Loupe Browser

データから生物学的解釈まで

Loupe Browserは、10x Genomics データの探索に必要な解析機能を提供する強力かつ直感的な視覚化ソフトウェアです。WindowsとMacOSの両方に対応した使いやすいデスクトップアプリケーションで、データから生物学的な解釈を引き出すことができます。

Download Loupe

Loupe Browser
  • 多次元的解析

    サンプル間やサンプル内の異なる分子データを検証しながら発見へ

  • クリックによる解析

    使いやすいインターフェースでデータから生物学的理解を深める

  • 専門サポート

    包括的なソフトウェアビデオやチュートリアルを活用し解析を加速

  • Loupe Browser gene/feature expression, represented as t-SNE, list, and violin plots

    遺伝子発現パターンを調査

    発現プロファイルと細胞クラスター間での異なる発現遺伝子を視覚化
  • Loupe Browser cell type clusters, represented as t-SNE, list, and heatmap

    細胞タイプの構成を探索

    新規および希少な細胞タイプを識別するために細胞クラスターを精査
  • Loupe Browser gene/feature expression data—shown as antibody t-SNE, list & graph-based table of upregulated genes per cluster

    マルチオミックスな知見を発見

    シングルセルの遺伝子とタンパク質発現情報から新しい細胞状態を包括的にプロファイル
  • Loupe Browser side-by-side view of cell type clustering data from two different samples

    サンプル間の比較

    発現パターン、細胞タイプ、定量データの違いを明確化
  • 遺伝子発現とV(D)Jデータの重ね合わせ

    • 遺伝子発現プロファイルにクロノタイプ情報を重ね合わせて免疫細胞のサブタイプをアノテーション
    • 細胞表面のタンパク質データを重ね合わせて表現型とクロノタイプ情報の間のリンクを視覚的に探索
    Loupe Browser displaying cell type clustering t-SNE overlaid with clonotype data
  • 免疫レパトアを探索

    シングルセル免疫プロファイリング解析用に専用のLoupe V(D)J Browserを提供しています。
    • クロノタイプ頻度、V(D)J遺伝子、ペアの分布を評価し、T細胞とB細胞のクローンレパトアを特徴付け
    • 細胞タイプやサンプル間での主要なレパトアメトリクスを視覚化して比較
    Loupe VDJ Browser data with V-J gene heatmap and list
シングルセルマルチオームATAC +遺伝子発現

エピゲノムとトランスクリプトームの知見を統合

  • 細胞型分類のためのマルチミックマーカーの発見
  • 同一細胞からのクロマチンアクセシビリティと遺伝子発現の同時測定により、細胞タイプと状態を再定義
  • オープンクロマチンのピークと遺伝子発現の間の遺伝子制御関連を解析
Loupe VDJ Browser data with graphs representing linkages between chromatin peaks and gene expression data
空間的遺伝子発現

組織トランスクリプトームを視覚化

  • 遺伝子発現パターンを解析し組織切片内の細胞タイプとその局在を決定
  • 興味のある複数領域にまたがる遺伝子発現変動解析
  • 遺伝子発現およびタンパク質発現を組織形態画像と重ね合わせ
  • Loupe Browserのダウンロード
  • チュートリアルを参照
Loupe Browser tissue image overlaid with Visium spot data, including cell clusters & up-regulated genes per cluster
その他のサポート対応解析と視覚化

Loupe Browserで多数のシングルセルアプリケーションのデータ解析を可能に

  • エピジェネティクス

    Loupe Browserでは、シングルセルATACデータをもとにクロマチンのアクセシビリティの解析、興味のある転写因子モチーフに富む細胞クラスターの検出、サンプル間のオープンクロマチンプロファイルの比較などができます。

  • 免疫受容体マッピング

    シングルセル免疫受容体マッピングのデータからは、B細胞またはT細胞に対する複数の抗原またはエピトープの結合特異性がスクリーニングできます。下流の遺伝子発現や機能解析のために、対応するペアの完全長の受容体配列を得られます。

  • マルチオミックスサイトメトリー

    マルチオミックスサイトメトリー実験の結果(細胞表面タンパク質と遺伝子発現の両方のデータ)を視覚化することで、より確実に細胞タイプの同定を行うことができます。

  • CRISPRスクリーニング

    シングルセル CRISPR スクリーニングのデータを視覚化し、ガイド ターゲット間の CRISPR 編集による表現型を特徴付け、ノックダウンの効果を評価します。

よくある質問

Loupe Browserは以下のデータをサポートします:

Loupe V(D)J Browserは、シングルセル免疫プロファイリング製品から得られる、TCR・BCRクロノタイプ情報を視覚化することに特化したソフトウェアです。

Loupe Browserはクリックベースのソフトウェアです。バイオインフォマティクスのスキルがなくても10x Genomicsのデータを解析できます。

Loupe Browserは10x Genomicsデータを視覚化するために、.loupe ファイルを用います。.loupe ファイルは、生データから標準的なファイルフォーマットへ変換する、10x Genomics解析ソフトウェアから出力されます。その出力ファイルを得たら、最新バージョンのLoupe Browser にてデータ解析を開始できます。

Loupe Browserでデータを解析する方法は以下のリソースから学ぶことができます:

Loupe Browserは、10x Genomicsのデータを解析するのに費用はかかりません。

Loupe Browserを入手して、解析資料、チュートリアル、製品ごとのサンプルデータセットを利用する

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