Chromium マルチオミックス サイトメトリー

超高パラメーターをもたらすシングルセルマルチオミックス表現型分析

数百におよぶ細胞表面タンパク質と遺伝子発現をシングルセル分解能でプロファイリングし、複雑な細胞集団の特徴を明らかにします。細胞ごとに、生物の複雑性を高解像度で捉え、探索をさらに進めましょう。

 マルチオミックス サイトメトリー
  • 超高パラメーター

    超高パラメーター

    数百種類の細胞表面エピトープによってプロテオミックスの発見を拡大

  • 細胞単位のマルチオミックス

    細胞単位のマルチオミックス

    mRNAと細胞表面タンパク質をTCR/Ig配列、抗原特異性と同時にプロファイリング

  • シームレスなワークフロー

    シームレスなワークフロー

    スペクトル重複とパラメーターの制限なしにフローサイトメトリーと似た染色手順

  • 迅速な作業時間

    迅速な作業時間

    最短1日でシーケンシング可能なライブラリーに細胞を染色

  • 効率的なデータ解析

    効率的なデータ解析

    使いやすいソフトウェアにより複数のデータタイプを探索し視覚化

  • 多様なサンプルとの互換性

    多様なサンプルとの互換性

    PBMC、新鮮細胞株、凍結細胞株、分散組織で実証

さらなる可能性を探る

  • 複雑な細胞サブタイプの表現型解析

  • 新しい細胞タイプと機能の発見

  • 新しいバイオマーカーの発見

  • 抗原特異的T細胞のスクリーニング

実績のある結果

実績のある結果

ビデオ

エンドツーエンドのソリューション

Next GEM技術を用いたChromium装置

Next GEM技術を用いたChromium装置

拡張可能な装置

コンパクトな装置

Chromium シングルセル試薬

Chromium シングルセル試薬

試薬キットを使用して、mRNA、細胞表面タンパク質、完全長のBCRおよびTCR配列ペア、抗原受容体特異性を含むシングルセルの包括的な多次元データを取得

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

必要な製品

マルチオミックスサイトメトリーは以下の10x Genomics 製品と互換性製品を用います。

シングルセル遺伝子発現

ワークフロー

  1. 1Step 1

    サンプルの準備

    ユニークなオリゴヌクレオチドバーコードが付加した TotalSeq™-B/C 抗体で細胞を標識します。また同時にフローサイトメトリー用の抗体で染色することで、関心のある細胞集団を濃縮することもできます。細胞を洗浄したら、10xライブラリー構築に進みます。

    リソース
  2. 2Step 2

    10xライブラリーの構築

    試薬キットとChromium Controller装置を使用して、10xバーコードを付加したライブラリーを構築します。Chromium Controllerは、各細胞を10xバーコード化されたゲルビーズで単一のパーティションに分画化します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、細胞は逆転写によりmRNAと細胞表面タンパク質の両方のcDNAを作成します。1つの細胞から作成されたcDNAには、共通の10xバーコードが付加されています。

    リソース
  3. 3Step 3

    シーケンス

    10xバーコードが付加されたライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、細胞プロファイリングを実施します。

    リソース
  4. 4Step 4

    データ解析

    シーケンス生データから生物学的に意味のある情報に変換するには、Cell Rangerを使います。Cell Rangerは遺伝子発現と細胞表面タンパク質ライブラリーのデータを処理します。

    解析パイプライン出力

    出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティツールで使用できます。

    リソース
  5. 5Step 5

    データの視覚化

    Loupe Browser 視覚化ソフトウェアを使用して、遺伝子発現や細胞表面タンパク質に細胞タイプを定義し比較できます。

    バイオインフォマティシャンが必要ですか?

    Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

    リソース

よくある質問

フローサイトメトリーでは、固有のスペクトルの重複により測定できるタンパク質の数が限られています。Feature Barcodeテクノロジーは蛍光補正を必要とせずに数百個のパラメータを測定することができます。フローサイトメトリーで得られた蛍光強度の分布と、Feature Barcodeの信号から得たUMIカウントをそれぞれ比較したところ、2つの技術によって生成された細胞分布プロファイルは非常に一致していることがわかりました。マルチオミックスサイトメトリーを使用すると、各細胞について、遺伝子発現、T/B細胞のTCR/Ig配列、抗原特異性情報を重ね合わせることができ、細胞の同一性、状態、および機能を正確に特徴化することができます。

アプリケーションノート:シングルセルの特性評価を遺伝子発現と細胞表面タンパク質の同時測定によってスケールアップ

抗体にカスタムでオリゴを付加することで10x Genomics ワークフローを使用することができます。BioLegendのカスタムサービスやAbcamのカスタム結合キットを使用して、オリゴ付き抗体の入手、作製ができます。

詳細はこちら

特定の集団や希少な細胞タイプの濃縮に興味がある場合は、10x Genomics ライブラリー調製の前に細胞をソーティングできます。細胞は、フロー抗体と一緒にオリゴ結合抗体で染色できます。

細胞表面タンパク質の解析は、遺伝子発現や免疫プロファイリング解析なしでも行えます。細胞が染色されると、細胞はcDNA分子がバーコード化されたGEMに分割されます。得られたcDNAは、細胞表面タンパク質ライブラリーを生成するために使用されます。

10x Genomicsは、Cell Ranger、Loupe Browser、Loupe V(D)J Browserを含む解析および視覚化ソフトウェアを提供しています。Cell Rangerは、各細胞の遺伝子および/またはタンパク質に基づいた発現プロファイルを自動的に生成し、細胞のクラスタを識別する解析パイプラインです。その結果は、10xのインターアクティブな視覚化ソフトウェアであるLoupe BrowserとLoupe V(D)J Browserにて解析することができます。

関連製品

製品

シングルセル免疫プロファイリング

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シングルセル遺伝子発現解析

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空間的プロテオミクス

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シングルセルATAC

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性能
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング
拡張機能
  • サンプルマルチプレックス
  • 免疫蛍光タンパク質の同時検出
装置
Single Cell Gene Expression

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