Chromium シングルセル免疫プロファイリング

免疫多様性を細胞ごとにマルチオミックスプロファイリング

Chromiumシングルセル免疫プロファイリングは、免疫学の課題に対しマルチオミックスのソリューションを提供します。B細胞またはT細胞受容体のペア配列、表面タンパク質発現、抗原特異性、遺伝子発現を1つの細胞から解析することができます。

シングルセル免疫プロファイリング

Resources:

  • 製品カタログ
  • 製品シートをダウンロード
  • 自動化専用試薬製品シートをダウンロード
  • シングルセル購入ガイド
  • マルチオミックスサイトメトリー

    マルチオミックスサイトメトリー

    高感度な5’mRNA検出と同時に抗原特異性をフェノタイピング

  • 完全な免疫レパトア

    完全な免疫レパトア

    アイソタイプを含むIgおよびT細胞受容体α/βの完全長ペア配列

  • 免疫マッピング

    免疫マッピング

    免疫レパトアと抗原特異性をシングルセルの分解能で組み合わせ

  • 効率化されたデータ解析

    効率化されたデータ解析

    使いやすいソフトウェアでクローンタイプの情報を探り、視覚化

  • ラボ作業は1日

    ラボ作業は1日

    わずか1日でサンプルからシーケンス可能なライブラリーを作製

  • 多様なサンプルに対応

    多様なサンプルに対応

    PBMC、新鮮および凍結細胞サンプル、組織解離細胞からの検証済みプロトコール

さらなる可能性を探る

  • 新しい細胞の種類と機能を発見

  • 免疫レパトアを包括的に解析

  • 抗原特異性を探索

  • 新しいバイオマーカーの発見

目的に応じたソリューションの数々

Product Family

Single cell resolution for comprehensive immune profiling

Chromium シングルセル免疫プロファイリングは、自然免疫系と適応免疫系の驚くべき多様性を、マルチオミックスの系でデータを読み取り実験規模を変更しながら探索します。

マルチオミックス解析

細胞表面タンパク質の発現と抗原特異性を5'遺伝子発現と同時に測定します。

免疫レパトアプロファイル

B細胞やT細胞の受容体の全長配列をシングルセルレベルで捉えることで、クローンの拡大や多様性を理解します。

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免疫レパトアプロファイル
  • ペアになった受容体の配列から、抗原結合や機能を調査
  • 遺伝子発現データと組み合わせることで、免疫細胞の分類を行い、新しい細胞の状態を探索
細胞表面タンパク質

シングルセルレベルでの遺伝子発現測定と免疫フェノタイピングを相関させることで、免疫細胞のサブセットや機能状態をより明確にします。

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細胞表面タンパク質
  • マルチオミックスサイトメトリーを用いて、数百種類ものタンパク質を同時に検出。バイアスのない遺伝子発現プロファイリングを行うことで、超高パラメーターでの探索が可能
  • 同じ細胞内でタンパク質のアイソフォームと制御ネットワークの共発現を相関させることで、免疫細胞集団を層別化
抗原特異性

T細胞受容体とペプチド-MHCマルチマー、あるいは免疫グロブリン重鎖・軽鎖とそれらの抗原を同時に捕捉することにより、適応免疫系の特異性をシングルセルの分解能で解析します。

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Antigen Specificity
  • バーコード化されたペプチド-MHCマルチマーを用いて、パブリックおよびプライベートT細胞抗原の特異性を探索
  • 適応免疫系がネオアンチゲンをどのように標的とするかを解明
  • より速く、よりハイスループットなスクリーニング技術で抗体探索を加速

大規模プロジェクト

ハイスループット(HT)キットと大規模プロジェクト用のソリューションにより、希少な細胞型の発見からトランスレーショナルリサーチまで、最も意欲的なプロジェクトに取り組むことが可能です。

シングルセル免疫プロファイリング HT

新しいChromium Xでは、シングルセル免疫プロファイリングにハイスループット(HT)マルチオミクス解析を導入し、適応免疫系の驚くべき多様性を明らかにできます。

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Chromium Xの詳細はこちら
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    結果までの時間を大幅に短縮

