Chromium シングルセル遺伝子発現解析

複雑な細胞多様性を細胞レベルで解き明かす

Chromium シングルセル遺伝子発現は、数百から数万個の細胞からのシングルセルトランスクリプトーム3'遺伝子発現プロファイルとマルチオミクスの可能性を提供します。遺伝子解析、細胞表面タンパク質発現、細胞ごとのCRISPR修飾などによって、細胞の不均一性を探り、新規ターゲットやバイオマーカーの発見に挑みます。

シングルセル遺伝子発現解析

Resources:

  • 製品カタログ
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  • 予算申請のために
  • シングルセル購入ガイド
  • 高解像度シングルセル

    高解像度シングルセル

    数万個の細胞からサンプルの不均一性を解析

  • マルチオミックス

    マルチオミックス

    3’mRNA、細胞表面タンパク質、CRISPR摂動などの解析

  • 機能ゲノミクスへの拡張

    機能ゲノミクスへの拡張

    ペアのCRISPRノックダウンと全トランスクリプトームデータから遺伝子ネットワークを探索

  • 効率的なデータ解析

    効率的なデータ解析

    使いやすいソフトウェアにより、シングルセルの遺伝子発現プロファイルを探索

  • ラボ作業は1日

    ラボ作業は1日

    わずか1日でサンプルからシーケンス可能なライブラリーを作製

  • 多様なサンプルに対応

    多様なサンプルに対応

    固定、新鮮、冷凍サンプル、細胞や核を使っての検証済みプロトコールを用意

さらなる可能性を探る

  • 複雑な細胞集団を特徴づけ

  • 新しい細胞タイプと細胞状態の発見

  • 複雑な細胞プロセスの解明

  • 拡張可能な機能性ゲノミクス

ニーズに合わせた柔軟なソリューション

製品ファミリ

Chromium シングルセル遺伝子発現は、大規模なプロジェクトへの対応から細胞ごとの遺伝子発現の多様性の発見まで、すべてを可能にします。

最初の見解を手にする

シングルセル遺伝子発現実験を始めましょう。パイロット実験を始めたり、実験を最適化するための小規模プロジェクトに適したソリューションをぜひお使いください。

シングルセル遺伝子発現LT

シングルセルを使った探索をスタートさせましょう。パイロット実験の実施、予備実験の開始、サンプル前処理の最適化などをわずか100~1,000個の細胞で実行できます。

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    最初の見解を手にする

    100~1,000個の細胞からなる小規模な解析でデータを取得します。

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    サンプル調製の最適化

    実験の成功を導く実験条件の改良を行います。

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    サンプル調製から解析までサポート

    技術的なリソースからユーザーフレンドリーなクラウドベースのデータ解析まで、エンドツーエンドのサポートを提供します。

マルチオミックス解析

細胞表面タンパク質の発現やCRISPRによる摂動と、3'遺伝子発現を同時に測定します。

CRISPR スクリーニング

細胞内sgRNAや遺伝子発現の変化を直接捉え、CRISPRによる摂動の効果をシングルセルの分解能で評価します。

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CRISPR スクリーニング
  • 疾患に関与する新規候補遺伝子あるいは耐性ドライバー因子をスクリーニング
  • より迅速なワークフローと向上された解像度で機能的な遺伝学的スクリーニングを強化
  • 発生に関わる複雑な遺伝子制御経路を解明
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細胞表面タンパク質

シングルセルの遺伝子とタンパク質発現を組み合わせて探索、新規細胞サブセットや希少細胞集団の発見します。

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細胞表面タンパク質
  • タンパク質情報を追加し、異なる細胞表現型をさらに理解
  • 同一細胞からトランスクリプトームとプロテオームの関係を解析
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大規模なプロジェクト

医薬品のスクリーニングから前臨床試験まで、大規模なプロジェクトに適した相補的なソリューションを使い、意欲的にプロジェクトに取り組みましょう。

シングルセル遺伝子発現HT

新装置Chromium Xのハイスループット(HT)遺伝子発現およびマルチオッミクス解析を使用することで、実験の可能性を広げ、100万細胞の研究を日常的に行えるようになります。

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Chromium Xの詳細
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    結果までの時間を短縮

