Visium 空间基因表达

组织背景下定位全转录组基因表达

Visium空间基因表达是新一代的分子技术,允许您根据总mRNA来对组织进行分类。绘制FFPE或新鲜冷冻组织中具有形态学背景的整个转录组图谱,以发现正常发育、疾病病理学和临床转化研究领域的新见解。

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空间基因表达

Resources:

  • 解锁更多样本类型

    解锁更多样本类型

    兼容FFPE组织样本和新鲜冷冻组织样本。

  • 分析整张组织切片

    分析整张组织切片

    无需提前选择感兴趣的区域,直接分析整张切片上的全转录组。

  • 高分辨率

    高分辨率

    根据组织类型的不同,每个数据点的平均分辨率为1至10个细胞。

  • 兼容不同的样本

    兼容不同的样本

    经验证适用于多个物种(人、小鼠、大鼠等)的各种器官。

  • 同时检测蛋白

    同时检测蛋白

    将全转录组的空间分析与免疫荧光蛋白检测相结合。

  • 简化的数据分析

    简化的数据分析

    使用易用的软件将组织学与基因表达数据相结合。

探索您的应用

  • 全面了解疾病复杂性

  • 发现新的生物标志物,鉴定新的细胞类型和状态

  • 定位细胞图谱的空间结构

  • 识别时空基因表达模式

超越组织切片

兼容FFPE样本

FFPE

兼容FFPE样本

将组织学技术的优势与RNA测序的高通量和发现能力相结合,可以对FFPE样本进行全转录组分析。

  • 以高灵敏度和高特异性检测整张FFPE组织切片的全转录组
  • 对保存在生物样本库中的FFPE组织进行检测,以发现新的生物标志物
  • 与两种大小的捕获区域兼容,带来更多灵活性
蛋白共检测

免疫荧光

蛋白共检测

通过结合免疫荧光和全转录组空间基因表达,能够发现新的细胞类型及其空间组织。

  • 通过同步的空间检测探索转录组和蛋白之间的关系
  • 发现新的具有细胞类型特异性和组织生物标志物
Visium CytAssist推动的流程

灵活的转录组分析

Visium CytAssist推动的流程

有了Visium CytAssist,您能够通过Visium FFPE基因表达流程对以切片形式保存的组织进行分析。

  • 从FFPE组织块开始,或从以切片形式保存的组织开始
  • 预先筛选组织切片,以便找到最有生物学意义的切片
  • 与标准的组织学流程无缝整合

经过验证的结果

经过验证的结果

视频

观看视频,了解客户如何使用空间基因表达。

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文献

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Maynard KR, et al. Nature Neuroscience 2021.

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Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution

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Fawkner-Corbett D, et al. Cell 2021.

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TGFβ-blockade uncovers stromal plasticity in tumors by revealing the existence of a subset of interferon-licensed fibroblasts

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Grauel AL, et al. Nature Communications 2020.

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Multimodal analysis of composition and spatial architecture in human squamous cell carcinoma

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Ji AL, et al. Cell 2020.

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完整的解决方案

Visium空间组织优化玻片

Visium空间组织优化玻片

可在现有的实验室基础设施中轻松使用,无需购买新仪器。

Visium空间基因表达试剂

Visium空间基因表达试剂

利用我们的试剂盒,您可以捕获整张组织切片上的全转录组基因表达和空间分布。

分析和可视化软件

分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

  1. 1Step 1

    样本制备

    达玻片的捕获区。每个捕获区含有数千个带条形码的数据点,每个数据点包含数百万条捕获寡核苷酸,它们都带有这个点特有的空间条形码。

    资源
  2. 2Step 2

    组织染色和成像

    采用标准的固定和染色技术,包括苏木精和曙红(H&E)染色,使用明场显微镜观察玻片上的组织切片。或采用免疫荧光染色,使用荧光显微镜可视化检测玻片上组织切片中的蛋白。

    资源
  3. 3Step 3

    组织透化和文库构建

    对组织进行透化处理,从细胞中释放出mRNA,这些mRNA与数据点上的带有空间条形码的寡核苷酸相结合。通过逆转录反应从捕获的mRNA中生成cDNA。将带有条形码的cDNA合并后进行下游处理,制备出可立即测序的文库。 对于FFPE组织,组织被透化,以便从细胞中释放连接的探针对,其中这些探针对与存在于点上的空间上条形码寡核苷酸结合。通过延伸反应添加空间条形码。然后把条形码标记的分子合并后进行下游处理,以生成可用于测序的文库。

    资源
  4. 4Step 4

    测序

    第3步所生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现整张组织切片的大规模转录分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据分析和可视化

    Space Ranger分析软件可处理您的空间基因表达数据,而Loupe Browser可视化软件可帮助您交互式地探索实验结果。

    只有生物信息学家才能使用Loupe吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都可以轻松下载和使用。

    资源

常见问题

它能够助您进行空间转录组学研究,将组织学空间信息与整个转录组基因表达谱(新鲜冷冻组织或FFPE组织)或靶基因表达谱(仅针对新鲜冷冻组织)相结合。

Visium与含mRNA的新鲜冷冻和FFPE组织兼容。我们有单独的试剂盒,它们利用不同的化学方法处理新鲜冷冻组织和FFPE组织。可参阅下文中用Visium分析成功完成内部测试的组织列表。

成功完成测试的组织:新鲜冷冻组织 | FFPE组织

这是一种成熟的技术吗? Visium是基于空间转录组学的技术,而这种技术在多篇已发表的同行评审文献中得到了证明。您可以在我们的文献页面上进行查看。在Visium的外部验证中,参与测试的客户(如Sanger、SciLife、Broad、USC和Garvan)已经生成了多个不同类型样本的空间基因表达谱。在内部验证中,我们成功验证了30多种不同组织。

文献页面

10x Genomics提供了两种类型的软件,可帮助您分析数据:Space Ranger和Loupe Browser。Space Ranger这款分析软件能够自动将空间基因表达信息与组织图像相叠加,鉴定出转录图谱相似的数据点集合。随后,您可以使用Loupe Browser可视化软件来交互式地探索实验结果。您可以从10x支持页面上免费下载Space Ranger和Loupe Browser。

支持页面

适用于FFPE的Visium空间基因表达解决方案无需对组织进行优化。然而,适用于新鲜冷冻样本的Visium空间基因表达解决方案需要对组织进行优化,这是由于两种样本制备过程在化学和分子生物学上的差异。

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空间基因表达

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单细胞基因表达

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单细胞免疫分析

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单细胞ATAC

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性能

  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 兼容FFPE组织切片和新鲜冷冻组织切片
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究

扩展应用

  • 免疫荧光蛋白共检测
  • 细胞表面蛋白
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测
  • 细胞表面蛋白
  • 抗原特异性
  • CRISPR筛选

仪器

  • Visium CytAssist
Single Cell Gene Expression

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