Chromium 单细胞CRISPR筛选

单细胞分辨率的功能基因组学研究

以单细胞分辨率研究发育、疾病、基因功能和治疗反应的复杂性。单细胞CRISPR筛选能够获得全面且可扩展的细胞表型读数,从而直接评估CRISPR驱动的特定基因编辑或敲除以及由此产生的被扰动的基因表达谱。

单细胞CRISPR筛选

Resources:

  • 将CRISPR编辑与细胞表型相关联

    将CRISPR编辑与细胞表型相关联

    以单细胞分辨率将CRISPR编辑与基因表达表型直接关联。

  • 获得更深入的见解

    获得更深入的见解

    通过单细胞全转录组或靶向基因表达获得全面的见解,而不仅仅是细胞状态。

  • 扩展您的CRISPR筛选

    扩展您的CRISPR筛选

    分析成千上万个细胞中数百个基因的遗传扰动效应。

  • 缩短分析时间

    缩短分析时间

    与细胞存活分析所需的长时间培养相比,更快获得基因表达结果。

  • 单细胞分辨率

    单细胞分辨率

    逐个细胞地大规模分析疾病通路和扰动效应。

  • 简化数据分析

    简化数据分析

    通过易用的软件来探索扰动后的基因表达谱。

探索您的应用

  • 可扩展的功能基因组学

  • 验证GWAS和QTL研究中确定的重要信息

  • 了解疾病生物学的机制

  • 揭示整个基因组对疾病的遗传贡献

久经考验的结果

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久经考验的结果

视频

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文献

Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing

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Nat Biotechnol. 2020, Replogle JM, et al.

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High-resolution characterization of gene function using single-cell CRISPR tiling screen

High-resolution characterization of gene function using single-cell CRISPR tiling screen

Nat Commun. 2021, Yang L, et al.

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Systematic dissection of transcriptional regulatory networks by genome-scale and single-cell CRISPR screens

Systematic dissection of transcriptional regulatory networks by genome-scale and single-cell CRISPR screens

Sci Adv. 2021, Lopes R et al.

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资源

查找有关Chromium单细胞CRISPR筛选的最新应用指南及其他文档。

Direct capture of guide RNAs enables scalable and combinatorial single cell CRISPR screens

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Research Snapshot, 10x Genomics

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Discovering mechanisms of cancer immune evasion with multiomic single cell CRISPR screens

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Research Snapshot, 10x Genomics

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Transforming drug discovery with single cell CRISPR screens

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Infographic, 10x Genomics

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完整的解决方案

基于Next GEM技术的Chromium仪器

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Chromium X Series

通量灵活、可拓展

Chromium单细胞基因表达试剂

Chromium单细胞基因表达试剂

使用我们的试剂盒,您可以通过3’mRNA、细胞表面蛋白、CRISPR扰动等来探索细胞多样性。

分析和可视化软件

分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

  1. 1Step 1

    设计CRISPR文库

    选择您想要进一步研究其功能的目标基因——您既可以选择数十个基因来深入研究,也可以选择构成多条通路的数百个基因来广泛筛选。然后,从多个免费的CRISPR向导RNA设计工具中选择一个来设计您的sgRNA,并订购,将其克隆到采用10x Genomics捕获序列的CRISPR载体中。

    资源
    • CRISPR向导RNA设计工具
  2. 2Step 2

    制备样本

    转导并刺激细胞 - 感染细胞,选择表达CRISPR向导的细胞,然后施加刺激物。收集细胞,开始探索成千上万个细胞。按照洗涤、计数和浓缩细胞的最佳做法,尽量减少细胞团块的存在,并回收高质量的单细胞悬液。

    资源
  3. 3Step 3

    构建你的10x文库

    利用我们的试剂盒和Chromium Controller构建带有条形码的10x文库。Chromium Controller将每个带有10x条形码的凝胶珠的细胞封装在单个液滴中。在每个纳升级的液滴中,细胞经过逆转录,mRNA和CRISPR向导都生成cDNA,其中单个细胞的所有cDNA都带有共同的10x条形码。

    单细胞CRISPR筛选是否与靶向基因表达兼容?

    是的,您既可以探索全转录组的扰动效应,也可以使用靶向基因表达关注感兴趣的通路,通过测序成本的降低进一步扩大筛选规模。

    资源
  4. 4Step 4

    测序

    在兼容的标准短读长NGS测序仪上对生成的带有10x条形码文库进行测序,实现数千个单细胞的大规模转录分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据分析

    Cell Ranger分析软件可自动为每个细胞分配向导,并直接评估向导对目标基因以及整个转录组的扰动效应。

    分析流程输出

    输出结果包括质控信息和文件,这些文件可轻松用于Loupe Browser可视化软件或第三方R工具及Python工具的进一步分析。

    资源
  6. 6Step 6

    数据可视化

    使用我们的Loupe Browser可视化软件,您可以交互式地探索实验结果。研究目标基因的表达模式,分析各个向导靶点所产生的扰动表型,并开展细胞簇和样本之间的比较分析。

    只有生物信息学家才能使用吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都可以轻松下载和使用。

    资源

常见问题

来自10x Genomics的单细胞CRISPR筛选能够捕获每个细胞中的CRISPR sgRNA和细胞转录本并加上条形码,以混合向导文库的形式提供扰动和表型之间的直接关联。此外,分析读数提供了每个细胞的信息,能够分辨样本中的细胞簇和亚群。

CRISPR敲除、抑制和激活均经过了10x Genomics的结合Feature Barcode技术的单细胞基因表达解决方案的验证。

我们的兼容产品合作伙伴SigmaAldrich®*可以设计和制造与Feature Barcode兼容的定制慢病毒向导文库。采用Feature Barcode的CRISPR向导载体也可以在Addgene上找到,Weissman实验室存放了pBA900和pBA904载体。

SigmaAldrich® 10x Genomics定制CRISPR慢病毒产品

表达单个向导的CRISPR载体

  • CRISPR guide vector pBA900
  • CRISPR guide vector pBA904

表达两个向导的CRISPR载体

  • CRISPR guide vector pJR85

*Sigma-Aldrich is a trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany or its affiliates. All other trademarks are the property of their respective owners. Detailed information on trademarks is available via publicly accessible resources.

基因编辑或功能基因组学核心实验室通常会提供资源,或者可以指导CRISPR向导的设计。Addgene也提供指导,帮助您选择最佳的CRISPR sgRNA设计工具。您也可以向MilliporeSigma提供目标基因列表,他们将为您订购的混合文库设计向导。

选择最佳的CRISPR sgRNA设计工具

10x Genomics提供了两种类型的软件,可帮助您分析数据:Cell Ranger和Loupe Browser。Cell Ranger这款分析软件能够自动化生成每个细胞的转录图谱,并确定对基因表达水平的扰动效应。随后,您可以利用Loupe Browser可视化软件,通过聚类交互式探索整体的扰动差异,并比较不同扰动之间的差异基因表达。您可以从10x Genomics支持网站上免费下载Cell Ranger和Loupe Browser。

10x Genomics支持网站

相关产品

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产品

单细胞免疫分析

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单细胞基因表达

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性能

  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测

扩展应用

  • 细胞表面蛋白
  • 抗原特异性
  • CRISPR筛选
  • 细胞表面蛋白
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测

仪器

  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
Single Cell Gene Expression

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