Visium 空間的マルチオミクス

Tissue profiling with transcriptomics and protein co-detection

Combine whole transcriptome spatial analysis with immunofluorescence protein detection in the same tissue section. Gain a deeper, more holistic understanding of tissue organization with co-localized protein detection and gene expression analysis.

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空間的マルチオミクス

Resources:

  • 洞察を最大化

    タンパク質、総mRNA、形態情報を1つにまとめ、サンプルをさらに詳細かつ包括的に評価

  • 組織切片全体のプロファイル

    Visualize protein detection and whole transcriptome expression, without selecting regions of interest.

  • アクセスしやすいテクノロジー

    標準的な顕微鏡技術、免疫蛍光染色プロトコール、抗体を使用

  • 効率化されたデータ解析

    Combine protein detection profiles with gene expression data in easy-to-use software.

  • 迅速な検出

    最大4サンプルを並列処理することで、より迅速に結果を得ることができます。

  • より多くのサンプルタイプにアクセス

    FFPEまたは新鮮凍結組織サンプルのいずれにも対応します。

さらなる可能性を探る

  • 複雑な疾患の全体像を把握

  • 新規バイオマーカーを発見し、新しい細胞タイプや状態を特定

  • 細胞アトラスの空間的な位置情報をマッピング

  • 時間空間的な遺伝子発現パターンの同定

Rich insights

  • 過去にさかのぼる — アーカイブされたFFPEサンプルに新しいバイオマーカーを適用し、過去の隠された生物学を明らかにします
  • マルチオミクス解析 — 単一の組織切片に対して、タンパク質とmRNAの空間的マルチオミクス解析を用いて不均一性をより完全に特徴づけることができます
  • 強力な検出 — タンパク質検出と全トランスクリプトーム解析により、新たに発見された細胞タイプ、状態、バイオマーカーの空間的構成を視覚化します。
Spatially resolved gene expression and protein detection in the mouse brain

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論文

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Maynard KR, et al. Nature (2021).

Maynard KR, et al. Nature (2021).

Mapping the developing human immune system across organs

Mapping the developing human immune system across organs

Suo C, et al. Science (2022).

Suo C, et al. Science (2022).

Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer

Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer

Qi J, et al. Nature Communications (2022).

Qi J, et al. Nature Communications (2022).

エンドツーエンドのソリューション

Visium 組織最適化用スライド

新たな装置の導入を必要とせず、既存の研究室にある装置で容易に実験スタート

Visium 空間的遺伝子発現試薬

組織切片全体の空間分解能で全トランスクリプトーム遺伝子発現を捉える試薬類

With our reagent kits, capture whole transcriptome gene expression with spatial resolution across an entire tissue section.

解析・視覚化ソフトウェア

データ解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

Our expert support team can be contacted by phone or email at [email protected]

ワークフロー

  1. 1Step 1

    サンプル準備

    新鮮な凍結組織から切片を作り、遺伝子発現スライドのキャプチャー領域に貼り付けます。キャプチャー領域には何千ものバーコード化されたスポットが搭載されています。各スポットには固有の空間的バーコードを含むキャプチャーオリゴが数多く含まれています。

    リソース
  2. 2Step 2

    組織染色と画像化

    標準的な固定法と免疫蛍光(IF)染色を利用して、蛍光顕微鏡で組織切片とタンパク質マーカーを可視化します。

    リソース
  3. 3Step 3

    組織の透過処理とライブラリー構築

    組織を透過させて細胞からmRNAをリリースし、スポット上に並ぶ空間的バーコードオリゴ配列に結合させます。逆転写反応を行い、キャプチャーしたmRNAからcDNAを生成します。その後、バーコードが付いたcDNAをプール化し、シーケンス可能なライブラリーを調製します。FFPE組織の場合、組織を透過処理して細胞から連結プローブペアを放出させて、これがスポット上に存在する空間的にバーコード化されたオリゴヌクレオチドに結合します。空間的バーコードは、伸長反応によって付加されます。次いで、バーコード化した分子を下流の処理のためにプールして、シークエンシング可能なライブラリーを作製します。

    リソース
  4. 4Step 4

    シーケンス

    10xバーコードが付加したライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。組織切片全体から大量の転写プロファイリングを実施します。

    リソース
  5. 5Step 5

    データ解析と視覚化

    Space Ranger解析ソフトウェアを使って空間的遺伝子発現データを処理します。Loupe Browser視覚化ソフトウェアでは、インタラクティブに探索できます。

    バイオインフォマティシャンが必要ですか?

    Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

    リソース

よくある質問

Visium空間的遺伝子発現ワークフローはほとんどの蛍光イメージングシステムと互換性があるため、検出できるタンパク質ターゲットの数は、抗体の選択とイメージングの構成に依存します。4つまでのIFマーカーをサポートしており、チャネルの1つにDAPIを使用することを推奨しています。詳細については、イメージングガイドライン(FFPE/新鮮凍結)をご参照ください。

はい。標準的なIFとVisiumで使用されるIFプロトコールでは重要な違いがいくつかあります。その他の詳細については、IFプロトコール(FFPE/新鮮凍結)をご参照ください。

Visiumアッセイは感度が高いため、Visiumの性能への影響は組織ごとに異なります。しかし、遺伝子発現の空間的な構成や細胞クラスターの検出はH&EとIFで同程度です。

Visiumは、mRNAを含む新鮮凍結組織およびFFPE組織に対応しており、新鮮な凍結組織とFFPE組織に対して異なる化学的性質を利用する個別のキットを用意しています。Visiumアッセイで社内試験に成功した組織のリストは、以下の通りです。

社内試験成功した組織:FFPE組織 | 新鮮凍結組織

10x Genomicsでは、Space RangerとLoupe Browserというデータ解析に役立つ2種類のソフトウェアを用意しています。Space Rangerは、組織画像上に空間的な遺伝子発現情報を自動的に重ね合わせ、スポット単位で転写プロファイルの類似性からクラスターを識別する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使い、結果をインタラクティブに探索することができます。Space RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無償でダウンロードできます。

関連製品

製品

空間的遺伝子発現

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シングルセル遺伝子発現解析

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シングルセル免疫プロファイリング

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シングルセルATAC

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性能

  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • FFPEと凍結切片組織の両方に対応
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング

拡張機能

  • 免疫蛍光タンパク質の同時検出
  • Cell Surface Protein
  • CRISPRスクリーニング
  • サンプルマルチプレックス
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • CRISPRスクリーニング

装置

  • Visium CytAssist
Single Cell Gene Expression

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