遺伝子発現を視覚化

空間的なトランスクリプトミクス技術で「何が」と「どこに」を繋げる

細胞と組織サンプルにおけるその位置の関係は、疾患病理学を理解する上で重要です。空間的なトランスクリプトミクス解析は革新的な技術で、組織サンプルにおける全ての遺伝子活動を測定し、それがどこで行われいてるのかの位置をマップします。この技術はすでに新しい発見を導き、研究者がさらなる生物学の過程や疾患を理解する手助けとなります。

カタログのダウンロード
 
 

組織微小環境における遺伝子発現を探索

空間的な遺伝子発現解析における技術の革新は、研究者に形態学における包括的な細胞の解釈を可能にします。この発表では、10x Genomicsのサイエンティストが革新的な技術の改良と、ユーザーにおけるアプリケーションを紹介します。

新鮮凍結した組織切片を組織学用にイメージングを行い、RNAに結合するプローブが搭載されたアレイ上に置きます。組織を固定し、透過処理してRNAをリリースし、近隣のキャプチャープローブに結合させることで遺伝子発現情報を捉えます。キャプチャーしたRNAからcDNAを合成し、シーケンスライブラリーを調製します。ライブラリーはその後シーケンスを行い、データの視覚化をしてどの遺伝子が発現しており、どこにどれだけ発現しているのかを決定します。

How it Works 1
1. 組織の固定
How it Works 2
2. 透過処理
How it Works 3
3. cDNA合成
How it Works 4
4. ライブラリー調製
How it Works 5
5. シーケンス
How it Works 6
6. データ視覚化

Spatial Transcriptomics技術で産出したデータから、興味のある遺伝子を選び、元の組織切片上の位置情報を付加した発現情報を表示させることができます。全てのmRNAがキャプチャーされるので、1遺伝子だけ表示させるのでなく、数に制限なくあらゆる組み合わせの遺伝子を視覚化し、解析できます。

3次元の回転

クラスターの図にあるスキャッタープロットをクリック、あるいはドラッグすることで図を回転させ、3次元でクラスターの区分を確認できます。また、右上にあるコントロールでズームインさせることができます。

コントロールの視覚化

組織イメージの下にある調整バーを使って、組織イメージと遺伝子発現データの表示を変更できます。

スポットの透明度を変える

組織イメージの透明度を変える

遺伝子の同定

表にある遺伝子名にポインターを置くことで、組織イメージにあるスポットが遺伝子発現に応じて表示されます。また、表にある数値にマウスを置くと、表示されたクラスターにおけるスポットのある特有の遺伝子の発現を観察できます。
さらなる探索

組織切片に関するアプリケーションでは、生物学を解明するために形態学的およびタンパク質情報が非常に重要です。イメージにバイアスのない遺伝子発現データを重ねることで、次のレベルの情報を手にすることができます。染色に補足的な情報を捉えることで、これまでにない深みで組織微小環境を理解することができます。

使いやすいソリューション

これまでの技術やサンプルの多くは、新鮮凍結組織に対応しています。10x Visiumの簡単で短縮されたプロトコールに従い、サンプルからシーケンス可能なライブラリーを調製します。

標準化されたツール

切片、H&E、そしてイメージングは既存の設備をお使いいただけます。10xからはアレイスライド、アッセイ、シーケンスおよび解析のインストラクションをご提供します。10xのソリューションは現在お使いの設備でツールを最適化できるように設計されています。

簡単で豊富な情報のデータ解析

Cell RangerツールでVisiumの産出データを、組織H&Eイメージに合わせて解析します。シンプルなユーザーインターフェースで、フレキシブルなデータ解析を提供します。

ソリューションのアップデート配信を希望
メール登録

組織微小環境における包括的な遺伝子発現を捉える

Spatial Transcriptomics技術を使って、生物学そして複雑な疾患の理解に必要な空間的な情報を加えることで、どのように研究者が複雑な転写産物の状況を理解しているのか、ぜひご覧ください。

icon-publication
Spatially Resolved Transcriptomics Enables Dissection of Genetic Heterogeneity in Stage III Cutaneous Malignant Melanoma
Thrane K et al. Cancer Research. 2018
Spatial Gene Expression assay was used to better understand melanoma lymph node metastases which revealed a complex transcriptional landscape in a localized context; may help in better understanding the multiple components of melanoma tumor progression and therapy outcome
icon-publication
Spatiotemporal Dynamics of Molecular Pathology in Amyotrophic Lateral Sclerosis
Maniatis S et al. Science. 2019
Used spatial RNA sequencing to define transcriptomic changes in different regions of the spinal cord of a mouse ALS model and a postmortem human ALS spinal cord. Identified disease-associated pathways and established the key steps in motor neuron degeneration observed in ALS.
icon-publication
Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics
Ståhl PL et al. Science. 2016
Analyzed patterns of RNA expression in mouse brain and human breast cancer enabling a new way of analyzing all gene expression while preserving tissue morphology with implications in diagnostics, research and novel target identification
icon-publication
Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity
Berglund E et al. Nature Commun. 2018
Profiled gene expression in an unbiased manner using Spatial Transcriptomics technology in prostate cancer tissue. Extracted distinct expression profiles for various tissue components, including immune infiltrates and tumor

このソリューションにご興味をお持ちですか?