現解析が可能であり、あらかじめ決めたバイオマーカーでの関心領域の選択は不要
Spatially resolved gene expression and protein detection in the mouse brain

確かな実績

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論文

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

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Maynard KR, et al. Nature (2021).

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Mapping the developing human immune system across organs

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Suo C, et al. Science (2022).

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Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer

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Qi J, et al. Nature Communications (2022).

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参考資料

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Resolving brain architecture with comprehensive spatial gene expression

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Data Spotlight, 10x Genomics

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完全なツールキット

Visium CytAssist

薄切した組織からVisiumスライドへトランスクリプトームプローブを簡単に移動できるコンパクトな装置

Visium CytAssist遺伝子・タンパク質発現用試薬

キットを使用して全トランスクリプトームの遺伝子およびタンパク質の発現を組織切片全体にわたって空間的な解像度を持って捕捉可能

解析・視覚化ソフトウェア

解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

ワールドクラスのテクニカルサポートとカスタマーサポート

専門サポートチームが電話またはメール([email protected])で対応いたします。

よくある質問

Visium CytAssist空間的遺伝子・タンパク質発現アッセイは、Visium CytAssistで処理されたFFPEサンプルについて、遺伝子発現とタンパク質発現の両方を同時に解析するように設計されています。このアッセイは、全トランスクリプトームおよび形態学的画像の取得に加えて、NGSを使用してオリゴタグ付抗体の存在量を空間分解能で測定します。

Visium CytAssist遺伝子・タンパク質発現ソリューションでは、ヒト免疫細胞プロファイリングパネル内でタンパク質の相対的な発現パターンを検討できます。スペクトルの重なりや抗体の宿主動物種に関する制限は一般に、組織中で同時に研究できるタンパク質の数に制限をもたらします。タンパク質発現データをNGSリードで検出することによって、こういった課題を克服できます。さらに、通常はRNAとしての発現量が少ない免疫タンパク質マーカーも検出可能です。

このパネルにはAbcam社およびBiolegend社の抗体35種を採用しており、また、細胞表面および細胞内の標的タンパク質が含まれています。含まれる抗体のリストについては、サポートサイトの「抗体リスト」または本FAQの付録をご参照ください。

10x Genomicsではデータの解析に役立つ2種類のソフトウェアを提供しています。Space RangerとLoupe Browserです。Space Rangerは、組織画像に空間的な遺伝子発現情報を自動で重ね合わせ、類似の転写プロファイルを持つスポットのクラスターを特定する解析ソフトウェアです。さらに、画像化ソフトウェアであるLoupe Browserを使用することで、結果をインタラクティブに探索できます。Space RangerとLoupe Browserは10x Genomicsのサポートページから無料でダウンロードしていただけます。

はい。標準的なIFと、Visiumで使用されるIFプロトコールでは重要な違いがいくつかあります。詳細についてはIF染色プロトコール(FFPE | 新鮮凍結組織)をご参照ください。

Visiumアッセイは感度が高いため、Visiumの性能への影響は組織ごとに異なります。しかし、遺伝子発現の空間的な構成や細胞クラスターの検出はHEとIFで同程度です。

関連製品

製品

空間的遺伝子発現

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シングルセル遺伝子発現解析

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シングルセル免疫プロファイリング

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シングルセルATAC

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Capabilities

  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • FFPEと凍結切片組織の両方に対応
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • サンプルマルチプレックス
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング

Extensions

  • 免疫蛍光タンパク質の同時検出
  • Visium CytAssist Gene and Protein Expression
  • Cell Surface Protein
  • CRISPRスクリーニング
  • サンプルマルチプレックス
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • CRISPRスクリーニング

装置

  • Visium CytAssist
Single Cell Gene Expression

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