全トランスクリプトーム空間解析による新たな発見
実験に合わせた柔軟なアッセイ
概要
HD WT遺伝子発現
タンパク質をコードする遺伝子を網羅
ヒトおよびマウスにおける推奨する遺伝子発現解析アッセイ
様々な組織に対応
Visium HDアッセイによる最も効率のいいシーケンス
HD 3’ 遺伝子発現
全トランスクリプトームを網羅
空間的な探索研究のための推奨アッセイ
様々な生物種に対応
アイソフォーム、TCRs/BCRs等を含む新しい発見のためのアプリケーションに対応
ケミストリー
Probe-based
3' poly(A) capture-based (Reverse transcription)
生物種
Human
Mouse
Agnostic
対応サンプル
FFPE tissue
Fresh frozen tissue
Fixed frozen tissue
Fresh frozen tissue
アッセイのインプット
Tissues sectioned onto glass slides
Tissues sectioned onto glass slides
スライドの構造と解像度
Continuous lawn of 2 μm x 2 μm barcoded squares for single cell–scale resolution
Continuous lawn of 2 μm x 2 μm barcoded squares for single cell–scale resolution
キャプチャーサイズ
6.5 x 6.5 mm (2 Capture Areas per slide)
6.5 x 6.5 mm (2 Capture Areas per slide)
同一切片からの可能な解析
Gene expression
Protein (IF)
Morphology (H&E)
Gene expression
Morphology (H&E)
First-generation assays
v2 WTパネル遺伝子発現
タンパク質をコードする遺伝子を網羅
プローブベースによるケミストリーを使用し、ヒトおよびマウスのFFPE、新鮮凍結組織および固定凍結組織
がん免疫に対するタンパク質パネルによるマルチオミクス解析（オプション）
55μmバーコッドスポット（円形）あたり1-10細胞の解像度
v1 3’ 遺伝子発現
全トランスクリプトーㇺを網羅
3’ poly(A) キャプチャーケミストリーによる様々な生物種の新鮮凍結に対応
55μmバーコッドスポット（円形）あたり1-10細胞の解像度
主なリソース
サポート資料
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参考論文
Demonstrated the Visium HD assay has superior spatial fidelity compared to other commercially available sequencing-based spatial transcriptomics platforms.
Mapped critical immune cell interactions in the colorectal tumor microenvironment.
Discovered that regionalized signalling drives two distinct T-cell states in the small intestine.