Space Ranger分析流程
将测序数据转化为与基因表达对应的图像
Space Ranger是一组分析流程，以明场和荧光显微镜图像为基础来处理Visium空间基因表达数据。
利用Space Ranger进行读数比对和数据处理
以明场和荧光图像为基础来处理Visium空间基因表达（GEX）和蛋白表达（PEX）数据，可比对读数，生成特征-条形码矩阵，并开展二次分析，包括聚类分析和差异基因表达分析。
Loupe Browser
Loupe Browser以10种方式探索空间基因表达数据
Loupe Browser让您能够对Space Ranger输出的空间数据进行交互式可视化。
1
在组织背景下探索基因表达聚类
2
将数千个基因的表达定位到显微镜下获得的H＆E或免疫荧光染色（IF）图像上
3
鉴定相邻区域的基因特征
4
根据形态学对组织进行注释
5
通过自动化的数据点去卷积定义细胞类型
Space Ranger可开展无需参照的数据点去卷积，在Loupe中实现即开即用的细胞类型分析。
6
点几下鼠标即可找到空间上可变的基因
Space Ranger可以识别具有独特空间模式的基因，并在Loupe中进行可视化，以发现新的目标基因。
7
深入挖掘感兴趣的区域
8
利用蛋白共检测来表征免疫细胞
Visium基因和蛋白检测试剂盒可以通过用户友好的蛋白阈值设置，在Loupe中表征不同组织的免疫细胞。
9
通过基因或蛋白阈值选择组织区域
10
创建适用于发表的高质量图表
Loupe Browser可以轻松生成SVG和PNG格式的图像，以便在PPT或论文中共享。
小鼠胚胎组织（FFPE）
SpeciesMouseTissueEmbryoNumber of spots6,434Assay used
人类乳腺肿瘤（FFPE）
SpeciesHumanTissueBreastNumber of spots4,169
小鼠组织芯片（FFPE）
SpeciesMouseTissueKidney, BrainNumber of spots2,805Assay used
