Chromium シングルセル免疫プロファイリング

免疫多様性を細胞ごとにマルチオミックスプロファイリング

Chromiumシングルセル免疫プロファイリングは、免疫学の課題に対しマルチオミックスのソリューションを提供します。B細胞またはT細胞受容体のペア配列、表面タンパク質発現、抗原特異性、遺伝子発現を1つの細胞から解析することができます。

シングルセル免疫プロファイリング
  • マルチオミックスサイトメトリー

    マルチオミックスサイトメトリー

    高感度な5’mRNA検出と同時に抗原特異性をフェノタイピング

  • 完全な免疫レパトア

    完全な免疫レパトア

    アイソタイプを含むIgおよびT細胞受容体α/βの完全長ペア配列

  • 免疫マッピング

    免疫マッピング

    免疫レパトアと抗原特異性をシングルセルの分解能で組み合わせ

  • 効率化されたデータ解析

    効率化されたデータ解析

    使いやすいソフトウェアでクローンタイプの情報を探り、視覚化

  • ラボ作業は1日

    ラボ作業は1日

    わずか1日でサンプルからシーケンス可能なライブラリーを作製

  • 多様なサンプルに対応

    多様なサンプルに対応

    PBMC、新鮮および凍結細胞サンプル、組織解離細胞からの検証済みプロトコール

さらなる可能性を探る

  • 新しい細胞の種類と機能を発見

  • 免疫レパトアを包括的に解析

  • 抗原特異性を探索

  • 新しいバイオマーカーの発見

柔軟なターゲットおよび全トランスクリプトームアッセイ

全トランスクリプトーム解析による免疫細胞多様性の探索から、ターゲット遺伝子発現パネルによるフォーカスした遺伝子の解析まで

ターゲット遺伝子発現パネル

最大200個のカスタム遺伝子を追加できる設計済みのがん、免疫学、神経科学、遺伝子シグネチャーパネルを使用できます。完全カスタムパネルを設計することも可能です。

私たちの包括的なソリューションを活用すると、以下のことが可能になります。

パワフルな発見

基礎となる免疫細胞アトラスを作成したり、新しい細胞タイプと状態を発見したり、全トランスクリプトーム解析による抗原結合細胞の完全な特徴づけが可能です。

シームレスな統合

同一ライブラリーから全トランスクリプトームおよびターゲット解析をシームレスに行い、検証実験や新しい仮説の探索を可能にします。

より多くをより少なく

ターゲットパネルによりシーケンスコストを抑えつサンプル規模を拡大し、研究予算を有効活用します。

マルチオミックスデータの可能性

免疫レパトアプロファイリング

免疫レパトアプロファイリング

B細胞・T細胞受容体の完全長ペア配列を捉え、クローン増大と多様性をシングルセルレベルで理解します。

  • 受容体ペア配列により抗原結合と機能の再発現とテストを実施
  • 遺伝子発現データを組み合わせて免疫細胞の分類と新しい細胞状態を発見
細胞表面タンパク質

Feature Barcodeテクノロジー

細胞表面タンパク質

シングルセルの遺伝子発現と免疫フェノタイプを相関させ、新規細胞サブセットや希少細胞集団を発見します。

  • マルチオミックスサイトメトリーでバイアスのない遺伝子発現プロファイルかと同時に数百のタンパク質を検出し、高いパラメーターの探索が可能
  • シングルセルからタンパク質アイソフォームと制御ネットワーク共発現を相関させ、免疫細胞集団を特徴づけ
抗原特異性

Feature Barcodeテクノロジー

抗原特異性

ペアのT細胞受容体とペプチド-MHCマルチマー、または免疫グロブリン重鎖と軽鎖とそれらの抗原を同時に捉えて、適応免疫系の特異性をシングルセル分解能で評価します。

  • バーコード化されたペプチド-MHCマルチマーにより、公的および私的なT細胞抗原の特異性を探索
  • 適応免疫系がどのようにネオアンチゲンをターゲットとするかを解明
  • より高速かつ高スループットのスクリーニング技術で抗体発見を加速

