Chromium 单细胞基因表达

逐个细胞地揭示细胞多样性的错综复杂之处

Chromium单细胞基因表达能够提供单细胞转录组3'基因表达和多组学功能,可同时对成千上万个细胞进行分析。通过结合单细胞水平的基因表达、细胞表面蛋白表达或CRISPR编辑,可以探索细胞异质性,鉴定新的靶点及生物标志物。

单细胞基因表达

Resources:

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  • 单细胞购买指南
  • 高通量单细胞分析

    高通量单细胞分析

    捕获样本中成千上万个细胞的完整异质性。

  • 多组学细胞读数

    多组学细胞读数

    可检测3’ mRNA、细胞表面蛋白、CRISPR扰动及其他。

  • 可扩展的功能基因组学

    可扩展的功能基因组学

    通过配对的CRISPR敲除和全转录组读数来探索基因网络。

  • 简化的数据分析

    简化的数据分析

    使用易用的软件来探索和解释单细胞基因表达谱。

  • 为期一天的实验室流程

    为期一天的实验室流程

    在一天之内完成从样本到可测序文库的过程。

  • 兼容不同的样本

    兼容不同的样本

    经验证适用于固定、新鲜和冷冻的样本,以及完整的细胞和细胞核。

探索您的应用

  • 鉴定复杂的细胞群体

  • 发现新的细胞类型和状态

  • 揭示复杂的细胞过程

  • 可扩展的功能基因组学

灵活的解决方案 满足您各种需求

Product Family

Chromium单细胞基因表达解决方案可以满足您的各种需求--从处理大型项目到发现基因表达的多样性,逐个细胞地进行解析。

获得初步见解

开启您的单细胞基因表达实验--使用可以负担的适用于小型项目的解决方案进行试点研究或优化实验条件。

单细胞基因表达低通量解决方案

开启您的单细胞发现之旅。仅需100-1,000个细胞即可进行试点研究,启动初步研究或进行样本制备优化。

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    获得初步见解

    通过小规模研究,从100-1,000个细胞中找到可揭示的内容。

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    优化样本制备

    优化实验条件,最大程度地提高您的研究成功率。

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    从样本制备到数据分析的全面支持

    从技术资源到用户友好的基于云的数据分析,都将为您提供端到端的支持。

多组学分析

同时测量细胞表面蛋白表达或CRISPR扰动与3’基因表达。

CRISPR筛选

通过对细胞内sgRNA的直接捕获和基因表达的变化,以单细胞分辨率评估CRISPR扰动带来的影响。

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CRISPR筛选
  • 筛选与疾病相关的新型基因靶点或耐药性的驱动因素
  • 通过更快的流程和更高的分辨率开展功能性遗传筛选
  • 揭示发育过程中复杂的基因调控通路
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细胞表面蛋白

综合分析单细胞的基因和蛋白表达,以便发现新的细胞亚群和罕见的细胞群体。

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细胞表面蛋白
  • 通过额外的蛋白信息来丰富对不同细胞表型的认识
  • 通过同步的单细胞检测来探索转录组与蛋白组之间的关系
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大规模项目

处理您最雄心勃勃的项目,从药物筛查到临床前试验,并为大型项目提供补充解决方案。

单细胞基因表达HT

在新的Chromium X上通过高通量 (HT) 基因表达和多组学分析扩展您的实验可能性并使百万细胞研究成为常规实验。

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    加快获得结果的时间

    在单张芯片中一次分析数十万个单细胞,多达 16 个样本。

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    通过更大规模的实验来享受经济的检测

    通过结合3’ CellPlex进行混样分析和靶向基因表达,降低实验和分析成本,并完成您最重视的项目。

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    提供从样本制备到结果分析的完整方案

    从技术资源到用户友好的基于云的数据分析工具,您都可以获得端到端的支持。

靶向基因表达

通过分析一组确定的转录本,以降低成本,同时通过可定制的、全面的基因组合增加样本数量或测序深度。

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    扩大规模

    在靶向扩增的过程中,通过多文库混合扩增,最大限度地提高样本通量并缩短手动操作时间。

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    无缝整合

    不错过任何数据,在全转录组和来自同一文库的靶向分析之间无缝转换。

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    关注重点

    随着研究规模的扩大,通过使用预先设计或定制的靶向基因组合降低测序成本,最大限度地利用预算。

采用3’ CellPlex进行样本多路复用

使用端到端的样本多路复用解决方案扩展您的单细胞研究,利用跨物种兼容标记可以最多将12个样本进行混合。

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    解锁更多见解

    通过多路复用实现更大的细胞核样本通量,降低样本成本,并扩展到更大的单细胞实验室。

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    广泛的样本兼容性

    通过统一的与各种样品和物种兼容的试剂来实现多样本标记,包括病人样本,动物模型,细胞系,以及整个细胞或细胞核。

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    完整的解决方案

    利用具有多路分解功能的完全受支持的实验方案和集成的数据分析流程,有效地进行大规模的单细胞实验。

自动化工作流程

通过Chromium Connect单细胞基因表达解决方案获得一致性高、重复性好的结果,最大限度地提高实验室生产力。

自动化单细胞基因表达解决方案

基于Chromium Connect的自动化基因表达工作流程,助力您探索细胞异质性,发现新的目标和生物标志物,并以提高生产力来揭示复杂的细胞过程。

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了解更多关于Chromium Connect
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    优化生产力

    缩短手动操作时间,从单细胞到可以测序的基因表达文库,实现无人值守的便捷。

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    将您的工作流程标准化

    在多个实验室、用户、甚至多个站点生成一致且可重复的单细胞基因表达结果。

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    流线操作

    采用预先分装的自动化专属试剂,这些试剂采用颜色编码和2D条形码,用于防错试剂跟踪和加载。

经过验证的结果

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经过验证的结果

视频

观看视频,了解客户如何使用Chromium单细胞基因表达。

文献

Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells

Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells

Nature Communications. 2017, Grace X Y Zheng, et al.

