基因表达可视化

空间转录组学技术
为每一个“是什么”
揭开“在哪里”的面纱

细胞和它们在组织样本中的相对位置之间的关系对于理解疾病病理学是至关重要的。空间转录组学是一项突破性的技术,它允许科学家测量组织样本中的所有基因活动,并绘制活动发生的位置。这项技术已经带来了新的发现,将有助于科学家更好地理解疾病和生物过程。

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探索组织微环境背景下的基因表达

空间基因表达技术的创新使科学家能够全面了解细胞的形态学背景。在本次研讨会中,您将听到来自10x Genomics科学家分享的第一手资料,包括来自用户的关于技术的突破性进展以及令人兴奋的案例展示。

基于组织学目的对新鲜冷冻组织切片进行成像,并将切片放置在含有与RNA结合的捕获探针的阵列上。随后对组织切片进行固定和透化,使RNA得到释放,并结合到相应的捕获探针,这使得该技术可以获取基因表达信息。然后以捕获的RNA为模板进行cDNA合成,进行测序文库制备。再对制备好的文库进行测序和数据可视化分析,从而确定哪些基因得到了表达,表达量,以及这些基因的空间位置信息。

How it Works 1
1. 组织固定
How it Works 2
2. 组织透化
How it Works 3
3. cDNA合成
How it Works 4
4. 文库制备
How it Works 5
5. 测序
How it Works 6
6. 数据可视化分析

空间转录组学技术生成的数据允许您选择任何感兴趣的基因,并在原始组织切片上显示其空间解析表达情况。由于所有的mRNA均可被捕获到,因此您不仅能够看到单个基因的空间可视化信息,还可以选择任意组合中任意数量的基因一起进行查看和分析。

三维旋转

您可以通过单击和拖动散点图来旋转细胞聚类图像,以查看这些聚类在 3D图中是如何分布的。使用右上角的控件进行缩放和平移。

可视化控件

您还可以使用组织图像下的滑块来调整组织图像和基因表达数据的组合和可视化方式。

更改图像中数据点的不透明度:

更改图像中细胞群集云的不透明度:

基因鉴定

将鼠标指针悬停在图表中基因名称上方,组织图像中的斑点将根据该基因的表达进行着色。或者,将鼠标指针悬停在图表中数值上方,可以观察特定基因的表达方式,同时,相应细胞群集中的斑点也将会突出显示。
发现更多

对于任何涉及组织切片的应用 – 形态学和蛋白质组信息对于解决生物学问题至关重要。将无偏的基因表达数据添加到图像数据上,将得到全新层次的信息。这是对传统的只对感兴趣区域进行染色的方法的补充,将帮助您以前所未有的高度和角度了解组织微环境。

整体解决方案

大多数传统的切片技术和样品都支持新鲜冷冻组织。依照10x Visium 易于使用的实验方案,将使您能够在更短的工作流程下将样品制备成可以用于测序的文库。

标准工具

切片、H&E染色以及成像都可以使用您自己的现有仪器设备完成。我们提供阵列玻片(array slides)、实验以及测序和分析的相关技术说明。确保您能够轻松地在当前的实验条件下进行操作。

简单详实的数据分析

我们的Cell Ranger工具允许您在组织H&E染色图像提供的信息中分析Visium输出的数据。我们为您提供简单的用户界面和灵活的数据分析。

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全面了解
组织微环境中的基因表达

了解研究人员如何使用空间转录组学技术在空间环境中提升对复杂转录景观的研究,这对于理解生物学和复杂疾病至关重要。

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Spatially Resolved Transcriptomics Enables Dissection of Genetic Heterogeneity in Stage III Cutaneous Malignant Melanoma
Thrane K et al. Cancer Research. 2018
Spatial Gene Expression assay was used to better understand melanoma lymph node metastases which revealed a complex transcriptional landscape in a localized context; may help in better understanding the multiple components of melanoma tumor progression and therapy outcome
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Spatiotemporal Dynamics of Molecular Pathology in Amyotrophic Lateral Sclerosis
Maniatis S et al. Science. 2019
Used spatial RNA sequencing to define transcriptomic changes in different regions of the spinal cord of a mouse ALS model and a postmortem human ALS spinal cord. Identified disease-associated pathways and established the key steps in motor neuron degeneration observed in ALS.
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Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics
Ståhl PL et al. Science. 2016
Analyzed patterns of RNA expression in mouse brain and human breast cancer enabling a new way of analyzing all gene expression while preserving tissue morphology with implications in diagnostics, research and novel target identification
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Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity
Berglund E et al. Nature Commun. 2018
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