シングルセルの解像度でオープンクロマチン解析

ChromiumシングルセルATAC(Assay for Transposase Accessible Chromatin)ソリューション

シングルセルエピゲノミクスを用いて細胞ごとのオープンクロマチンを解明

ChromiumシングルセルATAC(Assay for Transposase Accessible Chromatin)ソリューションは、ゲノムの制御に関する理解を加速させ、細胞多様性に関する知見を提供します。数万個のシングルセルのクロマチンプロファイリングを同時に行うことで、クロマチンの凝縮およびDNA結合タンパク質の遺伝子発現調節の機序を高解像度で確認できます。

ChromiumシングルセルATACソリューションには、解析ソフトウェアと可視化ツールが含まれており、シングルセルにおける遺伝子調節ネットワークの精密な解析ができます。ChromiumシングルセルATACソリューションを使用して、発生の可塑性、細胞不均一性をはじめとする様々な研究が可能です。

  • エピジェネティックな変動から生じる細胞不均一性の発見
  • 遺伝子発現の上流にある遺伝子調節ネットワークの理解
  • 系統および発生プログラム追跡のための細胞種および細胞状況の特定
  • バイオマーカー探索を加速

10xソリューションの特長

  • 転写開始部位(TSS)および制御領域に豊富なシグナルを有するシングルセル内のオープンクロマチン領域の検出
  • 拡張可能で高スループットなソリューション:1チャンネルあたり500~1万個の核をプロファイリング
  • チップにロードした核を最大65%まで回収
  • 細胞株、初代細胞、新鮮凍結保存試料の信頼性の高い解析
  • 解析ソフトウェアとインタラクティブな可視化ツールを使用した、シングルセルエピジェネティックデータ解析
  • Next GEMテクノロジーに対応
ワークフローはこちらから
Single Cell ATAC Solution

シングルセルATAC-seq

ワークフローをご覧ください

数万個の核を並行して分析することにより、ゲノムワイドなオープンクロマチン領域に関する情報を得ることができます。トランスポーゼースを用いてオープンクロマチン領域を同定し、アクセス可能なDNA断片にアダプターを優先的に挿入してタグ化することで、シーケンス用ライブラリーを1日で調製します。シーケンス後は、高解像度のエピジェネティックデータを使い易いソフトウェアで解析そして可視化することができます。

Chromium Controller

コンパクトで洗練された機能的なデザイン

コンパクトで洗練されたChromium Controllerは、サンプルのパーティション化および分子バーコード化の高度な同時進行を可能にします。数10万回~数100万回に相当するピペット操作を、迅速かつ効率的に自動化できるように設計されています。Chromium Controllerは、ゲノムからシングルセルの解析まで、すべてのChromiumソリューションにお使いいただけます。

Chromium Controllerの詳細
Single Cell Controller

製品情報

シングルセルATACソリューション

Single Cell ATAC Version

試薬および消耗品

反応
製品コード
Chromium Chip E Single Cell ATAC Kit
1000086
1000082
Chromium i7 Multiplex Kit N, Set A
96 rxns
1000084
Chromium Next GEM Chip H Single Cell Kit
1000162
1000161
Chromium Next GEM Single Cell ATAC Library & Gel Bead Kit v1.1
1000176
1000175
Chromium Single Cell ATAC Library & Gel Bead Kit
1000111
1000110

システム

保証
製品コード
Chromium Controller & Next GEM Accessory Kit
120223
120246
Chromium Controller & Next GEM Accessory Kit
1000202
1000204

ソフトウェア

Cell Ranger ATAC
Loupe Cell Browser

ユーザーガイド

Chromium Single Cell ATAC Reagent Kits User Guide (v1.1 Chemistry)

*Multiplex Kit that is compatible with the Chromium Single Cell ATAC Solution

シングルセルATACデータセット
学術セミナー

シングルセルATAC-Seqを始めよう:高解像度のエピゲノム解析

 
  • 大崎 研
Regional Marketing Manager, 10x Genomics
April 22, 2019

Sample Preparation for Single Cell Analysis: Tips and Tricks

 
  • Jill Herschleb, PhD
Director, Sample Preparation, 10x Genomics
August 14, 2019

Integration of Multiple Types of Single-Cell Data With Seurat V3

 
  • Rahul Satija, PhD
Core Faculty Member, New York Genome Center & Assistant Professor, NYU Center for Genomics and Systems Biology
July 17, 2019
ポスター

High throughput immune profiling using integrated single cell multi-omics analyses

  • Single Cell Biology Keystone Symposia
    Breckenridge, CO
    January 2019

Single cell ATAC-seq for characterization of complex biological systems

  • Single Cell Biology Keystone Symposia
    Breckenridge, CO
    January 2019

Single cell ATAC-seq for characterization of complex biological systems

  • Human Cell Atlas Conference
    Cambridge, MA
    November 2018

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