Loupe Browser

从数据到生物学见解

Loupe Browser是一款功能强大的可视化软件,其直观的分析功能是您探索10x Genomics的数据所不可缺少的。这款适用于Windows和MacOS系统的桌面应用程序简单易用,并且免费提供,让每个人都能从其数据中获得生物学见解。

Loupe Browser
  • 多维度分析

    多维度分析

    分析样本内和样本间的不同分子读数,推动科学探索。

  • 轻点鼠标即可

    轻点鼠标即可

    通过用户友好的界面来探索数据,并加深您对生物学的理解。

  • 专家支持

    专家支持

    全面的软件视频和教程等工具可加速您的分析。

  • 研究基因表达模式

    对不同细胞簇的表达图谱和差异表达基因进行可视化。
  • 探索细胞类型组成

    分析和调整细胞簇,以便确定新颖或稀有的细胞类型。
  • 获得多组学信息

    通过单细胞基因表达和蛋白质表达数据来全面分析新的细胞状态。
  • 比较样本间差异

    揭示表达模式、细胞类型及其丰度的差异。

叠加基因表达和V(D)J数据

  • 通过克隆型信息与基因表达谱的叠加,对免疫细胞亚型进行注释。
  • 通过叠加细胞表面蛋白的数据,直观探索表型与克隆型信息之间的关联。

探索免疫组库

对于单细胞免疫分析产品,我们额外提供可视化软件Loupe V(D)J Browser,以实现更深度的数据分析。
  • 评估克隆型频率、V(D)J基因使用情况和配对分布,以鉴定T细胞和B细胞组库。
  • 观察和比较各个细胞类型和样本之间的主要指标。
单细胞多组学ATAC + 基因表达

统一表观基因组和转录组的信息

  • 揭示多组学标志物,以便划分细胞类型。
  • 通过同时测定同一单细胞的染色质可接近性和基因表达来完善细胞类型和状态。
  • 研究开放染色质峰与基因表达之间的基因调控关联。
空间基因表达

观察组织的转录组学

  • 分析基因表达模式,以便确定细胞类型及其在组织切片中的位置。
  • 对感兴趣的区域开展差异表达基因分析。
  • 在组织形态上叠加基因表达和蛋白表达。
其他支持的分析和可视化

Loupe Browser实现了多个单细胞应用的数据分析

表观遗传学

通过Loupe Browser查看单细胞ATAC数据,可开展染色质可接近性的差异分析,寻找富含感兴趣的转录因子motif的细胞簇,并比较不同样本的开放染色质图谱。

免疫受体映射

采用单细胞免疫受体映射来筛选B细胞或T细胞的多个抗原或表位的结合特异性。获得相应的全长配对的受体序列,用于下游的表达和功能检测。

多组学细胞技术

观察和解释多组学细胞术实验的结果,并通过细胞表面蛋白和基因表达读数来更可靠地鉴定细胞类型。

CRISPR筛选

观察单细胞CRISPR筛选的数据,以便鉴定向导靶点的CRISPR扰动表型并评估敲除的效果。

常见问题

Loupe V(D)J Browser是一款单独的可视化软件应用程序,具有分析单细胞免疫分析产品的TCR和BCR克隆型信息的特定功能。

Loupe Browser是一款点击式软件,让所有人都能分析10x Genomics的数据,而无论其在生物信息学方面的知识水平如何。

Loupe Browser使用.loupe文件来实现10x Genomics数据的可视化。.loupe文件是在运行兼容的10x Genomics分析软件应用程序时产生的,这些应用程序将原始数据转化成标准文件格式,以便用于下游解释。在您拥有分析软件的输出文件之后,您可以下载最新版本的Loupe Browser,并开始数据分析。

下列资源可帮助您使用Loupe Browser来分析数据:

Loupe Browser是免费提供的,让所有人都能分析10x Genomics的数据。

欢迎访问我们的支持页面,下载Loupe Browser,并查看每个产品的文档、教程和数据集