Chromium シングルセル遺伝子発現Flex

細胞の状態を固定し、遺伝子発現の時間的制約を除去

Chromium Single Cell Gene Expression Flex provides our most sensitive whole transcriptome profiling with ultimate flexibility, making single cell analysis possible where it wasn’t before. Uncover critical cellular insights with optimized workflows that streamline your studies and expand sample access to include fresh, PFA-fixed, and FFPE tissues.

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シングルセル遺伝子発現Flex

Resources:

  • 高感度

    より多くの細胞を回収し最高感度のシングルセルケミストリーによって低発現な遺伝子も検出

  • 選べるスケール

    1ランあたり1~128サンプル、最大で100万細胞という柔軟性を持ち、ニーズに合わせて実験をデザイン可能

  • スケジュールに合わせた実験

    細胞の状態を採取時点で固定することで、バッチ処理や、サンプル輸送を簡略化して、スケジュールどおりにアッセイを実行

  • FFPEサンプルに対応

    新しいケミストリーにより、保存サンプルからのシングルセル解析が可能となり、FFPE組織での頑健で高感度なプロファイリングが実現

  • リソースを最大に

    サンプルのバッチ化およびマルチプレックス化によって操作を最小限に抑え、効率を上げ、1サンプルあたりのコストを最大75%削減

  • データ解析

    容易なデータ管理と迅速な処理によって遺伝子発現プロファイルの探索と解釈を可能に

縦断的で大規模な患者コホート研究の推進

データ品質を損なわないサンプル保存によって、複数サンプルをバッチ化した同一ラン測定を可能とし、ばらつきを低減

手術室からのプロファイル組織生検

細胞の状態を採取時点で固定することによって、サンプル調製および処理ステップを合理化

シングルセル実験のための輸送手段の簡素化

グローバル規模での研究に向けて、生物学的特性を保護する信頼性の高いプロトコールを用い、サンプルの採取および輸送中の品質を維持

バイオバンク保存組織の高感度解析

臨床試験やその他のトランスレーショナル研究に由来するFFPEサンプルのプロファイリングによって、腫瘍学および神経科学に関する知見を取得

エンドツーエンドソリューション

Chromium Xシリーズ

シングルセルアッセイ用の拡張性の高い装置

Chromiumシングルセル遺伝子発現Flexキット

ヒトまたはマウスのPFA固定サンプルまたはFFPEサンプルを対象として、シングルセルの全トランスクリプトーム解析および細胞表面タンパク質の同時測定を通じて細胞の多様性を探索する試薬キット

解析・視覚化ソフトウェア

データ処理プラットフォーム

解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

世界最高水準のテクニカルとカスタマーサポート

専門サポートチームが電話またはeメールで対応いたします。

ワークフロー

スクロールして、シングルセル遺伝子発現Flexの基本的なワークフローをご覧ください。サンプルのマルチプレックス化やFeature Barcodeキットを利用した細胞表面タンパク質検出に関するオプションも示されています。

  1. 1Step 1

    サンプルの採取

    数万~数百万個の細胞から出発します。新鮮組織サンプルの場合は、適切な手法に従ってサンプルを調製し、高品質のシングルセル懸濁液にします(またはステップ2に進み、組織を固定します)。必要に応じて、Feature Barcodeテクノロジーで細胞を処理し、細胞表面タンパク質と遺伝子発現のプロファイリングを同時に行います。

    FFPEサンプルの場合は、このアッセイに使用するFFPE組織の解離方法の手引きを示したプロトコールの解説に従って処理を実行してから、直接ステップ3に進みます。

    参考資料
  2. 2Step 2

    サンプルの固定と透過処理

    簡単なプロトコルに従って、パラホルムアルデヒド(PFA)中でサンプルを固定し、生物学的な状態で固定し、脆弱な細胞を保存しますこの時点で、サンプルを安全に輸送したり、作業の準備ができるまで、-80℃で保管したりすることができます。

