Loupe Browser

データから生物学的解釈まで

Loupe Browserは、10x Genomics データの探索に必要な解析機能を提供する強力かつ直感的な視覚化ソフトウェアです。WindowsとMacOSの両方に対応した使いやすいデスクトップアプリケーションで、データから生物学的な解釈を引き出すことができます。

Loupe Browser
  • 多次元的解析

    多次元的解析

    サンプル間やサンプル内の異なる分子データを検証しながら発見へ

  • クリックによる解析

    クリックによる解析

    使いやすいインターフェースでデータから生物学的理解を深める

  • 専門サポート

    専門サポート

    包括的なソフトウェアビデオやチュートリアルを活用し解析を加速

  • 遺伝子発現パターンを調査

    発現プロファイルと細胞クラスター間での異なる発現遺伝子を視覚化
  • 細胞タイプの構成を探索

    新規および希少な細胞タイプを識別するために細胞クラスターを精査
  • マルチオミックスな知見を発見

    シングルセルの遺伝子とタンパク質発現情報から新しい細胞状態を包括的にプロファイル
  • サンプル間の比較

    発現パターン、細胞タイプ、定量データの違いを明確化

遺伝子発現とV(D)Jデータの重ね合わせ

  • 遺伝子発現プロファイルにクロノタイプ情報を重ね合わせて免疫細胞のサブタイプをアノテーション
  • 細胞表面のタンパク質データを重ね合わせて表現型とクロノタイプ情報の間のリンクを視覚的に探索

免疫レパトアを探索

シングルセル免疫プロファイリング解析用に専用のLoupe V(D)J Browserを提供しています。
  • クロノタイプ頻度、V(D)J遺伝子、ペアの分布を評価し、T細胞とB細胞のクローンレパトアを特徴付け
  • 細胞タイプやサンプル間での主要なレパトアメトリクスを視覚化して比較
シングルセルマルチオームATAC +遺伝子発現

エピゲノムとトランスクリプトームの知見を統合

  • 細胞型分類のためのマルチミックマーカーの発見
  • 同一細胞からのクロマチンアクセシビリティと遺伝子発現の同時測定により、細胞タイプと状態を再定義
  • オープンクロマチンのピークと遺伝子発現の間の遺伝子制御関連を解析
空間的遺伝子発現

組織トランスクリプトームを視覚化

  • 遺伝子発現パターンを解析し組織切片内の細胞タイプとその局在を決定
  • 興味のある複数領域にまたがる遺伝子発現変動解析
  • 遺伝子発現およびタンパク質発現を組織形態画像と重ね合わせ
その他のサポート対応解析と視覚化

Loupe Browserで多数のシングルセルアプリケーションのデータ解析を可能に

エピジェネティクス

Loupe Browserでは、シングルセルATACデータをもとにクロマチンのアクセシビリティの解析、興味のある転写因子モチーフに富む細胞クラスターの検出、サンプル間のオープンクロマチンプロファイルの比較などができます。

免疫受容体マッピング

シングルセル免疫受容体マッピングのデータからは、B細胞またはT細胞に対する複数の抗原またはエピトープの結合特異性がスクリーニングできます。下流の遺伝子発現や機能解析のために、対応するペアの完全長の受容体配列を得られます。

マルチオミックスサイトメトリー

マルチオミックスサイトメトリー実験の結果(細胞表面タンパク質と遺伝子発現の両方のデータ)を視覚化することで、より確実に細胞タイプの同定を行うことができます。

CRISPRスクリーニング

シングルセル CRISPR スクリーニングのデータを視覚化し、ガイド ターゲット間の CRISPR 編集による表現型を特徴付け、ノックダウンの効果を評価します。

よくある質問

Loupe V(D)J Browserは、シングルセル免疫プロファイリング製品から得られる、TCR・BCRクロノタイプ情報を視覚化することに特化したソフトウェアです。

Loupe Browserはクリックベースのソフトウェアです。バイオインフォマティクスのスキルがなくても10x Genomicsのデータを解析できます。

Loupe Browserは10x Genomicsデータを視覚化するために、.loupe ファイルを用います。.loupe ファイルは、生データから標準的なファイルフォーマットへ変換する、10x Genomics解析ソフトウェアから出力されます。その出力ファイルを得たら、最新バージョンのLoupe Browser にてデータ解析を開始できます。

Loupe Browserでデータを解析する方法は以下のリソースから学ぶことができます:

Loupe Browserは、10x Genomicsのデータを解析するのに費用はかかりません。

Loupe Browserを入手して、解析資料、チュートリアル、製品ごとのサンプルデータセットを利用する