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シングルセルATAC + 遺伝子発現

探索のパワーを増強

エピゲノムとトランスクリプトームをシングルセルの解像度で同時プロファイリング

同じ細胞からの遺伝子発現とATAC-seqデータを組み合わせて、トランスクリプトームとクロマチンを統合した全体像を獲得。数万もの細胞から遺伝子と調節因子の直接的な関係を特徴づけ。マルチオミックスを利用して新しい遺伝子調節機構を解明。

 

Kamila Belhocine, 10x Genomics, discusses our Single Cell ATAC + Gene Expression Solution at AGBT 2020.

シングルセルATAC + 遺伝子発現ソリューションでできること

  • 細胞タイプと細胞状態の特徴づけをさらに深める
  • エピゲノムと遺伝子発現プロファイルを組み合わせてこれまで隠れていた見識を解明
  • 貴重なサンプルから複数の解析を行うことで研究を加速

ターゲット遺伝子発現

注目する遺伝子だけにフォーカス

シングルセルと空間遺伝子発現にターゲットアプローチ

ターゲット遺伝子パネルを使い、最も関連の高い細胞タイプとバイオマーカーを探索。全トランスクリプトームシーケンスをせずにコストを抑えて、遺伝子発現実験をスケールアップ。 包括的な遺伝子を搭載したパネル(癌、免疫学、神経科学、遺伝子パスウェイ)の使用、あるいはカスタムパネルを作成。

 

Sarah Taylor, 10x Genomics, discusses our Targeted Gene Expression Solution at AGBT 2020.

ターゲット遺伝子発現解析できること

  • 高スループットかつ低価格でシーケンスを効率化
  • 合理化された解析と結果までの時間を短縮
  • 高い遺伝子検出感度を維持したまま実験効率を改善
  • フレキシビリティを保ちつつ、同じサンプル調製からバイアスのない遺伝子発現解析を実施

Visium空間的遺伝子発現

空間的な可能性を広げ研究を加速

Visium空間的ソリューションのタンパク質検出機能と新しいソフトウェア機能

Visium 空間的ソリューションの拡張機能により、空間的プロファイリングをさらに強化。VisiumにIHC、あるいは複数のタンパク質検出用のFeature Barcoding技術を組み合わせることで、空間的な遺伝子とタンパク質発現を解析。新鮮凍結組織サンプルに加えて、FFPE組織ソリューションでさらなる可能性。

 

Nikhil Rao, 10x Genomics, discusses updates to our Visium Spatial Platform at AGBT 2020.

新しいVisium機能でできること

  • 免疫蛍光染色により空間的遺伝子発現とタンパク検出の組み合わせ
  • Feature Barcoding技術で高プレックスにタンパク質を検出し、蛍光標識法よりも多くのタンパク質を解析
  • ソフトウェアでサンプルを統合し比較解析
  • FFPE組織での遺伝子発現プロファイリングにより、多様なサンプルタイプと病理状態の調査

細胞マルチプレックス

シングルセル解析を拡大

細胞とサンプルの出力を上げる細胞マルチプレックス

CellPlexを使うことでサンプルのマルチプレックスと柔軟な実験デザインを可能にし、シングルセル遺伝子発現と免疫プロファイル解析のスループットを高める。サンプルを一度に混ぜたり、もともとが異なるサンプル、同じであっても時間経過を見る実験、薬剤投与反応タイトレーション実験など、より多くの異なる条件下の細胞を一緒に実験可能。

 

Sarah Taylor, 10x Genomics, discusses our Cell Multiplexing capabilities at AGBT 2020.

CellPlexキットでできること:

  • 細胞およびサンプルのスループットを向上
  • ラベル化したサンプルにおいて遺伝子発現の時間軸変化の発見
  • 1回のランでさらなる実験条件をプロファイル
  • 技術的なバッチエフェクトを低減
  • 限られた希少サンプルをまとめて実験から得られる知見を増加

細胞内タンパク質検出

細胞内タンパク質検出でマルチオミクス機能を拡張

Feature Barcode技術を使い、同じ細胞から遺伝子発現と細胞内タンパク質を検出

単一細胞における遺伝子発現と細胞内タンパク質の同時検出により研究を強化。タンパク質と転写産物の両方のレベルで、主要な転写因子を細胞分化およびその他の複雑な生物学的プロセスにマッピング。 シングルセルの解像度と規模で細胞内タンパク質ターゲットを同定。 CRISPR摂動、遺伝子発現、細胞表面タンパク質と細胞内タンパク質発現をすべて同じ細胞から測定。

 

Sarah Taylor, 10x Genomics, discusses intracellular protein detection capabilities at AGBT 2020.

細胞内タンパク質プロファイリングでできること:

  • タンパク質と転写産物の両方のレベルで、主要な転写因子をプロファイル
  • 発生や病態進行を司る遺伝子ータンパク質制御ネットワークをさらに解明
  • ターゲットタンパク質の翻訳後修飾の評価

超高スループットシングルセル

シングルセル研究の可能性を広げる

数百万細胞を一度の実験でプロファイル

10x Genomics の規模とスループットを活用し、シングルセル研究をスケールアップし1回のランで数百万細胞をプロファイル。細胞の出力を最大化しシングルセルの解像度で高スループットを実現。

 

Sarah Taylor, 10x Genomics, discusses our ultra high-throughput single cell capabilities at AGBT 2020.

超高スループットシングルセル研究でできること

  • 数百万の細胞で効率的なCRISPR摂動スクリーニングを実施
  • 多数のサンプルから大規模なシングルセル発現プロファイルを産出
  • 機能性調節要素の高スループットスクリーニングを実施

クラウド解析

10x Genomics クラウド解析

10x Genomicsデータを解析する拡張性のあるクラウドプラットフォーム

10x Genomicsクラウドプラットフォームは、10x Genomicsデータを解析のための統合環境を提供。 プロジェクトや作業の共有、解析を加速。

 

Alex Wong, 10x Genomics, discusses the 10x Genomics cloud platform at AGBT 2020.