研讨会
在组织微环境的背景下探索基因表达
空间基因表达技术的创新让科学家能够在形态学背景下全面了解细胞。在这个报告中,您将听到10x Genomics的科学家介绍技术上的突破性改进以及用户展示的令人兴奋的应用。
文献
全面了解组织微环境中的基因和蛋白表达
看看研究人员正如何使用空间转录组学技术来深入了解空间背景下的复杂转录景观,这对于了解生物学和复杂疾病至关重要。
Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
Cell, 2020, AL Ji et al.
Cell, 2020, AL Ji et al.
Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer's Disease
Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer's Disease
Cell, 2020, WT Chen et al.
Cell, 2020, WT Chen et al.
Visualization and Analysis of Gene Expression in Tissue Sections By Spatial Transcriptomics
Visualization and Analysis of Gene Expression in Tissue Sections By Spatial Transcriptomics
Science. 2016, Ståhl PL et al.
Science. 2016, Ståhl PL et al.
技术亮点
空间转录组学技术产生的数据可帮助您选择感兴趣的基因,并在原始的组织切片上显示其空间可辨的表达。由于捕获了所有mRNA,因此您不再受限于只查看单个基因,而能够以任意组合的形式选择任意数量的基因来一起查看和分析。
探索并尝试如下数据可视化以及表格
超越基因表达
将转录组和蛋白质组数据叠加到染色的图像上,以前所未有的方式了解组织微环境。揭示新发现的细胞类型、细胞状态和生物标志物的空间排布。
整体解决方案
这个简化的工作流程与不同物种(人、小鼠、大鼠等)的多个样本类型兼容,让您能够在一天之内完成从组织切片到可测序文库的全过程。
标准工具
与实验室现有的组织分析方法和工具轻松整合。将免疫荧光染色与成像相结合,在空间背景下实现多组学鉴定。
简化的数据分析
通过Space Ranger分析软件来处理数据,并通过Loupe Browser可视化软件来交互式探索结果,您可以分析和了解基因和蛋白表达的异质性。
工作原理
对新鲜冷冻的组织切片进行成像,以开展组织学分析(通过H&E染色了解形态背景或通过免疫荧光进行蛋白共检测),然后将其置于带有能与RNA结合的捕获探针的芯片上。对组织进行固定和透化处理,使其释放RNA与邻近的捕获探针结合,从而捕获基因表达信息。然后以捕获的RNA为模板合成cDNA,并制备测序文库。之后对文库进行测序,并对数据进行可视化,以确定哪些基因表达,在何处表达以及表达量多少。