Resources:
固定、バッチ分け、後にラン
Take advantage of robust fixation protocols that let you run assays on your schedule, simplify sample transport, and optimize your workflow.
新鮮サンプル、凍結サンプル、固定サンプルのプロファイリング
Easily analyze previously inaccessible samples, from fixed tissues (even FFPE) to cells, nuclei, and FACS-sorted cells.
サンプルあたりのコストを削減
バッチ方式のマルチプレックスな解析により、サンプルあたりのコストが最大75%削減され、シーケンスコストが抑えられ、リソースを最大限に活用できます。
Ultimate experimental flexibility
Process up to 1 million cells per run, change batch and sample throughput with ease, and capture protein alongside gene expression.
業界をリードする性能
Be confident in your data, using unmatched sensitivity for whole transcriptome profiling to analyze even damaged RNA or low-expressing genes.
合理化されたワークフローと解析
再現性が高く簡単なプロトコール、シンプルなデータ管理、迅速な処理によって遺伝子発現プロファイルを探索します。
実現できること
サンプル輸送の簡素化と独自スケジュールの設定
サンプルを固定し保存することで、変動を抑えてデータ品質を維持しながら、最適化された柔軟なサンプルバッチ処理を行えます。
FFPEを含む難しいサンプルから質の高いデータを得る
革新的なプローブ設計により、組織全体、FFPEサンプル、RNA断片を含むサンプルでも、高感度で頑健な性能を保てます。
費用対効果の高いscRNA-seqをさらに多くのサンプルで実現
サンプルあたりのコストを削減しながらシングルセル研究の対象範囲を拡大し、より大規模な実験を可能にします。
多施設共同実験の容易な実施
A reliable protocol preserves the biology of your precious samples, enabling research on a global scale.
Capture the data that fits your research needs
Assay flexibility lets you capture protein alongside gene expression, or target specific RNAs with user-designed probe pairs to supplement the whole transcriptome panel.
実績のある結果
ビデオ
参考資料
Robust results for scRNA-seq from matched FFPE and freshly fixed samples
Robust results for scRNA-seq from matched FFPE and freshly fixed samples
Data Spotlight
Data Spotlight
Isolation of Cells from FFPE Tissue Sections for Chromium Fixed RNA Profiling
Isolation of Cells from FFPE Tissue Sections for Chromium Fixed RNA Profiling
Demonstrated Protocol
Demonstrated Protocol
Single Cell Gene Expression Flex: Lock in cell states, unlock potential
Single Cell Gene Expression Flex: Lock in cell states, unlock potential
Blog
Blog
エンドツーエンドソリューション

Chromiumシングルセル遺伝子発現Flexキット
With our reagent kits, explore cellular diversity through single cell, whole transcriptome analysis of fresh, frozen, or fixed samples for human or mouse, including simultaneous measurement of cell surface proteins.
ワークフロー
Scroll to see the base workflow for Single Cell Gene Expression Flex. Options are included for sample multiplexing to increase throughput, or for use of Feature Barcode technology for cell surface protein detection in singleplex or multiplex workflows.
- 1
サンプルの採取
Start with fresh, frozen, or fixed cells, nuclei, or whole tissue. For fresh samples, follow best practices for sample preparation to obtain a high-quality single cell suspension (or skip to Step 2 to fix tissue). If desired, stain whole cells with Feature Barcode technology to profile cell surface proteins simultaneously with gene expression.
For FFPE samples, follow our Demonstrated Protocol for guidance on how to dissociate FFPE tissue for use with this assay. After dissociation, samples can be safely stored at 4°C for up to 1 week or –80°C for up to 6 months. If not storing dissociated samples, you can instead move directly to Step 3.
