单细胞分析

一块全新的视觉画布,助您探索单细胞数据

下载Loupe软件
下载Loupe V(D)J
Visium breast cancer sample data

单细胞数据分析的路线图

即使没有生物信息学家帮忙,我们的软件工具也能帮助您轻松实现单细胞数据的处理、可视化和探索。

Chromium analysis single cell
Cell Ranger分析流程

将原始序列转化为单细胞见解

Cell Ranger是一套免费的分析流程,可以处理Chromium单细胞分析的数据。

    Alignment layer

    使用Cell Ranger比对读数,生成细胞-特征矩阵,开展聚类分析和二次分析

    Cell Ranger可以处理原始测序数据,开展质控,识别细胞条形码,并在单细胞水平上定量基因表达水平。

    Alignment layer

    云分析 – 一款运行Cell Ranger的网络应用程序 – 助您快速获得结果

    通过网络浏览器访问云分析可使用Cell Ranger。目前仅支持在美国和加拿大使用。

Loupe Browser

Loupe Browser能够以10种方式挖掘数据

Loupe Browser是一款适用于Windows和MacOS系统的桌面应用程序,能够实现交互式的数据可视化。

1

无需写代码,Loupe帮助您深入开展Seurat分析

LoupeR是一个R软件包,可以从Seurat对象中创建Loupe Browser文件。有了LoupeR,无需命令行数据处理即可在Loupe中无缝探索Seurat数据。

2

从经处理的样本和对照样本比较的实验中寻找差异表达的基因

轻松开展并迭代进行多样本比较。

3

对感兴趣基因的表达进行快速可视化

4

轻松绘制出差异表达的结果图

交互式探索差异表达基因的热图和小提琴图。

5

轻松注释细胞类型

从头开始定义或完善现有的细胞类型。

6

快速生成交互式的差异表达分析

7

重新分析数据子集,寻找新的细胞类型

将范围缩小到感兴趣的细胞类型上,或过滤掉低质量的数据。

8

点几下鼠标即可创建高分辨率图像

Loupe Browser可以轻松生成SVG和PNG格式的图像,以便在PPT或论文中共享。

9

利用高级过滤功能表征细胞

采用布尔运算符创建一组自定义的规则,将目标锁定在特定的条形码组合。

10

探索多个数据模态,包括单细胞V(D)J、ATAC和空间基因表达

Loupe Browser支持10x Genomics全套单细胞和空间数据集分析。

探索单细胞数据

下载与各种分析、样本和物种相关的多种多样的10x Genomics数据集。

  • image

    约90万个人类非小细胞肺癌细胞和癌旁正常细胞的聚合数据

    Species
    Human
    Tissue
    Lung
    Number of cells
    897,733
  • image

    阿尔茨海默病小鼠模型 – 一侧半球的大脑冠状切片的时间进程分析

    Species
    Mouse
    Tissue
    Brain
    Number of cells
    33,459

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