    1つのチップで最大16サンプル、数十万個のシングルセルを同時解析

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    スケールメリットを享受

    ハイスループット機能を活用し、ターゲット遺伝子発現により、実験や解析のコストをさらに削減

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    事前準備から解析までサポート

    技術的なリソースから、ユーザーフレンドリーなクラウドベースのデータ解析(米国のみ)まで、エンドツーエンドでのサポート

ターゲット遺伝子発現パネル

カスタム化可能な包括的な遺伝子パネルにより、サンプル数やシーケンス深度を増やしながらコストを削減します。パネルに搭載された転写産物のセットをプロファイリングします。

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    スケールメリット

    ターゲット濃縮中にライブラリーをマルチプレックスすることで、サンプルのスループットを最大化し、作業時間を短縮します。

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    シームレスな統合

    同一ライブラリーから全トランスクリプトームおよびターゲット解析をシームレスに行い、検証実験や新しい仮説の探索を可能にします。

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    より多くをより少なく

    ターゲットパネルによりシーケンスコストを抑えつサンプル規模を拡大し、研究予算を有効活用します。

ワークフロー自動化

Chromium Connectのシングルセル免疫プロファイリングを使うと、ラボの生産性を最大化し、安定した再現性のある結果を得ることが可能

自動化されたシングルセル免疫プロファイリング

Chromium Connectで免疫プロファイリングのワークフローを自動化。T細胞やB細胞のレパトア多様性探索、希少な細胞集団の特定、疾患や治療に応じたクローン増大を明らかにし、生産性を向上させる

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Chromium Connectの詳細はこちら
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    生産性の向上

    シングルセルからシーケンス用のライブラリー作製までを自動化。ハンズオンタイムを短縮し、免疫プロファイリングの利便性を実現

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    ワークフローを標準化

    実験、ユーザー、さらには複数のサイトにまたがり安定して再現性のあるシングルセル免疫プロファイリング結果を生成

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    オペレーションの効率化

    自動化専用試薬を使用し、カラーコードと2Dバーコードによって試薬のトラッキングやローディングを確実に実行

実績のある結果

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実績のある結果

ビデオ

研究者がどのようにChromiumシングルセル免疫プロファイリングを使っているかご覧下さい。

論文

High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity

High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity

Cell. 2019, Ian Setliff, et al.

Cell. 2019, Ian Setliff, et al.

Massively Parallel Single-Cell B-Cell Receptor Sequencing Enables Rapid Discovery of Diverse Antigen-Reactive Antibodies

Massively Parallel Single-Cell B-Cell Receptor Sequencing Enables Rapid Discovery of Diverse Antigen-Reactive Antibodies

Communications Biology. 2019, Leonard D. Goldstein, et al.

Communications Biology. 2019, Leonard D. Goldstein, et al.

Clonal replacement of tumor-specific T cells following PD-1 blockade

Clonal replacement of tumor-specific T cells following PD-1 blockade

Nature Medicine. 2019, Katheryn E. Yost, et al.

Nature Medicine. 2019, Katheryn E. Yost, et al.

A cell atlas of human thymic development defines T cell repertoire formation

A cell atlas of human thymic development defines T cell repertoire formation

Science. 2020, Jong-Eun Park, et al.

Science. 2020, Jong-Eun Park, et al.

リソース

Chromiumシングルセル免疫プロファイリングの最新アプリケーションノートや製品資料をご覧ください。

A New Way of Exploring Immunity—Linking Highly Multiplexed Antigen Recognition to Immune Repertoire and Phenotype

A New Way of Exploring Immunity—Linking Highly Multiplexed Antigen Recognition to Immune Repertoire and Phenotype

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

Improving Single Cell Characterization with Simultaneous Gene Expression and Cell Surface Protein Measurements at Scale

Improving Single Cell Characterization with Simultaneous Gene Expression and Cell Surface Protein Measurements at Scale

