Visium 空间基因表达

组织背景下定位全转录组基因表达

Visium空间基因表达是新一代的分子技术,允许您根据总mRNA来对组织进行分类。在FFPE或新鲜冷冻组织样本中绘制全转录组的形态学背景,以发现对正常发育、疾病病理和临床转化研究的全新见解。

空间基因表达

Resources:

  • 产品目录
  • 下载新鲜冷冻组织样本空间基因表达产品说明
  • 下载FFPE组织样本空间基因表达产品说明
  • 下载应用指南
  • 解锁更多样本类型

    解锁更多样本类型

    兼容FFPE组织样本和新鲜冷冻组织样本。

  • 分析整张组织切片

    分析整张组织切片

    无需提前选择感兴趣的区域,直接分析整张切片上的全转录组。

  • 高分辨率

    高分辨率

    根据组织类型的不同,每个数据点的平均分辨率为1至10个细胞。

  • 兼容不同的样本

    兼容不同的样本

    经验证适用于多个物种(人、小鼠、大鼠等)的各种器官。

  • 同时检测蛋白

    同时检测蛋白

    将全转录组的空间分析与免疫荧光蛋白检测相结合。

  • 简化的数据分析

    简化的数据分析

    使用易用的软件将组织学与基因表达数据相结合。

探索您的应用

  • 全面了解疾病复杂性

  • 发现新的生物标志物,鉴定新的细胞类型和状态

  • 定位细胞图谱的空间结构

  • 识别时空基因表达模式

超越组织切片

兼容FFPE样本

FFPE

兼容FFPE样本

将组织学技术的优势与RNA测序的高通量和发现能力相结合,可以对FFPE样本进行全转录组分析。

  • 以高灵敏度和高特异性检测整张FFPE组织切片的全转录组
  • 对保存在生物样本库中的FFPE组织进行检测,以发现新的生物标志物
蛋白共检测

免疫荧光

蛋白共检测

通过结合免疫荧光和全转录组空间基因表达,能够发现新的细胞类型及其空间组织。

  • 通过同步的空间检测探索转录组和蛋白之间的关系
  • 发现新的具有细胞类型特异性和组织生物标志物
全转录组或靶向基因表达分析

灵活的转录组分析

全转录组或靶向基因表达分析

使用全转录组分析对基因表达进行全局性的空间定位,或者使用靶向基因表达产品关注您感兴趣的基因。

  • 强大的发现能力-通过对新鲜冷冻或FFPE组织的全转录组分析来发现新的细胞类型、状态和生物标志物的空间定位
  • 靶向基因表达-借助针对新鲜冷冻组织预先设计的靶向检测基因组合的便利性,专注于所有相关的基因和途径

经过验证的结果

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经过验证的结果

视频

观看视频,了解客户如何使用空间基因表达。

文献

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Maynard KR, et al. Nature Neuroscience 2021.

Maynard KR, et al. Nature Neuroscience 2021.

Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution

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Fawkner-Corbett D, et al. Cell 2021.

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TGFβ-blockade uncovers stromal plasticity in tumors by revealing the existence of a subset of interferon-licensed fibroblasts

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Grauel AL, et al. Nature Communications 2020.

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Multimodal analysis of composition and spatial architecture in human squamous cell carcinoma

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Ji AL, et al. Cell 2020.

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资源

查找有关空间基因表达的最新应用指南及其他文档。

Inside Visium spatial capture technology

Inside Visium spatial capture technology

Brochure, 10x Genomics

Brochure, 10x Genomics

Grant writing resource for Visium Spatial Gene Expression

Grant writing resource for Visium Spatial Gene Expression

Grant Application Resource, 10x Genomics

Grant Application Resource, 10x Genomics

Triple negative breast cancer app note

Triple negative breast cancer app note

App Note, 10x Genomics

App Note, 10x Genomics

完整的解决方案

Visium空间组织优化玻片

Visium空间组织优化玻片

可在现有的实验室基础设施中轻松使用,无需购买新仪器。

Visium空间基因表达试剂

Visium空间基因表达试剂

利用我们的试剂盒,您可以捕获整张组织切片上的全转录组基因表达和空间分布。

分析和可视化软件

分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

  1. 1Step 1

    样本制备

    达玻片的捕获区。每个捕获区含有数千个带条形码的数据点,每个数据点包含数百万条捕获寡核苷酸,它们都带有这个点特有的空间条形码。

    资源
  2. 2Step 2

    组织染色和成像

    采用标准的固定和染色技术,包括苏木精和曙红(H&E)染色,使用明场显微镜观察玻片上的组织切片。或采用免疫荧光染色,使用荧光显微镜可视化检测玻片上组织切片中的蛋白。

    资源
  3. 3Step 3

    组织透化和文库构建

    对组织进行透化处理,从细胞中释放出mRNA,这些mRNA与数据点上的带有空间条形码的寡核苷酸相结合。通过逆转录反应从捕获的mRNA中生成cDNA。将带有条形码的cDNA合并后进行下游处理,制备出可立即测序的文库。

    资源
  4. 4Step 4

    测序

    第3步所生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现整张组织切片的大规模转录分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据分析和可视化

    Space Ranger分析软件可处理您的空间基因表达数据,而Loupe Browser可视化软件可帮助您交互式地探索实验结果。

    只有生物信息学家才能使用Loupe吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都可以轻松下载和使用。

    资源

常见问题

它能够帮助您开展空间转录组学分析,将组织学空间信息与全转录组分析或来自癌症、免疫学和基因签名基因组合的靶向基因表达相结合。

Visium与含有mRNA的新鲜冷冻组织兼容。目前,Visium空间基因表达与固定样本不兼容。不过,这正是我们积极努力希望在未来实现的目标。我们内部成功验证的组织列表如下。

成功验证的组织

这是一种成熟的技术吗? Visium是基于空间转录组学的技术,而这种技术在多篇已发表的同行评审文献中得到了证明。您可以在我们的文献页面上进行查看。在Visium的外部验证中,参与测试的客户(如Sanger、SciLife、Broad、USC和Garvan)已经生成了多个不同类型样本的空间基因表达谱。在内部验证中,我们成功验证了30多种不同组织。

文献页面

10x Genomics提供了两种类型的软件,可帮助您分析数据:Space Ranger和Loupe Browser。Space Ranger这款分析软件能够自动将空间基因表达信息与组织图像相叠加,鉴定出转录图谱相似的数据点集合。随后,您可以使用Loupe Browser可视化软件来交互式地探索实验结果。您可以从10x支持页面上免费下载Space Ranger和Loupe Browser。

支持页面

适用于FFPE的Visium空间基因表达解决方案无需对组织进行优化。然而,适用于新鲜冷冻样本的Visium空间基因表达解决方案需要对组织进行优化,这是由于两种样本制备过程在化学和分子生物学上的差异。

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空间基因表达

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单细胞ATAC

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性能
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 兼容FFPE组织切片和新鲜冷冻组织切片
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究
扩展应用
  • Spatial Gene Expression with Immunofluorescence
  • 免疫荧光蛋白共检测
  • Cell Surface Protein
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
仪器
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
Single Cell Gene Expression

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