Visium 空間的マルチオミクス

Tissue profiling with transcriptomics and protein co-detection

Combine whole transcriptome spatial analysis with immunofluorescence protein detection in the same tissue section. Gain a deeper, more holistic understanding of tissue organization with co-localized protein detection and gene expression analysis.

空間的マルチオミクス

Resources:

  • 洞察を最大化

    洞察を最大化

    タンパク質、総mRNA、形態情報を1つにまとめ、サンプルをさらに詳細かつ包括的に評価

  • 組織切片全体のプロファイル

    組織切片全体のプロファイル

    Visualize protein detection and whole transcriptome expression, without selecting regions of interest.

  • アクセスしやすいテクノロジー

    アクセスしやすいテクノロジー

    標準的な顕微鏡技術、免疫蛍光染色プロトコール、抗体を使用

  • 効率化されたデータ解析

    効率化されたデータ解析

    Combine protein detection profiles with gene expression data in easy-to-use software.

  • ラボ作業は1日

    ラボ作業は1日

    わずか1日で組織切片からシーケンス可能なライブラリーを作製

  • 多様なサンプルに対応

    多様なサンプルに対応

    Compatible with either FFPE or fresh frozen tissue samples.

さらなる可能性を探る

  • 複雑な疾患の全体像を把握

  • 新規バイオマーカーを発見し、新しい細胞タイプや状態を特定

  • 細胞アトラスの空間的な位置情報をマッピング

  • 時間空間的な遺伝子発現パターンの同定

Rich insights

  • Go back in time—Apply new biomarkers to archived FFPE samples and uncover hidden biology from the past
  • Multiomic analysis—Characterize heterogeneity more completely with spatial multiomic analysis of protein and mRNA to a single tissue section
  • Powerful discovery—Envision the spatial organization of newly discovered cell types, states, and biomarkers with protein detection and whole transcriptome analysis

実績のある結果

実績のある結果

ビデオ

研究者がどのように空間的遺伝子発現を使っているかご覧ください。

すべてを見る

論文

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Maynard KR, et al. Nature (2021).

Maynard KR, et al. Nature (2021).

Mapping the developing human immune system across organs

Mapping the developing human immune system across organs

Suo C, et al. Science (2022).

Suo C, et al. Science (2022).

Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer

Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer

Qi J, et al. Nature Communications (2022).

Qi J, et al. Nature Communications (2022).

エンドツーエンドのソリューション

Visium 組織最適化用スライド

Visium 組織最適化用スライド

新たな装置の導入を必要とせず、既存の研究室にある装置で容易に実験スタート

Visium 空間的遺伝子発現試薬

Visium 空間的遺伝子発現試薬

組織切片全体の空間分解能で全トランスクリプトーム遺伝子発現を捉える試薬類

解析・視覚化ソフトウェア

解析・視覚化ソフトウェア

データ解析パイプライン

視覚化ソフトウェア

グローバルな技術・カスタマーサポート

グローバルな技術・カスタマーサポート

専門サポートチームがメールと電話で対応

ワークフロー

  1. 1Step 1

    サンプル準備

    新鮮な凍結組織から切片を作り、遺伝子発現スライドのキャプチャー領域に貼り付けます。キャプチャー領域には何千ものバーコード化されたスポットが搭載されています。各スポットには固有の空間的バーコードを含むキャプチャーオリゴが数多く含まれています。

    リソース
  2. 2Step 2

    組織染色と画像化

    形態観察用としてのヘマトキシリン・エオジン(HE)染色、またはタンパク質検出用の免疫蛍光(IF)など標準的な染色技術と固定方法を利用します。明視野顕微鏡または蛍光顕微鏡を使用してスライド上の組織切片を視覚化し、下流の解析で空間的な遺伝子発現データと組み合わせるために用いる組織画像を取得します。

    リソース
  3. 3Step 3

    組織の透過処理とライブラリー構築

    組織を透過させて細胞からmRNAをリリースし、スポット上に並ぶ空間的バーコードオリゴ配列に結合させます。逆転写反応を行い、キャプチャーしたmRNAからcDNAを生成します。その後、バーコードが付いたcDNAをプール化し、シーケンス可能なライブラリーを調製します。

    リソース
  4. 4Step 4

    シーケンス

    10xバーコードが付加したライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。組織切片全体から大量の転写プロファイリングを実施します。

    リソース
  5. 5Step 5

    データ解析と視覚化

    Space Ranger解析ソフトウェアを使って空間的遺伝子発現データを処理します。Loupe Browser視覚化ソフトウェアでは、インタラクティブに探索できます。

    バイオインフォマティシャンが必要ですか?

    Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

    リソース

よくある質問

Visium空間的遺伝子発現  免疫蛍光のリリースにより、Visiumの解析および視覚化ソフトウェアは免疫染色されたサンプルから最大6種の蛍光シグナルを一度に表示できるようになりました。10x GenomicsではVisium空間的遺伝子発現  免疫蛍光のワークフローを使用して、4種の蛍光シグナルの検出を検証し、最大3種の抗体とDAPIについてサポートしています。検出できるタンパク質の最大数は、最終的には実験デザインとイメージングシステムの構成によって決まります。

はい。標準的なIFとVisiumで使用されるIFプロトコールでは重要な違いがいくつかあります。詳細についてはIF実証済みプロトコールをご参照ください。

Visiumアッセイは感度が高いため、Visiumの性能への影響は組織ごとに異なります。しかし、遺伝子発現の空間的な構成や細胞クラスターの検出はH&EとIFで同程度です。

VisiumはmRNAを含む新鮮な凍結組織と互換性があります。現在のところ、Visium空間的遺伝子発現は固定サンプルタイプには対応していません。しかし、将来的には可能になるように積極的に取り組んでいます。

テストに成功した組織は こちらから.

10x Genomicsでは、Space RangerとLoupe Browserというデータ解析に役立つ2種類のソフトウェアを用意しています。Space Rangerは、組織画像上に空間的な遺伝子発現情報を自動的に重ね合わせ、スポット単位で転写プロファイルの類似性からクラスターを識別する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使い、結果をインタラクティブに探索することができます。Space RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無償でダウンロードできます。

関連製品

製品

空間的遺伝子発現

View details

シングルセル遺伝子発現解析

View details

シングルセル免疫プロファイリング

View details

シングルセルATAC

View details

性能

  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • FFPEと凍結切片組織の両方に対応
  • 組織における3' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • サンプルマルチプレックス
  • TCR/BCR全長ペアシーケンス
  • 5' 全トランスクリプトーム(遺伝子発現)
  • ターゲット遺伝子発現
  • オープンクロマチンによるエピゲノムプロファイリング

拡張機能

  • 免疫蛍光タンパク質の同時検出
  • Cell Surface Protein
  • CRISPRスクリーニング
  • サンプルマルチプレックス
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • CRISPRスクリーニング

装置

  • Visium CytAssist
Single Cell Gene Expression

実験を始めましょう