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

Characterization of Tumor Microenvironment

Characterization of Tumor Microenvironment

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

エンドツーエンドのソリューション

Next GEM技術を用いたChromium装置

Next GEM技術を用いたChromium装置

拡張可能な装置

コンパクトな装置

自動化装置

Chromium シングルセル免疫プロファイリング試薬

Chromium シングルセル免疫プロファイリング試薬

5' mRNA、完全長対のBCRおよびTCR配列、抗原受容体特異性、細胞表面タンパク質などを含む多次元的アプローチで適応免疫を探索できる試薬キット

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

データ解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

ワークフロー

シングルセル免疫プロファイリングの基本的なワークフローをご覧ください。細胞表面タンパク質や抗原特異性にFeature Barcodeキットを使用する場合は、細胞を修飾するための専用プロトコールを用意しています。

  1. 1Step 1

    サンプルの準備

    数百から数千の細胞から始めます。それぞれの細胞は、独自のオリゴバーコードでタグ付けされた抗体および/またはペプチド-MHCで標識します。FACS/MACS、穿刺吸引細胞、TIL、PBMCsなどからの細胞懸濁液も使用できます。

    リソース
  2. 2Step 2

    10xライブラリーの構築

    試薬キットとChromium Controller装置を使用して、10xバーコードを付加したライブラリーを構築します。Chromium Controllerでは、10xバーコードがついたゲルビーズを加えてそれぞれの細胞を分画化します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、細胞は逆転写によりcDNAを作成します。1つの細胞から作成されたcDNAには、共通の10xバーコードが付加されています。

    リソース
  3. 3Step 3

    シーケンス

    10xバーコードが付加されたライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、免疫および転写プロファイリングを実施します。

    リソース
  4. 4Step 4

    データ解析

    シーケンス生データから生物学的に意味のある情報に変換するには、Cell Rangerを使います。Cell Rangerは無償提供されており、重鎖/軽鎖シーケンス、遺伝子発現、そして抗原特異性のデータを処理します。

    解析パイプライン出力

    出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティのR、Pythonツールで使用できます。

    リソース
  5. 5Step 5

    データの視覚化

    Loupe Browser 視覚化ソフトウェアを使用して、結果をインタラクティブに探索します。 サンプルや細胞タイプ内およびサンプルや細胞タイプ間の詳細なクロノタイプ情報を比較し、遺伝子使用状況、レパトア多様性、クローン増大などを解析できます。

    バイオインフォマティシャンが必要ですか?

    Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

    リソース

よくある質問

このソリューションは複数のデータタイプをひとつのシングルセルから同時検出して統合解析をできます。これにはmRNAベースの全トランスクリプトームあるいはターゲット遺伝子発現、免疫フェノタイピング、適応免疫レパトアのクローン性と多様性、抗原特異性を含みます。細胞を特徴づけるマルチオミックスアプローチにより、免疫システムを細胞ごとに理解できます。

はい。免疫グロブリンまたは TCRのライブラリーのみを増幅しシーケンスできます。増幅された全トランスクリプトーム cDNAは、保存しておけば後でシーケンスすることもできます。

Chromiumシングルセル免疫プロファイリングは、新鮮または凍結保存されたシングルセル懸濁液と互換性があります。代表的なサンプルには、PBMCs、腫瘍浸潤リンパ球、脾臓、骨髄細胞、その他の組織タイプが含まれます。種は、ヒト、マウス、ラット、および他のモデル生物から選択することができます。なお、免疫グロブリンまたはTCRシーケンスについては、現在10x Genomics試薬とプロトコールでサポートされているのはヒトとマウスのみです。

Chromiumシンブルセル免疫プロファイリングソリューションは、IgおよびTCR遺伝子の不変領域に遺伝子特異的増幅プライマーが設計されていています。これにより、可変領域、多様性領域、および結合遺伝子セグメントにわたる配列を濃縮し、シーケンスします。

はい、免疫グロブリン重鎖配列は、IgA、IgD、IgE、IgM、およびIgGによって分類されます。

関連製品

製品

シングルセル免疫プロファイリング

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シングルセル遺伝子発現解析

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空間的遺伝子発現

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シングルセルATAC

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性能
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • FFPEと凍結切片組織の両方に対応
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング
拡張機能
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • Cell Surface Protein
  • CRISPRスクリーニング
  • サンプルマルチプレックス
  • Spatial Gene Expression with Immunofluorescence
  • 免疫蛍光タンパク質の同時検出
装置
  • Chromium X シリーズ
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X シリーズ
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X シリーズ
  • Chromium Controller
Single Cell Gene Expression

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