参考資料 - 2
サンプルの固定と透過処理
簡単なプロトコルに従って、パラホルムアルデヒド(PFA)中でサンプルを固定し、生物学的な状態で固定し、脆弱な細胞を保存しますこの時点で、サンプルを安全に輸送したり、作業の準備ができるまで、-80℃で保管したりすることができます。
FFPEサンプルを扱う場合はこのセクションをスキップして、直接ステップ3に進みます。
参考資料 - 3
10xライブラリーの構築
Hybridize the probe set to your fixed samples, then partition individual cells on the Chromium iX or X instrument. After ligation and extension reactions, construct a 10x barcoded library. 各ナノリットルスケールのパーティション内で、細胞はRNAテンプレートのライゲーションを受け、結果として得られる各製品は、その起源の個々の細胞からの10xバーコードを共有します。For multiplexing workflows to increase throughput, hybridize your samples to probe sets, pool samples together, and proceed as usual—with up to 16 samples in a single lane of a Chromium chip. この場合、プローブの各セットに別の固有のバーコードが付けられているため、個々の分子を元のサンプルに戻すことができます。
If, prior to sample fixation, whole cells were stained with Feature Barcode technology to profile cell surface proteins, a Protein Expression Library can be generated alongside the Gene Expression Library.
参考資料- Chromium Fixed RNA Profiling – Protocol Planner
- User Guide for Singleplex Samples
- User Guide for Singleplex Samples with Feature Barcode technology for Protein
- User Guide for Singleplex Samples with Feature Barcode technology for Protein using Barcode Oligo Capture
- マルチプレックスサンプル用ユーザーガイド
- User Guide for Multiplexed Samples with Feature Barcode technology for Protein using Barcode Oligo Capture
- 4
シーケンス
Resulting 10x barcoded libraries are compatible with standard NGS short-read sequencing on Illumina sequencers for massive transcriptional profiling of hundreds of thousands of individual cells at once.
参考資料 - 5
データ解析と視覚化
解析ソフトウェアCell Rangerの使用により、各細胞の発現プロファイルを生成し、類似したプロファイルを持つ細胞のクラスターを同定し、複数サンプルのデータを集約することができます。視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用することで、結果をインタラクティブに検索できます。
解析パイプラインの出力
出力にはQC情報と、視覚化ソフトウェアLoupe BrowserやサードパーティのRやPythonツールで更なる解析に簡単に使用できるファイルが含まれています。
参考資料
よくある質問
プローブベースのアプローチを用いて、シングルセルからのトランスクリプトーム(ヒトまたはマウス)の包括的なプロファイリングを可能にします。Feature Barcode技術の追加により、細胞表面タンパク質発現の同時プロファイリングが可能になり、複雑な生物学への多面的な知見が得られます。また、このアッセイによりサンプルのマルチプレックスが可能になり、スループットとワークフローの効率を向上させることができます。
比較試験において、シングルセル遺伝子発現Flexアッセイの感度は、シングルセル3'遺伝子発現アッセイの2倍であることが示されました。
サンプルの固定化によって、細胞の状態が維持されるため、シングルセル解析を困難にする時間的な制限がなくなります。固定化のプロトコールは、貴重であったり壊れやすかったりするサンプルを、採取地点から中央施設(コア検査室や受託会社など)まで輸送して処理することを可能にします。
また、固定化によってサンプルのバッチ処理がより効率的になり、ワークフローの利便性が高まるとともにばらつきも抑えられます。固定化は感染性物質を中和する働きもあり、このステップの適切なバリデーションが行われた後は、サンプルをBSL-3実験室で取り扱う必要がなくなる場合があります。
このアッセイはヒトおよびマウスのサンプルに対応しています。新鮮または凍結させたシングルセル・核の懸濁液または組織から出発して10x Genomicsの固定プロトコールに従うか、FFPE組織から出発して、10x Genomicsの実証済みプロトコールに従ってFFPEサンプルから組織を解離し、シングルセル遺伝子発現Flexに使用できるようにします。
Fresh human and mouse samples are compatible with this option. Prior to fixation, whole cells can be labeled with antibody-oligonucleotide conjugates (using Feature Barcode technology) to profile cell surface proteins alongside gene expression.
Cell Rangerは、各細胞の発現プロファイルを自動的に生成し、類似した発現プロファイルを持つ細胞のクラスターを特定する解析パイプラインです。その後、視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。どちらのツールもサポートサイトから自由にダウンロードでき、10x Genomicsのデータセットをお客様ご自身のコンピュータで解析することができます。
10x Genomics Cloud Analysis(現在米国とカナダでのみ使用可能)では、シンプルなウェブインターフェースを通じ、最適化されたスケーラブルなインフラを活用することで、シングルセル遺伝子発現Flexのデータを処理して迅速に結果を得ることができるようになります。ユーザーは、このクラウドのインターフェースを通じてCell Rangerパイプラインのセットアップおよび実行が可能です。
