より多くのサンプルにアクセス
FFPEと新鮮凍結組織の両方に対応
組織切片全体をプロファイリング
興味のある領域を選択する必要なく、切片全体から全トランスクリプトーム解析
高解像度
組織の種類に応じてスポットあたり平均1～10個の細胞解像度
多様なサンプルに対応
ヒト、マウス、ラットなどの生物種から多様な臓器で実証済み
タンパク質の同時検出
全トランスクリプトーム空間解析と免疫蛍光タンパク質検出の組み合わせ
効率化されたデータ解析
使いやすいソフトウェアで組織学と遺伝子発現のデータを統合解析
さらなる可能性を探る
複雑な疾患の全体像を把握
新規バイオマーカーを発見し、新しい細胞タイプや状態を特定
細胞アトラスの空間的な位置情報をマッピング
時間空間的な遺伝子発現パターンの同定
組織スライド以上のことを
- FFPE組織切片全体のトランスクリプトームを高感度で特異性高く検出
- バイオバンクに保管されているFFPE組織サンプルから、新しいバイオマーカーを探索
- Compatible with two Capture Area sizes for more flexibility
免疫蛍光
タンパク質の同時検出
免疫蛍光と全トランスクリプトーム空間遺伝子発現を組み合わせて、新規細胞タイプとその空間的構造の発見を可能にします。
- 同時空間検出でトランスクリプトームとタンパク質の関係を探索
- 細胞タイプ特異性をもつ新しい組織バイオマーカーの発見
実績のある結果
論文
Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex
Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex
bioRxiv, 2020, Kristen R. Maynard, et al.
bioRxiv, 2020, Kristen R. Maynard, et al.
Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis
Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis
Science, 2019, Silas Maniatis, et al.
Science, 2019, Silas Maniatis, et al.
A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart
A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart
Cell. 2019, Michaela Asp, et al.
Cell. 2019, Michaela Asp, et al.
Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity
Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity
Nature Communications. 2018, Emelie Berglund, et al.
Nature Communications. 2018, Emelie Berglund, et al.
エンドツーエンドのソリューション
Visium 組織最適化用スライド
新たな装置の導入を必要とせず、既存の研究室にある装置で容易に実験スタート
Visium 空間的遺伝子発現試薬
組織切片全体の空間分解能で全トランスクリプトーム遺伝子発現を捉える試薬類
グローバルな技術・カスタマーサポート
専門サポートチームがメールと電話で対応
ワークフロー
- 1
サンプル準備
新鮮な凍結組織から切片を作り、遺伝子発現スライドのキャプチャー領域に貼り付けます。キャプチャー領域には何千ものバーコード化されたスポットが搭載されています。各スポットには固有の空間的バーコードを含むキャプチャーオリゴが数多く含まれています。
リソース - 2
組織染色と画像化
ヘマトキシリン・エオシン（HE）染色を含む標準的な染色技術と固定方法により、明視野顕微鏡を用いてスライド上の組織切片画像をとります。また免疫染色の場合は蛍光顕微鏡を用いてスライド上の組織切片のタンパク質検出を視覚化します。
リソース - 3
組織の透過処理とライブラリー構築
For fresh frozen tissue, the tissue is permeabilized to release mRNA from the cells, which binds to the spatially barcoded oligonucleotides present on the spots. A reverse transcription reaction produces cDNA from the captured mRNA. The barcoded cDNA is then pooled for downstream processing to generate a sequencing-ready library. For FFPE tissues, tissue is permeabilized to release ligated probe pairs from the cells, which bind to the spatially barcoded oligonucleotides present on the spots. Spatial barcodes are added via an extension reaction. The barcoded molecules are then pooled for downstream processing to generate a sequencing-ready library.
リソース - 4
シーケンス
10xバーコードが付加したライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー（イルミナ）と互換性があります。組織切片全体から大量の転写プロファイリングを実施します。
リソース - 5
データ解析と視覚化
Space Ranger解析ソフトウェアを使って空間的遺伝子発現データを処理します。Loupe Browser視覚化ソフトウェアでは、インタラクティブに探索できます。
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Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。
リソース
よくある質問
組織学的な空間的情報をトランスクリプトーム全体の遺伝子発現プロファイル（新鮮凍結またはFFPE）またはターゲット遺伝子発現プロファイル（新鮮凍結のみ）と組み合わせる空間的トランスクリプトミクスを行うことができます。
VisiumはSpatial Transcriptomics社の技術をベースにしており、多くの査読済み論文で実証されています。これらは10x Genomicsの論文ページでご覧いただけます。Visiumの外部検証としては、Sanger、SciLife、Broad、USC、Garvanなどの評価サイトが多数の異なるサンプルタイプから空間的遺伝子発現プロファイルを実施できています。社内では、30以上の異なる組織のテストに成功しています。
10x Genomicsでは、Space RangerとLoupe Browserというデータ解析に役立つ2種類のソフトウェアを用意しています。Space Rangerは、組織画像上に空間的な遺伝子発現情報を自動的に重ね合わせ、スポット単位で転写プロファイルの類似性からクラスターを識別する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使い、結果をインタラクティブに探索することができます。Space RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無償でダウンロードできます。
FFPE組織用の Visium空間的遺伝子発現実験は、組織の最適化を必要としません。しかし、新鮮凍結組織用のVisium空間的遺伝子発現実験は、FFPE用とは異なる化学的・分子生物学的な手法を使うため、組織の最適化が必要です。
