Visium空间分析
一块全新的视觉画布,助您探索空间数据
Space Ranger分析流程
将测序数据转化为与基因表达对应的图像
利用Space Ranger进行读数比对和数据处理
以明场和荧光图像为基础来处理Visium空间基因表达(GEX)和蛋白表达(PEX)数据,可比对读数,生成特征-条形码矩阵,并开展二次分析,包括聚类分析和差异基因表达分析。
Loupe Browser
Loupe Browser以10种方式探索空间基因表达数据
在组织背景下探索基因表达聚类
将数千个基因的表达定位到显微镜下获得的H＆E或免疫荧光染色(IF)图像上
鉴定相邻区域的基因特征
根据形态学对组织进行注释
通过自动化的数据点去卷积定义细胞类型
Space Ranger可开展无需参照的数据点去卷积,在Loupe中实现即开即用的细胞类型分析。点几下鼠标即可找到空间上可变的基因
Space Ranger可以识别具有独特空间模式的基因,并在Loupe中进行可视化,以发现新的目标基因。深入挖掘感兴趣的区域
利用蛋白共检测来表征免疫细胞
Visium基因和蛋白检测试剂盒可以通过用户友好的蛋白阈值设置,在Loupe中表征不同组织的免疫细胞。通过基因或蛋白阈值选择组织区域
创建适用于发表的高质量图表
Loupe Browser可以轻松生成SVG和PNG格式的图像,以便在PPT或论文中共享。
探索空间数据
小鼠胚胎组织(FFPE)
人类乳腺癌(FFPE)
小鼠组织芯片(FFPE)