    1つのチップで最大16サンプル、数十万個のシングルセルを同時解析

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    スケールメリットを享受

    3' CellPlexのサンプルマルチプレックスやターゲット遺伝子発現パネルと組み合わせることで、実験や解析にかかるコストを削減し、大規模なプロジェクトを実行

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    サンプル準備から解析までサポート

    テクニカル資料から、ユーザーフレンドリーなクラウドデータ解析まで、エンドツーエンドでサポート

ターゲット遺伝子発現パネル

カスタム化可能な包括的な遺伝子パネルにより、サンプル数やシーケンス深度を増やしながらコストを削減します。パネルに搭載された転写産物のセットをプロファイリングします。

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    スケールメリット

    ターゲット濃縮中にライブラリーをマルチプレックスすることで、サンプルのスループットを最大化し、作業時間を短縮します。

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    シームレスな統合

    同一ライブラリーから全トランスクリプトームおよびターゲット解析をシームレスに行い、検証実験や新しい仮説の探索を可能にします。

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    より多くをより少なく

    ターゲットパネルによりシーケンスコストを抑えつサンプル規模を拡大し、研究予算を有効活用します。

3’CellPlexによるサンプルマルチプレックス

最大12サンプルを可能にするエンドツーエンドのサンプルマルチプレックスソリューションにより、シングルセル研究のスケールアップを実現します。

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    さらなる洞察を広げる

    マルチプレックスで細胞とサンプルのスループットを向上し、サンプルコストを低減する一方で大規模なシングルセル 実験を可能にします。

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    幅広いサンプルの互換性

    患者由来サンプルやセルライン、そして細胞あるいは核など多様なサンプルに互換性のある試薬セットでサンプルをマルチプレックス化します。

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    エンドツーエンドのソリューション

    完全にサポートされたプロトコールとデマルチプレックス機能を備えた統合データ解析パイプラインを活用し、効率よく大規模なシングルセル 実験を行えます。

ワークフロー自動化

Chromium Connectのシングルセル遺伝子発現により、ラボの生産性を最大化し、一貫性と再現性のある結果を得ることができます。

自動化されたシングルセル遺伝子発現

Chromium Connectで遺伝子発現ワークフローを自動化することで、細胞の不均一性の探求、新規ターゲットやバイオマーカーの発見、複雑な細胞プロセスの解明などの生産性を向上させることができます。

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Chromium Connectの詳細はこちら
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    生産性を向上

    ハンズオンタイムを短縮し、シングルセルからシーケンス用の遺伝子発現ライブラリー作製まで、利便性を実現します。

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    ワークフローの標準化

    実験、ユーザー、さらには複数のサイトにまたがって、一貫性と再現性のあるシングルセル遺伝子発現データを生成します。

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    オペレーションの効率化

    自動化専用の試薬を使用します。色分けされ、二次元バーコードが付いているため、試薬のトラッキングやローディングのミスを防ぐことができます。

実績のある結果

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実績のある結果

ビデオ

研究者がどのようにChromiumシングルセル遺伝子発現を使っているかご覧下さい。

論文

Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells

Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells

Nature Communications. 2017, Grace X Y Zheng, et al.

Nature Communications. 2017, Grace X Y Zheng, et al.

Colonic epithelial cell diversity in health and inflammatory bowel disease

Colonic epithelial cell diversity in health and inflammatory bowel disease

Nature. 2019, Kaushal Parikh, et al.

Nature. 2019, Kaushal Parikh, et al.

A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes

A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes

Nature. 2019, Daniel T Montoro, et al.

Nature. 2019, Daniel T Montoro, et al.

リソース

Chromiumシングルセル遺伝子発現の最新アプリケーションノートや製品資料をご覧ください。

実験計画ガイド:シングルセル遺伝子発現解析を始めよう

実験計画ガイド:シングルセル遺伝子発現解析を始めよう

実験計画ガイド, 10x Genomics

実験計画ガイド, 10x Genomics

Grant Application Resources for Chromium Single Cell Gene Expression

Grant Application Resources for Chromium Single Cell Gene Expression

Grant Application Resources, 10x Genomics

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Improving Single Cell Characterization with Simultaneous Gene Expression and Cell Surface Protein Measurements at Scale

