Chromium シングルセルATAC

エピゲノムの全体像を細胞レベルで解析

ChromiumシングルセルATAC(Assay for Transposase Accessible Chromatin)は、シングルセルレベルでのクロマチンアクセシビリティ解析を可能にし、細胞の種類や状態の知見、遺伝子制御機構の理解をさらに深めます。

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シングルセルATAC

Resources:

  • クロマチンアクセシビリティを検出

    ゲノムワイドに数千ものオープンクロマチン領域を細胞ごとに解析

  • シングルセル分解能

    シングル核のエピゲノムプロファイルを測定し、集団平均値では見えにくい詳細な解析を実施

  • 柔軟で高い拡張性

    1チップあたり数百から数万個の核をプロファイル

  • 効率的なデータ解析

    使いやすいソフトウェアでクロマチンアクセシビリティプロファイルを探索および視覚化

  • ラボ作業は1日

    わずか1日でサンプルからシーケンス可能なライブラリーを作製

  • 多様なサンプルに対応

    細胞株、初代細胞、新鮮・冷凍組織サンプルからの検証済みプロトコール

さらなる可能性を探る

  • 細胞の種類と状態を定義

  • マスター制御因子の同定

  • プロモーターやエンハンサーなどのシス制御エレメントの発見

  • 遺伝子制御ネットワークを特徴づけ

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論文

Developmental and evolutionary dynamics of cis-regulatory elements in mouse cerebellar cells

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Science. 2021, Sarropoulos I, et al.

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Cell-type specialization is encoded by specific chromatin topologies

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Nature. 2021, Winick-Ng W, et al.

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Single-cell analyses reveal key immune cell subsets associated with response to PD-L1 blockade in triple-negative breast cancer

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Cancer Cell. 2021, Zhang Y, et al.

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リソース

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Is single cell epigenomics right for me? ATAC-ing your research questions for deeper insights

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10x Genomics Blog

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Deciphering Epigenetic Regulation with Single Cell ATAC-Seq

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Application Note, 10x Genomics

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Single Cell ATAC-Seq for Characterization of Complex Biological Systems

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Application Note, 10x Genomics

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エンドツーエンドのソリューション

Next GEM技術を用いたChromium装置

コンパクトな装置

拡張可能な装置

Chromium シングルセルATAC試薬

オープンクロマチン領域を検出するトランスポゼース酵素、NGSシーケンス可能なライブラリーの作製用試薬キット

解析・視覚化ソフトウェア

データ解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

ワークフロー

  1. 1Step 1

    サンプル準備

    細胞培養、初代細胞、または新鮮な組織または凍結組織から分離した核の懸濁液からスタートします。

    CHROMIUM核抽出キット

    Chromium核抽出キットは、さまざまな凍結哺乳類組織において、10x Genomics シングルセルATACアッセイ用に簡単で最適化した核抽出を行うためのオールインワンキットです。

    リソース
    • Chromium核抽出キット(2022年中に提供予定)

    • 実証済みプロトコール
    • サンプル調製ウェビナー
  2. 2Step 2

    10xライブラリーの構築

    試薬キットとChromium Controller装置を使用して、10xバーコードを付加したシングルセル ATACライブラリーを構築します。まず最初に、核をバルクでトランスポーズ処理します。次に、Chromium Controllerで10xバーコードがついたゲルビーズを加えて、それぞれの核を分画化します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、トランスポーズ処理したDNA断片を10xバーコードでラベル化します。1つの核から作成されたDNA断片には、共通の10xバーコードが付加されています。

    リソース
  3. 3Step 3

    シーケンス

    10xバーコードが付加されたライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、大量の転写プロファイリングを実施します。

    リソース
  4. 4Step 4

    データ解析

    Cell Ranger ATAC 解析ソフトウェアは、各細胞のオープンクロマチンプロファイルを生成し、類似したプロファイルを示す細胞のクラスターを同定します。さらにピークを検出し、複数のサンプルのデータを集約します。

    解析パイプライン出力

    出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティのR、Pythonツールで使用できます。

    リソース
  5. 5Step 5

    データの視覚化

    Loupe Browser 視覚化ソフトウェアを使用して、結果をインタラクティブに探索します。興味のある遺伝子の発現パターンを調べたり、細胞タイプを決定してクラスターとサンプル間の比較解析をしたりできます。

    バイオインフォマティシャンが必要ですか?

    Loupeは誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

    リソース

よくある質問

オープンクロマチンのプロファイリングをシングルセルの分解能で実施できます。

はい、サードパーティ製のツールを使用することで可能です。詳細については、ウェビナーをご覧ください。

Integrative analysis of multi-modal single-cell data

まず、核の懸濁液が必要です。新鮮な細胞、凍結保存された細胞、新鮮な組織、凍結組織から高品質な核の懸濁液を得ることができます。このアッセイはヒトとマウスのサンプルに最適化されていますが、他の生物種でも可能です。

バルクATAC-seqと細胞株由来のシングルセルATAC-seqの比較では、シングルセルATAC-seqはバルクATAC-seqで回収されたピークの90%以上を回収することが示されています。また、シングルセルATAC-seqは、細胞種類に特異的なレベルでクロマチンプロファイルを行う分解能を提供します。

ATAC-seqは特定の因子に結合している領域だけでなく、すべてのオープンクロマチン領域を捉えます。サンプル中のエピジェネティックな変化の探索には、ATAC-seqはバイアスのないアプローチです。結合モチーフ配列が既知のタンパク質の場合、付属のソフトウェアを使用することで細胞ごとにオープンクロマチン内のモチーフを特定できます。

関連製品

製品

シングルセルATAC

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シングルセル遺伝子発現解析

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シングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現

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性能

  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • 同一核からの遺伝子発現とクロマチンプロファイリングの組み合わせ

拡張機能

  • Cell Surface Protein
  • CRISPRスクリーニング
  • サンプルマルチプレックス

装置

  • Chromium X シリーズ
  • Chromium Controller
Single Cell Gene Expression

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