Chromium シングルセル遺伝子発現解析

複雑な細胞多様性を細胞レベルで解き明かす

Chromium シングルセル遺伝子発現は、数百から数万個の細胞からのシングルセルトランスクリプトーム3'遺伝子発現プロファイルとマルチオミクスの可能性を提供します。遺伝子解析、細胞表面タンパク質発現、細胞ごとのCRISPR修飾などによって、細胞の不均一性を探り、新規ターゲットやバイオマーカーの発見に挑みます。

シングルセル遺伝子発現解析
  • 高解像度シングルセル

    高解像度シングルセル

    数万個の細胞からサンプルの不均一性を解析

  • マルチオミックス

    マルチオミックス

    3’mRNA、細胞表面タンパク質、CRISPR摂動などの解析

  • 機能ゲノミクスへの拡張

    機能ゲノミクスへの拡張

    ペアのCRISPRノックダウンと全トランスクリプトームデータから遺伝子ネットワークを探索

  • 効率的なデータ解析

    効率的なデータ解析

    使いやすいソフトウェアにより、シングルセルの遺伝子発現プロファイルを探索

  • ラボ作業は1日

    ラボ作業は1日

    わずか1日でサンプルからシーケンス可能なライブラリーを作製

  • 多様なサンプルに対応

    多様なサンプルに対応

    固定、新鮮、冷凍サンプル、細胞や核を使っての検証済みプロトコールを用意

さらなる可能性を探る

  • 複雑な細胞集団を特徴づけ

  • 新しい細胞タイプと細胞状態の発見

  • 複雑な細胞プロセスの解明

  • 拡張可能な機能性ゲノミクス

Flexible solutions to meet your needs

Product Family

The standard in single cell gene expression

Chromium Single Cell Gene Expression can do it all—from handling large-scale projects to discovering the diversity of gene expression, cell by cell.
Single Cell Gene Expression LT

Kick start your single cell discoveries. Conduct pilot studies, launch initial investigations, or perform sample prep optimization, all with just 100–1,000 cells.

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    Gain initial insights

    With small-scale investigations, find out what 100–1,000 cells can reveal.

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    Optimize sample prep

    Refine experimental conditions to maximize the success of your studies.

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    Support from prep to analysis

    From technical resources to user-friendly, cloud-based data analytics, you are supported end-to-end.

CRISPR Screening

Assess effects of CRISPR perturbations at single cell resolution with direct capture of cellular sgRNAs and changes in gene expression.

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CRISPR Screening
  • Screen for novel gene targets or resistance drivers involved in disease
  • Empower functional genetic screens with a faster workflow and increased resolution
  • Unravel the complex genetic regulatory pathways involved in development
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Cell Surface Protein

Explore combined single cell gene and protein expression to enable discovery of novel cell subsets and rare cell populations.

Cell Surface Protein
  • Enrich distinct cell phenotype understanding with added protein information
  • Explore transcriptome and proteome relationships with simultaneous single cell detection
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Targeted Gene Expression

Profile a defined set of transcripts to reduce costs while increasing sample number or sequencing depth with customizable, comprehensive gene panels.

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    Built to scale

    Maximize sample throughput and reduce hands-on time by multiplexing libraries during target enrichment.

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    Seamless integration

    Don’t miss any data with seamless transition between whole transcriptome and targeted analysis from the same library.

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    More for less

    As studies scale, maximize your budget by decreasing sequencing costs with pre-designed or custom targeted panels.

Sample Multiplexing with 3' CellPlex

Scale your single cell studies with an end-to-end sample multiplexing solution, utilizing species-agnostic tagging to multiplex up 12 samples.

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    Unlock more insights

    Enable greater cell and sample throughput with multiplexing, reducing sample costs and scaling to larger single cell experiments.

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    Broad sample compatibility

    Multiplex samples with a single set of reagents compatible across samples and species, including patient samples, animal models, cell lines, and whole cells or nuclei.

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    End-to-end solution

    Leverage fully supported protocols and integrated data analysis pipelines with demultiplexing capabilities to efficiently enable large-scale single cell experiments.

Automated Single Cell Gene Expression

Automate your gene expression workflow on the Chromium Connect to explore cellular heterogeneity, discover novel targets and biomarkers, and unravel complex cellular processes with increased productivity.

