Visium 空間的遺伝子発現

組織環境を保ちつつ全トランスクリプトームをマッピング

Visium空間的遺伝子発現は、全mRNAに基づいて組織を分類できる次世代の分子技術です。トランスクリプトーム全体を形態学的な情報にマッピングし、正常な発生、疾患病理、臨床トランスレーショナル研究に新たな洞察をもたらします。

空間的遺伝子発現
  • タンパク質の同時検出

    タンパク質の同時検出

    全トランスクリプトーム空間解析と免疫蛍光タンパク質検出の組み合わせ

  • 組織切片全体をプロファイリング

    組織切片全体をプロファイリング

    興味のある領域を選択する必要なく、切片全体から全トランスクリプトーム解析

  • 高解像度

    高解像度

    組織の種類に応じてスポットあたり平均1~10個の細胞解像度

  • 効率化されたデータ解析

    効率化されたデータ解析

    使いやすいソフトウェアで組織学と遺伝子発現のデータを統合解析

  • ラボ作業は1日

    ラボ作業は1日

    わずか1日で組織切片からシーケンス可能なライブラリーを作製

  • 多様なサンプルに対応

    多様なサンプルに対応

    ヒト、マウス、ラットなどの生物種から多様な臓器で実証済み

さらなる可能性を探る

  • 複雑な疾患の全体像を把握

  • 新規バイオマーカーを発見し、新しい細胞タイプや状態を特定

  • 細胞アトラスの空間的な位置情報をマッピング

  • 時間空間的な遺伝子発現パターンの同定

柔軟なターゲットと全トランスクリプトームアッセイ

全トランスクリプトーム解析による包括的な遺伝子発現の空間的マッピングから、ターゲット遺伝子発現パネルによるフォーカスした遺伝子の解析まで

ターゲット遺伝子発現パネル

最大200個のカスタム遺伝子を追加できる設計済みのがん、免疫学、神経科学、遺伝子シグネチャーパネルを使用できます。完全カスタムパネルを設計することも可能です。

包括的なVisium空間的遺伝子発現ソリューションで、以下が可能になります。

パワフルな探索

全トランスクリプトーム解析で新たに発見した細胞タイプ、状態、バイオマーカーの空間的な構成を解明します。

シームレスな統合

同一ライブラリーから全トランスクリプトームおよびターゲット解析をシームレスに行い、検証実験や新しい仮説の探索を可能にします。

フォーカスしながら拡張

高スループットの空間遺伝子発現を効率の良いターゲットパネルと組み合わせることで、興味のある数遺伝子から関連するすべての遺伝子およびパスウェイへと実験スケールを拡張できます。

タンパク質の同時検出のために拡張可能

タンパク質の同時検出

免疫蛍光

タンパク質の同時検出

免疫蛍光と全トランスクリプトーム空間遺伝子発現を組み合わせて、新規細胞タイプとその空間的構造の発見を可能にします。

  • 同時空間検出でトランスクリプトームとタンパク質の関係を探索
  • 細胞タイプ特異性をもつ新しい組織バイオマーカーの発見

実績のある結果

実績のある結果

ビデオ

研究者がどのように空間的遺伝子発現を使っているかご覧下さい。

エンドツーエンドのソリューション

Visium 組織最適化用スライド

Visium 組織最適化用スライド

新たな装置の導入を必要とせず、既存の研究室にある装置で容易に実験スタート

Visium 空間的遺伝子発現試薬

Visium 空間的遺伝子発現試薬

組織切片全体の空間分解能で全トランスクリプトーム遺伝子発現を捉える試薬類

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

データ解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

ワークフロー

  1. 1Step 1

    サンプル準備

    新鮮な凍結組織から切片を作り、遺伝子発現スライドのキャプチャー領域に貼り付けます。キャプチャー領域には何千ものバーコード化されたスポットが搭載されています。各スポットには固有の空間的バーコードを含むキャプチャーオリゴが数多く含まれています。

    リソース
  2. 2Step 2

    組織染色と画像化

    ヘマトキシリン・エオシン(HE)染色を含む標準的な染色技術と固定方法により、明視野顕微鏡を用いてスライド上の組織切片画像をとります。また免疫染色の場合は蛍光顕微鏡を用いてスライド上の組織切片のタンパク質検出を視覚化します。

    リソース
  3. 3Step 3

    組織の透過処理とライブラリー構築

    組織を透過させて細胞からmRNAをリリースし、スポット上に並ぶ空間的バーコードオリゴ配列に結合させます。逆転写反応を行い、キャプチャーしたmRNAからcDNAを生成します。その後、バーコードが付いたcDNAをプール化し、シーケンス可能なライブラリーを調製します。

    リソース
  4. 4Step 4

    シーケンス

    10xバーコードが付加したライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。組織切片全体から大量の転写プロファイリングを実施します。

    リソース
  5. 5Step 5

    データ解析と視覚化

    Space Ranger解析ソフトウェアを使って空間的遺伝子発現データを処理します。Loupe Browser視覚化ソフトウェアでは、インタラクティブに探索できます。

    バイオインフォマティシャンが必要ですか?

    Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

    リソース

よくある質問

組織学的な空間情報を全トランスクリプトームまたはターゲット遺伝子発現と統合し、空間的トランスクリプトーム解析を行うことができます。ターゲットパネルには、がん、免疫、遺伝子シグネチャーパネルがあります。

VisiumはmRNAを含む新鮮な凍結組織と互換性があります。現在のところ、Visium空間的遺伝子発現は固定サンプルタイプには対応していません。しかし、将来的には可能になるように積極的に取り組んでいます。社内でテスト済みの組織のリストは以下の通りです。

テストに成功した組織

VisiumはSpatial Transcriptomics社の技術をベースにしており、多くの査読済み論文で実証されています。これらは10x Genomicsの論文ページでご覧いただけます。Visiumの外部検証としては、Sanger、SciLife、Broad、USC、Garvanなどの評価サイトが多数の異なるサンプルタイプから空間的遺伝子発現プロファイルを実施できています。社内では、30以上の異なる組織のテストに成功しています。

論文のページ

10x Genomicsでは、Space RangerとLoupe Browserというデータ解析に役立つ2種類のソフトウェアを用意しています。Space Rangerは、組織画像上に空間的な遺伝子発現情報を自動的に重ね合わせ、スポット単位で転写プロファイルの類似性からクラスターを識別する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使い、結果をインタラクティブに探索することができます。Space RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無償でダウンロードできます。

サポートページ

Visium 空間的遺伝子発現は10x Genomicsが提供するターゲット遺伝子パネルに対応しています。10x GenomicsのCustom Panel Designerツールを使い、設計済みのパネルに最大200個の遺伝子と最大10個の外因性配列をカスタムで追加できます。

関連製品

空間的遺伝子発現

シングルセル遺伝子発現解析

シングルセル免疫プロファイリング

シングルセルATAC

性能
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング
拡張機能
    • 細胞表面タンパク質発現
    • CRISPR スクリーニング
    • サンプルマルチプレックス
    • 細胞表面タンパク質発現
    • 抗原特異性
      装置
        Single Cell Gene Expression

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