解锁更多样本类型
兼容FFPE组织样本和新鲜冷冻组织样本。
分析整张组织切片
无需提前选择感兴趣的区域，直接分析整张切片上的全转录组。
高分辨率
根据组织类型的不同，每个数据点的平均分辨率为1至10个细胞。
兼容不同的样本
经验证适用于多个物种（人、小鼠、大鼠等）的各种器官。
同时检测蛋白
将全转录组的空间分析与免疫荧光蛋白检测相结合。
简化的数据分析
使用易用的软件将组织学与基因表达数据相结合。
探索您的应用
全面了解疾病复杂性
发现新的生物标志物，鉴定新的细胞类型和状态
定位细胞图谱的空间结构
识别时空基因表达模式
超越组织切片
经过验证的结果
经过验证的结果
文献
Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex
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Maynard KR, et al. Nature Neuroscience 2021.
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Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution
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Fawkner-Corbett D, et al. Cell 2021.
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TGFβ-blockade uncovers stromal plasticity in tumors by revealing the existence of a subset of interferon-licensed fibroblasts
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Grauel AL, et al. Nature Communications 2020.
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Multimodal analysis of composition and spatial architecture in human squamous cell carcinoma
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Ji AL, et al. Cell 2020.
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资源
查找有关空间基因表达的最新应用指南及其他文档。
Inside Visium spatial capture technology
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Brochure, 10x Genomics
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Grant writing resource for Visium Spatial Gene Expression
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Grant Application Resource, 10x Genomics
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Triple negative breast cancer app note
Triple negative breast cancer app note
App Note, 10x Genomics
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完整的解决方案
Visium空间组织优化玻片
可在现有的实验室基础设施中轻松使用，无需购买新仪器。
Visium空间基因表达试剂
利用我们的试剂盒，您可以捕获整张组织切片上的全转录组基因表达和空间分布。
世界级的技术支持和客户支持
您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。
工作流程
- 1
样本制备
达玻片的捕获区。每个捕获区含有数千个带条形码的数据点，每个数据点包含数百万条捕获寡核苷酸，它们都带有这个点特有的空间条形码。
资源 - 2
组织染色和成像
采用标准的固定和染色技术，包括苏木精和曙红（H&E）染色，使用明场显微镜观察玻片上的组织切片。或采用免疫荧光染色，使用荧光显微镜可视化检测玻片上组织切片中的蛋白。
资源 - 3
组织透化和文库构建
对组织进行透化处理，从细胞中释放出mRNA，这些mRNA与数据点上的带有空间条形码的寡核苷酸相结合。通过逆转录反应从捕获的mRNA中生成cDNA。将带有条形码的cDNA合并后进行下游处理，制备出可立即测序的文库。 对于FFPE组织，组织被透化，以便从细胞中释放连接的探针对，其中这些探针对与存在于点上的空间上条形码寡核苷酸结合。通过延伸反应添加空间条形码。然后把条形码标记的分子合并后进行下游处理，以生成可用于测序的文库。
资源 - 4
- 5
数据分析和可视化
Space Ranger分析软件可处理您的空间基因表达数据，而Loupe Browser可视化软件可帮助您交互式地探索实验结果。
只有生物信息学家才能使用Loupe吗？
Loupe是点选式软件，任何人都可以轻松下载和使用。
资源
常见问题
它能够助您进行空间转录组学研究，将组织学空间信息与整个转录组基因表达谱（新鲜冷冻组织或FFPE组织）或靶基因表达谱（仅针对新鲜冷冻组织）相结合。
Visium与含mRNA的新鲜冷冻和FFPE组织兼容。我们有单独的试剂盒，它们利用不同的化学方法处理新鲜冷冻组织和FFPE组织。可参阅下文中用Visium分析成功完成内部测试的组织列表。
成功完成测试的组织：新鲜冷冻组织 | FFPE组织
这是一种成熟的技术吗？ Visium是基于空间转录组学的技术，而这种技术在多篇已发表的同行评审文献中得到了证明。您可以在我们的文献页面上进行查看。在Visium的外部验证中，参与测试的客户（如Sanger、SciLife、Broad、USC和Garvan）已经生成了多个不同类型样本的空间基因表达谱。在内部验证中，我们成功验证了30多种不同组织。
10x Genomics提供了两种类型的软件，可帮助您分析数据：Space Ranger和Loupe Browser。Space Ranger这款分析软件能够自动将空间基因表达信息与组织图像相叠加，鉴定出转录图谱相似的数据点集合。随后，您可以使用Loupe Browser可视化软件来交互式地探索实验结果。您可以从10x支持页面上免费下载Space Ranger和Loupe Browser。
适用于FFPE的Visium空间基因表达解决方案无需对组织进行优化。然而，适用于新鲜冷冻样本的Visium空间基因表达解决方案需要对组织进行优化，这是由于两种样本制备过程在化学和分子生物学上的差异。
