Chromium シングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現

トランスクリプトームとエピゲノムをすべての細胞で統合

ChromiumシングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現は、同一細胞における遺伝子発現とオープンクロマチン領域を同時にプロファイリングします。細胞の種類や状態の特徴を理解し、遺伝子制御のプログラムを明らかにする力を倍増させます。

シングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現
  • 1つの細胞から2つの測定値

    1つの細胞から2つの測定値

    同一の細胞からmRNAとクロマチンアクセシビリティーを同時に検出

  • 遺伝子制御を明確化

    遺伝子制御を明確化

    新しい遺伝子制御相互作用を探索

  • シングルセルの分解能

    シングルセルの分解能

    希少な細胞集団をシングルセルの精度で検出

  • 柔軟性と拡張性

    柔軟性と拡張性

    1サンプルあたり数百~数万の細胞をプロファイリング可能

  • 合理化されたデータ解析

    合理化されたデータ解析

    使いやすいソフトウェアで遺伝子発現とクロマチンアクセシビリティーを同時探索

  • 効率的なワークフロー

    効率的なワークフロー

    サンプルからシーケンス用ライブラリーを2日間で調製可能

隠れた洞察を解き明かす

トランスクリプトームとエピゲノムをシングルセルの分解能でプロファイリングするマルチオミックスの手法は、生物学に関する理解を一変させます。細胞の種類や状態を詳細に解析し、それぞれの細胞から得られた2つ測定値を通じて根底にある遺伝子制御メカニズムの理解を深めます。シングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現は探索力を倍増します。

さらなる可能性を探る

細胞の種類と状態の詳細な特徴づけ

エピゲノムと遺伝子発現を組み合わせたプロファイリングにより、複雑な細胞集団を特性解析し、細胞の不均一性を捉えることで隠れた洞察を解き明かします。遺伝子発現マーカーを活用し、エピジェネティックなプロファイルをより簡単に解釈します。

新しい遺伝子制御相互作用の発見

遺伝子発現と制御エレメントの発見を組み合わせて、細胞の分化、発生、疾患をもたらす遺伝子制御相互作用を探索します。

貴重なサンプルを最大限に活用

同一の細胞からトランスクリプトームとオープンクロマチン領域の情報を取得することで、限られたサンプルから最大限の知見を得ることができます。

疾患の複雑性の探索

疾患において遺伝子制御ネットワークがどのように障害されているかを理解します。エピジェネティックなリモデリング、および治療抵抗性のメカニズムを調べることができます。

実績のある結果

実績のある結果

ビデオ

研究者がどのようにChromiumシングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現を使っているかご覧下さい。

エンドツーエンドのソリューション

Next GEMテクノロジー用いたChromium装置

Next GEMテクノロジー用いたChromium装置

コンパクトな装置

ChromiumシングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現用試薬

ChromiumシングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現用試薬

同一のシングルセルから遺伝子発現とオープンクロマチン領域の両方を同時に検出するためのNGSライブラリーを作製する試薬キット

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

解析用パイプラインであるCell Ranger ARCと視覚化ソフトウェアのLoupe Browser

グローバルな技術・カスタマーサポート

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

ワークフロー

  1. 1Step 1

    サンプルの調製

    培養細胞、初代培養、新鮮組織、または凍結組織から単離した核の懸濁液をスタート材料とします。

    • 2Step 2

      10xライブラリーの構築

      試薬キットとChromium Controller装置を使用して、遺伝子発現用とATAC用のシングルセル10xバーコードを付加した2つのライブラリーを構築します。核は最初にバルクでトランスポゼース処理し、次にChromium Controllerを用いて10xバーコード付加ゲルビーズの中に分画します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、mRNAとトランスポーゼス処理DNA断片が10xバーコードで標識されます。1つの細胞から作成されたmRNAとDNA断片には、共通の10xバーコードが付加されています。

    • 3Step 3

      シーケンス

      10xバーコードが付加された遺伝子発現ライブラリーとATAC-Seqライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、大量並列のプロファイリングを実施します。

      • 4Step 4

        データ解析

        Cell Ranger ARC解析ソフトウェアは各細胞からのオープンクロマチン領域および遺伝子発現に関するプロファイルを作成し、類似のプロファイルを示す細胞のクラスターを特定してオープンクロマチンのピークと遺伝子発現との関連性を計算します。

        解析パイプラインの出力

        出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティのR、Pythonツールで使用できます。

        • 5Step 5

          データの視覚化

          Loupe Browser視覚化ソフトウェアを使用して、結果をインタラクティブに探索します。クロマチンアクセシビリティーと遺伝子発現を細胞の種類や状態間で比較し、オープンクロマチンのピークと遺伝子発現との関連解析を実行できます。

          バイオインフォマティシャンが必要ですか?

          Loupeは誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

          よくあるご質問

          トランスクリプトーム(3’遺伝子発現を利用)とエピゲノム(ATAC-seqを利用)をシングルセルから同時にプロファイリングすることができ、異なる細胞種間で遺伝子がどのように発現して制御されているかについての理解を深めることができます。

          シングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現でテストしたサンプルタイプでは、出発材料が核である場合、ATACと遺伝子発現の性能は対応する単独の10x Genomicsワークフロー(ChromiumシングルセルATACまたはChromiumシングルセル遺伝子発現)と同程度です。

          いいえ。現在のところFeature BarcodeテクノロジーはシングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現には対応していません。

          核の懸濁液が必要です。新鮮細胞や凍結保存細胞、新鮮組織、凍結組織から高品質の核懸濁液を得ることができます。このアッセイはヒトおよびマウス由来のサンプルに最適化されています。

          はい。シングルセルATACおよびシングルセル遺伝子発現のデータはシングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現と互換性のあるファイル形式で提供され、Seuratなどのサードパーティツールを使用することで統合が可能です。

          関連製品

          シングルセルマルチオームATAC + 遺伝子発現

          シングルセルATAC

          シングルセル遺伝子発現解析

          シングルセル免疫プロファイリング

          機能
          • 同一核からの遺伝子発現とクロマチンプロファイリングの組み合わせ
          • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング
          • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
          • ターゲット遺伝子発現
          • サンプルマルチプレックス
          • TCR/BCR全長ペアシーケンス
          • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
          • ターゲット遺伝子発現
          拡張機能
              • 細胞表面タンパク質発現
              • CRISPR スクリーニング
              • サンプルマルチプレックス
              • 細胞表面タンパク質発現
              • 抗原特異性
              装置
              Single Cell Gene Expression

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