Visium空间分析

一块全新的视觉画布,助您探索空间数据

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Loupe Browser image

探索全转录组空间见解的旅程

有了我们的Visium空间软件组合,即使没有生物信息学家的帮助,您也能对Visium平台生成的空间基因表达和蛋白表达数据进行分析和可视化。

Visium analysis spatial
Space Ranger分析流程

将测序数据转化为与基因表达对应的图像

Space Ranger是一组分析流程,以明场和荧光显微镜图像为基础来处理Visium空间基因表达数据。

利用Space Ranger进行读数比对和数据处理

以明场和荧光图像为基础来处理Visium空间基因表达(GEX)和蛋白表达(PEX)数据,可比对读数,生成特征-条形码矩阵,并开展二次分析,包括聚类分析和差异基因表达分析。

Space ranger pipelines
Loupe Browser

Loupe Browser以10种方式探索空间基因表达数据

Loupe Browser让您能够对Space Ranger输出的空间数据进行交互式可视化。

1

在组织背景下探索基因表达聚类

2

将数千个基因的表达定位到显微镜下获得的H&E或免疫荧光染色(IF)图像上

3

鉴定相邻区域的基因特征

4

根据形态学对组织进行注释

5

通过自动化的数据点去卷积定义细胞类型

Space Ranger可开展无需参照的数据点去卷积,在Loupe中实现即开即用的细胞类型分析。

6

点几下鼠标即可找到空间上可变的基因

Space Ranger可以识别具有独特空间模式的基因,并在Loupe中进行可视化,以发现新的目标基因。

7

深入挖掘感兴趣的区域

8

利用蛋白共检测来表征免疫细胞

Visium基因和蛋白检测试剂盒可以通过用户友好的蛋白阈值设置,在Loupe中表征不同组织的免疫细胞。

9

通过基因或蛋白阈值选择组织区域

10

创建适用于发表的高质量图表

Loupe Browser可以轻松生成SVG和PNG格式的图像,以便在PPT或论文中共享。

探索空间数据

探索与各种分析、样本和物种相关的多种多样的10x Genomics数据集。

Visium Spatial family

Visium空间平台

Visium平台能够对冷冻和固定的组织切片进行无偏的分子图谱分析,实现简单的组织处理和灵敏的基因检测,并通过用户友好的软件进行基因表达可视化。

开启您的Visium空间之旅