Improving Single Cell Characterization with Simultaneous Gene Expression and Cell Surface Protein Measurements at Scale

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

Pushing the Boundaries of Gene Sensitivity with the Chromium Single Cell Gene Expression v3

Pushing the Boundaries of Gene Sensitivity with the Chromium Single Cell Gene Expression v3

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

エンドツーエンドのソリューション

Next GEM技術を用いたChromium装置

Next GEM技術を用いたChromium装置

拡張可能な装置

コンパクトな装置

自動化装置

Chromium シングルセル遺伝子発現試薬

Chromium シングルセル遺伝子発現試薬

3' mRNAのキャプチャーと増幅、CRISPR 摂動の同定などが可能な試薬キット

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

データ解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

ワークフロー

シングルセル遺伝子発現の基本的なワークフローをご覧ください。CRISPRや細胞表面タンパク質にFeature Barcodeキットを使用する場合は、細胞を修飾するための専用プロトコールを用意しています。

  1. 1Step 1

    サンプルの準備

    数百から数千個の細胞から始めます。細胞の洗浄、カウント、濃縮にはベストプラクティスに従い、細胞の塊を最小限に抑て高品質のシングルセル懸濁液を準備します。

    リソース
  2. 2Step 2

    10xライブラリーの構築

    試薬キットとChromium Controller装置を使用して、10xバーコードを付加したライブラリーを構築します。Chromium Controllerでは、10xバーコードがついたゲルビーズを加えてそれぞれの細胞を分画化します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、細胞は逆転写によりcDNAを作成します。1つの細胞から作成されたcDNAには、共通の10xバーコードが付加されています。

    リソース
  3. 3Step 3

    シーケンス

    10xバーコードが付加されたライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、大量の転写プロファイリングを実施します。

    リソース
  4. 4Step 4

    データ解析

    Cell Ranger解析ソフトウェアは各細胞からの発現プロファイルを作成し、類似のプロファイルを示す細胞をクラスターで特定し、また複数のサンプルからデータを集約します。

    解析パイプライン出力

    出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティのR、Pythonツールで使用できます。

    リソース
  5. 5Step 5

    データの視覚化

    Loupe Browser 視覚化ソフトウェアを使用して、結果をインタラクティブに探索します。興味のある遺伝子の発現パターンを調べたり、細胞タイプを決定してクラスターとサンプル間の比較解析をしたりできます。

    バイオインフォマティシャンが必要ですか?

    Loupeは誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

    リソース

よくある質問

全トランスクリプトームまたはターゲット遺伝子発現プロファイルと、細胞表面タンパク質、CRISPR修飾などを同時に得ることで複雑な生命科学に多次元的な見方を加えることができます。

ポリアデニル化されたmRNA分子を発現している細胞はすべて、このシングルセルRNA-seqワークフローと互換性があります。

Chromiumシングルセル遺伝子発現は、新鮮、固定(メタノール)、凍結保存されたシングルセルまたは核懸濁液と互換性があります。種は、ヒト、マウス、ラット、モデル生物、植物など多岐にわたります。

10x Genomicsではデータの解析用に2種類のソフトウェア、Cell RangerとLoupe Browserを提供しています。Cell Rangerは、各細胞の発現プロファイルを自動的に作成し、類似した発現プロファイルを示す細胞のクラスタを識別する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。Cell RangerとLoupe Browserは、10x Supportのサイトから無料でダウンロードできます。

10x サポート

10x Genomicsでは直径30μmまでの細胞をテストしています。多くのお客様の論文では、肝細胞、線維芽細胞、心筋細胞など、一般的に30μmをはるかに超えるサイズの細胞を使い実証されています。

関連製品

製品

シングルセル遺伝子発現解析

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シングルセル免疫プロファイリング

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空間的遺伝子発現

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シングルセルATAC

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性能
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • FFPEと凍結切片組織の両方に対応
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング
拡張機能
  • Cell Surface Protein
  • CRISPRスクリーニング
  • サンプルマルチプレックス
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • Spatial Gene Expression with Immunofluorescence
  • 免疫蛍光タンパク質の同時検出
装置
  • Chromium X シリーズ
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X シリーズ
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X シリーズ
  • Chromium Controller
Single Cell Gene Expression

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