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    Optimize productivity

    Shorten your hands-on time, and go from single cells to sequencing-ready gene expression libraries with walk-away convenience.

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    Standardize your workflow

    Generate consistent and reproducible single cell gene expression results across experiments, users, and even across multiple sites.

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    Streamline operations

    Utilize pre-aliquoted, automation-specific reagents that are color-coded and 2D-barcoded for error-proof reagent tracking and loading.

実績のある結果

実績のある結果

ビデオ

研究者がどのようにChromiumシングルセル遺伝子発現を使っているかご覧下さい。

エンドツーエンドのソリューション

Next GEM技術を用いたChromium装置

Next GEM技術を用いたChromium装置

コンパクトな装置

自動化装置

Chromium シングルセル遺伝子発現試薬

Chromium シングルセル遺伝子発現試薬

3' mRNAのキャプチャーと増幅、CRISPR 摂動の同定などが可能な試薬キット

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

データ解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

ワークフロー

シングルセル遺伝子発現の基本的なワークフローをご覧ください。CRISPRや細胞表面タンパク質にFeature Barcodeキットを使用する場合は、細胞を修飾するための専用プロトコールを用意しています。

  1. 1Step 1

    サンプルの準備

    数百から数千個の細胞から始めます。細胞の洗浄、カウント、濃縮にはベストプラクティスに従い、細胞の塊を最小限に抑て高品質のシングルセル懸濁液を準備します。

    リソース
  2. 2Step 2

    10xライブラリーの構築

    試薬キットとChromium Controller装置を使用して、10xバーコードを付加したライブラリーを構築します。Chromium Controllerでは、10xバーコードがついたゲルビーズを加えてそれぞれの細胞を分画化します。ナノリットル単位で分画された液滴内部では、細胞は逆転写によりcDNAを作成します。1つの細胞から作成されたcDNAには、共通の10xバーコードが付加されています。

    リソース
  3. 3Step 3

    シーケンス

    10xバーコードが付加されたライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。数千個にもわたるそれぞれの細胞から、大量の転写プロファイリングを実施します。

    リソース
  4. 4Step 4

    データ解析

    Cell Ranger解析ソフトウェアは各細胞からの発現プロファイルを作成し、類似のプロファイルを示す細胞をクラスターで特定し、また複数のサンプルからデータを集約します。

    解析パイプライン出力

    出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティのR、Pythonツールで使用できます。

    リソース
  5. 5Step 5

    データの視覚化

    Loupe Browser 視覚化ソフトウェアを使用して、結果をインタラクティブに探索します。興味のある遺伝子の発現パターンを調べたり、細胞タイプを決定してクラスターとサンプル間の比較解析をしたりできます。

    バイオインフォマティシャンが必要ですか?

    Loupeは誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

    リソース

よくある質問

全トランスクリプトームまたはターゲット遺伝子発現プロファイルと、細胞表面タンパク質、CRISPR修飾などを同時に得ることで複雑な生命科学に多次元的な見方を加えることができます。

ポリアデニル化されたmRNA分子を発現している細胞はすべて、このシングルセルRNA-seqワークフローと互換性があります。

Chromiumシングルセル遺伝子発現は、新鮮、固定(メタノール)、凍結保存されたシングルセルまたは核懸濁液と互換性があります。種は、ヒト、マウス、ラット、モデル生物、植物など多岐にわたります。

10x Genomicsではデータの解析用に2種類のソフトウェア、Cell RangerとLoupe Browserを提供しています。Cell Rangerは、各細胞の発現プロファイルを自動的に作成し、類似した発現プロファイルを示す細胞のクラスタを識別する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。Cell RangerとLoupe Browserは、10x Supportのサイトから無料でダウンロードできます。

10x サポート

10x Genomicsでは直径30μmまでの細胞をテストしています。多くのお客様の論文では、肝細胞、線維芽細胞、心筋細胞など、一般的に30μmをはるかに超えるサイズの細胞を使い実証されています。

関連製品

シングルセル遺伝子発現解析

シングルセル免疫プロファイリング

空間的遺伝子発現

シングルセルATAC

性能
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング
拡張機能
  • 細胞表面タンパク質発現
  • CRISPR スクリーニング
  • サンプルマルチプレックス
  • 細胞表面タンパク質発現
  • 抗原特異性
      装置
        Single Cell Gene Expression

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