    FFPEサンプルを扱う場合はこのセクションをスキップして、直接ステップ3に進みます。

    参考資料
  3. 3Step 3

    10xライブラリーの構築

    プローブセットを固定したサンプルにハイブリダイズさせ、Chromium iXまたはXでライゲーションおよび伸長反応を行い、10xバーコードライブラリーを構築します。各ナノリットルスケールのパーティション内で、細胞はRNAテンプレートのライゲーションを受け、結果として得られる各製品は、その起源の個々の細胞からの10xバーコードを共有します。 マルチプレックスワークフローでは、サンプルをプローブセットにハイブリダイズさせ、サンプルをプールすることで、Chromiumチップの単一レーンに最大16のサンプルをまとめて処理することができます。この場合、プローブの各セットに別の固有のバーコードが付けられているため、個々の分子を元のサンプルに戻すことができます。

    参考資料
  4. 4Step 4

    シーケンス

    得られた10xバーコードライブラリーは、Illuminaシーケンサー上の標準的なNGSショートリードシーケンシングと互換性があり、一度に数十万個の個別の細胞の大規模な転写プロファイリングを行うことができます。

    参考資料
  5. 5Step 5

    データ解析と視覚化

    解析ソフトウェアCell Rangerの使用により、各細胞の発現プロファイルを生成し、類似したプロファイルを持つ細胞のクラスターを同定し、複数サンプルのデータを集約することができます。視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用することで、結果をインタラクティブに検索できます。

    解析パイプラインの出力

    出力にはQC情報と、視覚化ソフトウェアLoupe BrowserやサードパーティのRやPythonツールで更なる解析に簡単に使用できるファイルが含まれています。

    参考資料

よくある質問

プローブベースのアプローチを用いて、シングルセルからのトランスクリプトーム(ヒトまたはマウス)の包括的なプロファイリングを可能にします。Feature Barcode技術の追加により、細胞表面タンパク質発現の同時プロファイリングが可能になり、複雑な生物学への多面的な知見が得られます。また、このアッセイによりサンプルのマルチプレックスが可能になり、スループットとワークフローの効率を向上させることができます。

比較試験において、シングルセル遺伝子発現Flexアッセイの感度は、シングルセル3'遺伝子発現アッセイの2倍であることが示されました。

サンプルの固定化によって、細胞の状態が維持されるため、シングルセル解析を困難にする時間的な制限がなくなります。固定化のプロトコールは、貴重であったり壊れやすかったりするサンプルを、採取地点から中央施設(コア検査室や受託会社など)まで輸送して処理することを可能にします。

また、固定化によってサンプルのバッチ処理がより効率的になり、ワークフローの利便性が高まるとともにばらつきも抑えられます。固定化は感染性物質を中和する働きもあり、このステップの適切なバリデーションが行われた後は、サンプルをBSL-3実験室で取り扱う必要がなくなる場合があります。

このアッセイはヒトおよびマウスのサンプルに対応しています。シングルセル遺伝子発現Flexでの使用にあたっては、新鮮なシングルセル懸濁液から開始して10xの固定プロトコールに従うか、またはFFPE組織を出発材料として、FFPEサンプルの解離に関する手引きを示したプロトコールの解説に従ってください。

Cell Rangerは、各細胞の発現プロファイルを自動的に生成し、類似した発現プロファイルを持つ細胞のクラスターを特定する解析パイプラインです。その後、視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。どちらのツールもサポートサイトから自由にダウンロードでき、10x Genomicsのデータセットをお客様ご自身のコンピュータで解析することができます。

10x Genomics Cloud Analysis(現在米国でのみ使用可能)では、シンプルなウェブインターフェースを通じ、最適化されたスケーラブルなインフラを活用することで、シングルセル遺伝子発現Flexのデータを処理して迅速に結果を得ることができるようになります。ユーザーは、このクラウドのインターフェースを通じてCell Rangerパイプラインのセットアップおよび実行が可能です。

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シングルセル遺伝子発現Flex

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シングルセル遺伝子発現解析

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シングルセルATAC

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機能

  • Whole transcriptome gene expression
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング

拡張

  • Cell Surface Protein
  • Cell Surface Protein
  • CRISPRスクリーニング
  • サンプルマルチプレックス
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • CRISPRスクリーニング

装置

  • Chromium X シリーズ
Single Cell Gene Expression

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