Chromium 单细胞多组学ATAC + 基因表达

统一查看每个细胞中的转录组和表观基因组

采用Chromium单细胞多组学ATAC + 基因表达来同时分析同一细胞的基因表达和开放染色质。提升您的探索能力,让您可以鉴定细胞类型和状态,并揭示基因调控程序。

单细胞多组学ATAC + 基因表达
  • 一个细胞,两种读数

    一个细胞,两种读数

    同时检测同一细胞中的mRNA和染色质可及性。

  • 定义基因调控

    定义基因调控

    发现新的基因调控相互作用。

  • 单细胞分辨率

    单细胞分辨率

    以单细胞的精确性检测稀有细胞群体。

  • 灵活且可扩展

    灵活且可扩展

    分析每个样本中数百个至数万个细胞。

  • 简化的数据分析

    简化的数据分析

    通过轻松易用的软件同时探索基因表达和染色质可及性。

  • 高效的实验室流程

    高效的实验室流程

    从样本到可立即测序的文库只需两天。

发现隐藏的信息

以单细胞分辨率对转录组和表观基因组进行多组学分析,将改变您对生物学的理解。每个细胞的两种读数可增强您对细胞类型和状态的鉴定,并帮助您深入了解背后的基因调控机制。立即使用单细胞多组学ATAC + 基因表达,提升您的探索能力。

您可以实现哪些探索

更深入地鉴定细胞类型和状态

通过表观基因组和基因表达谱的综合分析来鉴定复杂的细胞群体,并捕获细胞异质性,从而发现隐藏的信息。基因表达标志物可帮助您更轻松地解释表观遗传图谱。

发现新的基因调控相互作用

将调控元件的发现与基因表达相结合,探索驱动细胞分化、发育和疾病的基因调控相互作用。

充分利用您的宝贵样本

从同一细胞中获得转录组和开放染色质信息,让您从有限样本中得到尽可能多的发现。

探索疾病的复杂性

了解疾病中的基因调控网络如何被破坏。询问表观遗传重塑和治疗耐药的机制。

经过验证的结果

经过验证的结果

视频

观看视频,了解客户如何使用Chromium单细胞多组学ATAC + 基因表达

完整的解决方案

基于Next GEM技术的Chromium仪器

基于Next GEM技术的Chromium仪器

Chromium单细胞多组学ATAC + 基因表达试剂

Chromium单细胞多组学ATAC + 基因表达试剂

使用我们的试剂盒,您可以同时检测同一细胞的基因表达和开放染色质区域,并生成可立即测序的NGS文库。

数据分析和可视化软件

数据分析和可视化软件

Cell Ranger ARC数据分析流程以及Loupe Browser数据可视化软件。

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

  1. 1Step 1

    样本制备

    从细胞核悬液开始,细胞核可以分离自细胞培养物、原代细胞、新鲜或冷冻组织。

    资源
  2. 2Step 2

    文库构建

    使用我们的试剂盒和Chromium Controller仪器构建带有10x 条形码的单细胞基因表达和ATAC配对文库。首先对细胞核进行大规模转座处理,然后通过Chromium Controller把单个细胞核封装在带有10x条形码的凝胶珠(Gel Bead)内。在每个纳升级液滴内,mRNA和转座的DNA片段均用10x条形码标记,而每个条形码序列代表同一个细胞。

    资源
  3. 3Step 3

    测序

    所生成的带10x条形码的单细胞基因表达和ATAC-seq文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现数千个单细胞的大规模分析。

    资源
  4. 4Step 4

    数据分析

    Cell Ranger ARC分析软件可生成每个细胞的开放染色质和基因表达谱,鉴定图谱相似的细胞簇,并计算开放染色质峰与基因表达之间的联系。

    分析结果输出

    输出结果包括质控信息和文件,这些文件可轻松用于Loupe Browser可视化软件或第三方R工具及Python工具的进一步分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据可视化

    利用Loupe Browser可视化软件,您可以交互式地探索实验结果,比较不同细胞类型和状态之间的染色质可及性和基因表达,并研究开放染色质峰和基因表达之间的联系。

    只有生物信息学家才能使用Loupe吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都能轻松下载和使用。

    资源

常见问题

它能够对单细胞的转录组(使用3’基因表达)和表观基因组(使用ATAC-seq)进行同时分析,以帮助您了解不同类型细胞之间的基因如何表达和调控。

在使用单细胞多组学ATAC + 基因表达测试的样本类型中,当起始样本为细胞核时,ATAC和基因表达的表现与相应的10x Genomics单独流程(Chromium单细胞ATAC或Chromium单细胞基因表达)相当。

目前,Feature Barcode技术与单细胞多组学ATAC + 基因表达不兼容。

需要细胞核悬液。从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中可以获得高质量的细胞核悬液。此分析已针对人类和小鼠样本进行优化。

是的,单细胞ATAC和单细胞基因表达数据的文件格式与单细胞多组学ATAC + 基因表达兼容,可利用Seurat等第三方工具进行整合。

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单细胞多组学ATAC + 基因表达

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单细胞ATAC

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单细胞基因表达

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单细胞免疫分析

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性能
  • 在同一个单细胞核中进行转录组和开放染色质的联合分析
  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
扩展应用
  • 多样本混合检测
仪器
Single Cell Gene Expression

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