Visium 空间蛋白质组学

Tissue profiling with transcriptomics and protein co-detection

Combine whole transcriptome spatial analysis with immunofluorescence protein detection in the same tissue section. Gain a deeper, more holistic understanding of tissue organization with co-localized protein detection and gene expression analysis.

空间蛋白质组学

Resources:

  • 全面提升您的见解

    全面提升您的见解

    将蛋白、总mRNA和形态学分析相融合,更深入、更完整地评估您的样本。

  • 分析整块组织切片

    分析整块组织切片

    Visualize protein detection and whole transcriptome expression, without selecting regions of interest.

  • 触手可及的技术

    触手可及的技术

    使用标准的显微镜、免疫荧光染色操作以及抗体。

  • 简化的数据分析

    简化的数据分析

    Combine protein detection profiles with gene expression data in easy-to-use software.

  • 加速科学的发现

    加速科学的发现

    每次运行最多可并行处理四个样品,从而更快地获得结果。

  • 兼容更多样本类型

    兼容更多样本类型

    兼容FFPE或新鲜冷冻组织样本。

探索您的应用

  • 全面了解疾病复杂性

  • 发现新的生物标志物,并鉴定新的细胞类型和状态

  • 定位细胞图谱的空间结构

  • 鉴定基因表达的时空模式

丰富的见解

  • 追溯过去——将新的生物标志物应用于存档的FFPE样本,揭秘过去隐藏的组织生物学特性
  • 多组学分析——通过对单个组织切片的蛋白质和mRNA进行空间多组学分析,从而更全面地表征异质性
  • 强大的发现-通过蛋白质检测和全转录组分析来设想新发现的细胞类型、状态和生物标志物的空间组织结构

久经考验的结果

久经考验的结果

视频

观看客户如何使用空间基因表达。

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文献

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Maynard KR, et al. Nature (2021).

Maynard KR, et al. Nature (2021).

Mapping the developing human immune system across organs

Mapping the developing human immune system across organs

Suo C, et al. Science (2022).

Suo C, et al. Science (2022).

Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer

Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer

Qi J, et al. Nature Communications (2022).

Qi J, et al. Nature Communications (2022).

完整的解决方案

Visium空间组织优化玻片

Visium空间组织优化玻片

可在现有的实验室基础设施中轻松使用,而无需购买新仪器。

Visium空间基因表达试剂

Visium空间基因表达试剂

使用我们的试剂盒,您可以捕获整张组织切片上的全转录组基因表达和空间分布信息。

数据分析和可视化软件

数据分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

  1. 1Step 1

    样本制备

    包埋、切片,并将新鲜冷冻的组织放置在基因表达玻片的捕获区。每个捕获区含有数千个带条形码的点(spot),每个点所包含的数百万条捕获寡核苷酸均带有特异性的空间条形码。

    资源
  2. 2Step 2

    组织染色和成像

    利用标准固定和免疫荧光(IF)染色,采用一台荧光显微镜就能实现组织切片的可视化和蛋白质标记。

    资源
  3. 3Step 3

    组织透化和文库构建

    对组织进行透化处理,从细胞中释放出mRNA,这些mRNA与点上带有空间条形码的寡核苷酸相结合。通过逆转录反应从捕获的mRNA中生成cDNA。将带有条形码的cDNA合并后进行下游处理,制备出可立即测序的文库。对于FFPE组织,组织被透化,以便从细胞中释放连接的探针对,其中这些探针对与存在于点上的空间上条形码寡核苷酸结合。通过延伸反应添加空间条形码。然后把条形码标记的分子合并后进行下游处理,以生成可用于测序的文库。

    资源
  4. 4Step 4

    测序

    上一步所生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现整张组织切片的大规模转录分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据分析和可视化

    Space Ranger分析软件可处理您的空间基因表达数据,而Loupe Browser可视化软件可帮助您交互式地探索实验结果。

    只有生物信息学家才能使用Loupe吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都能轻松下载和使用。

    资源

常见问题

Visium空间基因表达工作流程可与大多数荧光成像系统兼容,因而我们能够检测的目标蛋白数量取决于抗体选择和成像配置。我们支持多达四个IF标记物,并建议将DAPI用于其中一个通道。

请查阅我们的成像指南(FFPE/新鲜冷冻组织)了解详情。

是的,与Visium结合使用的IF方案与标准的IF方案有几个主要差别。请参阅IF演示方案,了解详细信息。

由于Visium分析的灵敏度高,IF对Visium性能的影响可能因组织而异。不过,H&E和IF之间的基因表达空间结构和细胞簇检测具有可比性。

Visium与含mRNA的新鲜冷冻和FFPE组织兼容。我们有单独的试剂盒,它们利用不同的化学方法处理新鲜冷冻组织和FFPE组织。可参阅下文中用Visium分析成功完成内部测试的组织列表。 成功通过测试的组织:FFPE组织| 新鲜冷冻组织

10x Genomics提供了两种类型的软件,可以帮助您分析数据:Space Ranger和Loupe Browser。Space Ranger这款分析软件能够自动地将空间基因表达信息与组织图像相叠加,鉴定出转录图谱相似的数据点集合。随后,您可以采用Loupe Browser可视化软件来交互式地探索实验结果。Space Ranger和Loupe Browser可从10x Genomics支持页面上免费下载。

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产品

空间基因表达

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单细胞基因表达

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单细胞免疫分析

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单细胞ATAC

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性能

  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 兼容FFPE组织切片和新鲜冷冻组织切片
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究

扩展应用

  • 免疫荧光蛋白共检测
  • 细胞表面蛋白
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测
  • 细胞表面蛋白
  • 抗原特异性
  • CRISPR筛选

仪器

  • Visium CytAssist
Single Cell Gene Expression

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