Resources:
Fix, batch, and run later
Fix cells or tissue at the point of collection and batch your samples for later. Run assays on your schedule, simplify sample transport, and optimize your workflow.
Broad sample compatibility, including FFPE
From fixed tissues (PFA, FFPE) to cells, nuclei, and FACS-sorted cells, even previously inaccessible samples are now easily analyzed.
Ultimate throughput flexibility
Run 1 to 128 samples, or up to 1 million cells per run. Change batch and sample/cell throughput with ease.
Reduce per-sample costs
Batch and multiplex to reduce per-sample costs by up to 75%, decrease sequencing cost, and maximize your resources.
Superior performance
Our most sensitive whole transcriptome assay recovers more cells and detects low-expressing genes, even with challenging samples.
Streamlined workflow and analysis
No optimization required. Explore gene expression profiles with robust protocols, easy data management, and rapid processing.
お客様ができること
Simplify sample logistics
Sample fixation and storage allow for optimized and flexible sample batching while reducing variability and maintaining data quality.
Design custom probes to fit your needs
Sensitive, probe-based chemistry lets you tailor experiments to specific gene targets with user-designed probe pairs that supplement the WTA panel.
Conduct multi-site experiments
A reliable protocol preserves the biology of your precious samples, enabling research on a global scale.
Obtain high-quality data from challenging samples, even FFPE
Innovative probe design enables sensitive, robust performance, even from whole tissue, FFPE samples, and samples with fragmented RNA.
エンドツーエンドソリューション
Chromiumシングルセル遺伝子発現Flexキット
ヒトまたはマウスのPFA固定サンプルまたはFFPEサンプルを対象として、シングルセルの全トランスクリプトーム解析および細胞表面タンパク質の同時測定を通じて細胞の多様性を探索する試薬キット
ワークフロー
スクロールして、シングルセル遺伝子発現Flexの基本的なワークフローをご覧ください。サンプルのマルチプレックス化やFeature Barcodeキットを利用した細胞表面タンパク質検出に関するオプションも示されています。
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サンプルの採取
数万～数百万個の細胞から出発します。新鮮組織サンプルの場合は、適切な手法に従ってサンプルを調製し、高品質のシングルセル懸濁液にします（またはステップ2に進み、組織を固定します）。必要に応じて、Feature Barcodeテクノロジーで細胞を処理し、細胞表面タンパク質と遺伝子発現のプロファイリングを同時に行います。
FFPEサンプルの場合は、このアッセイに使用するFFPE組織の解離方法の手引きを示したプロトコールの解説に従って処理を実行してから、直接ステップ3に進みます。
参考資料 - 2
サンプルの固定と透過処理
簡単なプロトコルに従って、パラホルムアルデヒド（PFA）中でサンプルを固定し、生物学的な状態で固定し、脆弱な細胞を保存しますこの時点で、サンプルを安全に輸送したり、作業の準備ができるまで、-80℃で保管したりすることができます。
FFPEサンプルを扱う場合はこのセクションをスキップして、直接ステップ3に進みます。
参考資料 - 3
10xライブラリーの構築
プローブセットを固定したサンプルにハイブリダイズさせ、Chromium iXまたはXでライゲーションおよび伸長反応を行い、10xバーコードライブラリーを構築します。各ナノリットルスケールのパーティション内で、細胞はRNAテンプレートのライゲーションを受け、結果として得られる各製品は、その起源の個々の細胞からの10xバーコードを共有します。 マルチプレックスワークフローでは、サンプルをプローブセットにハイブリダイズさせ、サンプルをプールすることで、Chromiumチップの単一レーンに最大16のサンプルをまとめて処理することができます。この場合、プローブの各セットに別の固有のバーコードが付けられているため、個々の分子を元のサンプルに戻すことができます。
参考資料 - 4
シーケンス
得られた10xバーコードライブラリーは、Illuminaシーケンサー上の標準的なNGSショートリードシーケンシングと互換性があり、一度に数十万個の個別の細胞の大規模な転写プロファイリングを行うことができます。
参考資料 - 5
データ解析と視覚化
解析ソフトウェアCell Rangerの使用により、各細胞の発現プロファイルを生成し、類似したプロファイルを持つ細胞のクラスターを同定し、複数サンプルのデータを集約することができます。視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用することで、結果をインタラクティブに検索できます。
解析パイプラインの出力
出力にはQC情報と、視覚化ソフトウェアLoupe BrowserやサードパーティのRやPythonツールで更なる解析に簡単に使用できるファイルが含まれています。
参考資料
よくある質問
プローブベースのアプローチを用いて、シングルセルからのトランスクリプトーム（ヒトまたはマウス）の包括的なプロファイリングを可能にします。Feature Barcode技術の追加により、細胞表面タンパク質発現の同時プロファイリングが可能になり、複雑な生物学への多面的な知見が得られます。また、このアッセイによりサンプルのマルチプレックスが可能になり、スループットとワークフローの効率を向上させることができます。
比較試験において、シングルセル遺伝子発現Flexアッセイの感度は、シングルセル3'遺伝子発現アッセイの2倍であることが示されました。
サンプルの固定化によって、細胞の状態が維持されるため、シングルセル解析を困難にする時間的な制限がなくなります。固定化のプロトコールは、貴重であったり壊れやすかったりするサンプルを、採取地点から中央施設（コア検査室や受託会社など）まで輸送して処理することを可能にします。
また、固定化によってサンプルのバッチ処理がより効率的になり、ワークフローの利便性が高まるとともにばらつきも抑えられます。固定化は感染性物質を中和する働きもあり、このステップの適切なバリデーションが行われた後は、サンプルをBSL-3実験室で取り扱う必要がなくなる場合があります。
Human and mouse samples are compatible with this assay. Start with a fresh or frozen single cell/nuclei suspension or tissue and follow our fixation protocol, or start with FFPE tissue and follow our Demonstrated Protocol for guidance on dissociating FFPE samples for use with Single Cell Gene Expression Flex.
Cell Rangerは、各細胞の発現プロファイルを自動的に生成し、類似した発現プロファイルを持つ細胞のクラスターを特定する解析パイプラインです。その後、視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。どちらのツールもサポートサイトから自由にダウンロードでき、10x Genomicsのデータセットをお客様ご自身のコンピュータで解析することができます。
10x Genomics Cloud Analysis（現在米国でのみ使用可能）では、シンプルなウェブインターフェースを通じ、最適化されたスケーラブルなインフラを活用することで、シングルセル遺伝子発現Flexのデータを処理して迅速に結果を得ることができるようになります。ユーザーは、このクラウドのインターフェースを通じてCell Rangerパイプラインのセットアップおよび実行が可能です。