実績のある結果

実績のある結果

ビデオ

研究者がどのようにChromiumシングルセル免疫プロファイリングを使っているかご覧下さい。

エンドツーエンドのソリューション

Next GEM技術を用いたChromium装置

Next GEM技術を用いたChromium装置

コンパクトな装置

自動化装置

Chromium シングルセル免疫プロファイリング試薬

Chromium シングルセル免疫プロファイリング試薬

5' mRNA、完全長対のBCRおよびTCR配列、抗原受容体特異性、細胞表面タンパク質などを含む多次元的アプローチで適応免疫を探索できる試薬キット

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

データ解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

ワークフロー

シングルセル免疫プロファイリングの基本的なワークフローをご覧ください。細胞表面タンパク質や抗原特異性にFeature Barcodeキットを使用する場合は、細胞を修飾するための専用プロトコールを用意しています。

  1. 1Step 1

    サンプルの準備

    数百から数千の細胞から始めます。それぞれの細胞は、独自のオリゴバーコードでタグ付けされた抗体および/またはペプチド-MHCで標識します。FACS/MACS、穿刺吸引細胞、TIL、PBMCsなどからの細胞懸濁液も使用できます。

    リソース
  2. 2Step 2

    10xライブラリーの構築

    試薬キットとChromium Controller装置を使用して、10xバーコードを付加したライブラリーを構築します。Chromium Controllerでは、10xバーコードがついたゲルビーズを加えてそれぞれの細胞を分画化します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、細胞は逆転写によりcDNAを作成します。1つの細胞から作成されたcDNAには、共通の10xバーコードが付加されています。

    リソース
  3. 3Step 3

    シーケンス

    10xバーコードが付加されたライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、免疫および転写プロファイリングを実施します。

    リソース
  4. 4Step 4

    データ解析

    シーケンス生データから生物学的に意味のある情報に変換するには、Cell Rangerを使います。Cell Rangerは無償提供されており、重鎖/軽鎖シーケンス、遺伝子発現、そして抗原特異性のデータを処理します。

    解析パイプライン出力

    出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティのR、Pythonツールで使用できます。

    リソース
  5. 5Step 5

    データの視覚化

    Loupe Browser 視覚化ソフトウェアを使用して、結果をインタラクティブに探索します。 サンプルや細胞タイプ内およびサンプルや細胞タイプ間の詳細なクロノタイプ情報を比較し、遺伝子使用状況、レパトア多様性、クローン増大などを解析できます。

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    Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

    リソース

よくある質問

このソリューションは複数のデータタイプをひとつのシングルセルから同時検出して統合解析をできます。これにはmRNAベースの全トランスクリプトームあるいはターゲット遺伝子発現、免疫フェノタイピング、適応免疫レパトアのクローン性と多様性、抗原特異性を含みます。細胞を特徴づけるマルチオミックスアプローチにより、免疫システムを細胞ごとに理解できます。

はい。免疫グロブリンまたは TCRのライブラリーのみを増幅しシーケンスできます。増幅された全トランスクリプトーム cDNAは、保存しておけば後でシーケンスすることもできます。

Chromiumシングルセル免疫プロファイリングは、新鮮または凍結保存されたシングルセル懸濁液と互換性があります。代表的なサンプルには、PBMCs、腫瘍浸潤リンパ球、脾臓、骨髄細胞、その他の組織タイプが含まれます。種は、ヒト、マウス、ラット、および他のモデル生物から選択することができます。なお、免疫グロブリンまたはTCRシーケンスについては、現在10x Genomics試薬とプロトコールでサポートされているのはヒトとマウスのみです。

Chromiumシンブルセル免疫プロファイリングソリューションは、IgおよびTCR遺伝子の不変領域に遺伝子特異的増幅プライマーが設計されていています。これにより、可変領域、多様性領域、および結合遺伝子セグメントにわたる配列を濃縮し、シーケンスします。

はい、免疫グロブリン重鎖配列は、IgA、IgD、IgE、IgM、およびIgGによって分類されます。

関連製品

シングルセル免疫プロファイリング

シングルセル遺伝子発現解析

空間的遺伝子発現

シングルセルATAC

性能
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング
拡張機能
  • 細胞表面タンパク質発現
  • 抗原特異性
  • 細胞表面タンパク質発現
  • CRISPR スクリーニング
  • サンプルマルチプレックス
      装置
        Single Cell Gene Expression

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