Chromium Single Cell Analysis Software

单细胞分析

一块全新的视觉画布,助您探索单细胞数据

即使没有生物信息学家帮忙,我们的软件工具也能帮助您轻松实现单细胞数据的处理、可视化和探索。

Cell Ranger分析流程

Cell Ranger是一套免费的分析流程,可以处理Chromium单细胞分析的数据。查看Cell Ranger相关文档

Cell Ranger可以处理原始测序数据,开展质控,识别细胞条形码,并在单细胞水平上定量基因表达水平。

通过网络浏览器访问云分析可使用Cell Ranger。不适用于中国大陆或香港。

Loupe Browser

Loupe Browser是一款适用于Windows和MacOS系统的桌面应用程序,能够实现交互式的数据可视化。

无需写代码,Loupe帮助您深入开展Seurat分析
LoupeR是一个R软件包，可以从Seurat对象中创建Loupe Browser文件。有了LoupeR，无需命令行数据处理即可在Loupe中无缝探索Seurat数据。安装LoupeR
从经处理的样本和对照样本比较的实验中寻找差异表达的基因
轻松开展并迭代进行多样本比较。
对感兴趣基因的表达进行快速可视化
轻松绘制出差异表达的结果图
交互式探索差异表达基因的热图和小提琴图。
轻松注释细胞类型
从头开始定义或完善现有的细胞类型。
快速生成交互式的差异表达分析
重新分析数据子集,寻找新的细胞类型
将范围缩小到感兴趣的细胞类型上,或过滤掉低质量的数据。
点几下鼠标即可创建高分辨率图像
Loupe Browser可以轻松生成SVG和PNG格式的图像,以便在PPT或论文中共享。
利用高级过滤功能表征细胞
采用布尔运算符创建一组自定义的规则,将目标锁定在特定的条形码组合。
探索多个数据模态,包括单细胞V(D)J、ATAC和空间基因表达
Loupe Browser支持10x Genomics全套单细胞和空间数据集分析。