Nature Communications. 2017, Grace X Y Zheng, et al.

Colonic epithelial cell diversity in health and inflammatory bowel disease

Colonic epithelial cell diversity in health and inflammatory bowel disease

Nature. 2019, Kaushal Parikh, et al.

Nature. 2019, Kaushal Parikh, et al.

A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes

A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes

Nature. 2019, Daniel T Montoro, et al.

Nature. 2019, Daniel T Montoro, et al.

资源

查找有关Chromium单细胞基因表达的最新应用指南及其他文档

Getting Started with Gene Expression Guide

Getting Started with Gene Expression Guide

Experiment Planning Guide, 10x Genomics

Experiment Planning Guide, 10x Genomics

Grant Application Resources for Chromium Single Cell Gene Expression

Grant Application Resources for Chromium Single Cell Gene Expression

Grant Application Resources, 10x Genomics

Grant Application Resources, 10x Genomics

Improving Single Cell Characterization with Simultaneous Gene Expression and Cell Surface Protein Measurements at Scale

Improving Single Cell Characterization with Simultaneous Gene Expression and Cell Surface Protein Measurements at Scale

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

Pushing the Boundaries of Gene Sensitivity with the Chromium Single Cell Gene Expression v3

Pushing the Boundaries of Gene Sensitivity with the Chromium Single Cell Gene Expression v3

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

完整的解决方案

基于Next GEM技术的Chromium仪器

基于Next GEM技术的Chromium仪器

通量灵活、可拓展

小巧灵活

自动化

Chromium单细胞基因表达试剂

Chromium单细胞基因表达试剂

利用我们的试剂盒,您可以捕获和扩增3’ mRNA,鉴定CRISPR扰动或开展其他应用。

分析和可视化软件

分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

单细胞基因表达的基本工作流程如下所示。若您使用我们的Feature Barcode试剂盒来分析CRISPR或细胞表面蛋白,我们将会提供其他方案用于修饰您感兴趣的蛋白。

  1. 1Step 1

    样本制备

    从成百上千个细胞开始。按照洗涤、计数和浓缩细胞的最佳做法,尽量减少细胞团块的存在,回收高质量的单细胞悬液。

    资源
  2. 2Step 2

    文库构建

    利用我们的试剂盒和Chromium Controller构建带有10x条形码的文库。 Chromium Controller将每个带有10x条形码的凝胶珠的细胞封装在单个液滴中。在每个纳升级的液滴中,细胞经过逆转录生成cDNA,其中单个细胞的所有cDNA都带有共同的10x条形码。

    资源
  3. 3Step 3

    测序

    第2步所生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现数千个单细胞的大规模转录分析。

    资源
  4. 4Step 4

    数据分析

    我们的Cell Ranger分析软件可生成每个细胞的表达谱,鉴定表达谱相似的细胞簇,还能够对多个样本的数据进行合并分析。

    分析流程输出

    输出结果包括质控信息和文件,这些文件可轻松用于Loupe可视化软件或第三方R工具及Python工具的进一步分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据可视化

    利用我们的Loupe Browser可视化软件,您可以交互式地探索实验结果,研究目的基因的表达模式,确定细胞类型,并开展细胞簇和样本之间的比较分析。

    只有生物信息专家才能使用吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都可以轻松下载和使用。

    资源

常见问题

它提供了一种全面的方法,来分析基因表达(全转录组或靶向),以及细胞表面蛋白或CRISPR编辑对复杂生物学的多维见解。

只要是表达聚腺苷酸化mRNA分子的细胞类型,都与该单细胞RNA-seq流程兼容。

Chromium单细胞基因表达与新鲜、固定(甲醇)和冷冻的单细胞或单细胞核悬液兼容。兼容的物种包括人、小鼠、大鼠、模式生物以及植物。

10x Genomics提供了两种类型的软件,可帮助您分析数据:Cell Ranger和Loupe Browser。Cell Ranger这款分析软件能够自动生成每个细胞的表达谱,并鉴定表达谱相似的细胞簇。随后,您可以利用Loupe Browser可视化软件来交互式地探索实验结果。您可以从10x支持网站上免费下载Cell Ranger和Loupe Browser。

浏览10x支持网站

我们在内部测试了直径最大达到30微米的细胞。此外,许多客户文献也成功证明了对各类细胞的兼容性,如肝细胞、成纤维细胞和心肌细胞,它们的大小往往超过30微米。

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单细胞ATAC

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性能
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 兼容FFPE组织切片和新鲜冷冻组织切片
  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究
扩展应用
  • Cell Surface Protein
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • Spatial Gene Expression with Immunofluorescence
  • 免疫荧光蛋白共检测
仪器
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
Single Cell Gene Expression

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