单细胞数据分析的路线图
使用Cell Ranger比对读数,生成细胞-特征矩阵,开展聚类分析和二次分析
Cell Ranger可以处理原始测序数据,开展质控,识别细胞条形码,并在单细胞水平上定量基因表达水平。
Loupe Browser
Loupe Browser能够以10种方式挖掘数据
无需写代码,Loupe帮助您深入开展Seurat分析
LoupeR是一个R软件包，可以从Seurat对象中创建Loupe Browser文件。有了LoupeR，无需命令行数据处理即可在Loupe中无缝探索Seurat数据。
安装LoupeR从经处理的样本和对照样本比较的实验中寻找差异表达的基因
轻松开展并迭代进行多样本比较。
对感兴趣基因的表达进行快速可视化
轻松绘制出差异表达的结果图
交互式探索差异表达基因的热图和小提琴图。
轻松注释细胞类型
从头开始定义或完善现有的细胞类型。
快速生成交互式的差异表达分析
重新分析数据子集,寻找新的细胞类型
将范围缩小到感兴趣的细胞类型上,或过滤掉低质量的数据。
点几下鼠标即可创建高分辨率图像
Loupe Browser可以轻松生成SVG和PNG格式的图像,以便在PPT或论文中共享。
利用高级过滤功能表征细胞
采用布尔运算符创建一组自定义的规则,将目标锁定在特定的条形码组合。
探索多个数据模态,包括单细胞V(D)J、ATAC和空间基因表达
Loupe Browser支持10x Genomics全套单细胞和空间数据集分析。
探索单细胞数据
约90万个人类非小细胞肺癌细胞和癌旁正常细胞的聚合数据
