ターゲット遺伝子発現

最も重要な遺伝子にフォーカス

ターゲット遺伝子発現を使用して、シングルセルや組織切片から、ターゲットとする転写産物セットをプロファイリングします。カスタム化が可能な包括的な遺伝子パネルを利用することで、サンプル数を増やしつつコストを削減したり、シーケンスの深さを増やすことができます。

ターゲット遺伝子発現

効率的な実験 より多くを、より少なく

全トランスクリプトーム解析に比べて、シーケンスコストを最大90%削減、あるいはサンプルを10倍にスケールアップできます。

高い柔軟性

事前に設計されたパネルを使うだけでなく、追加で遺伝子や配列をアドオンも可能。また自分のパネルを最初から設計することもできます。

ターゲットにフォーカス

重要な遺伝子を見逃しません。オンターゲットリードを最大化し、データを最小限に抑えます。

シームレスな統合

Feature Barcodeテクノロジーおよび既存の遺伝子発現ライブラリーと簡単に統合できます。

スケールに合わせて構築

ターゲット濃縮時にライブラリーをマルチプレックス化し、サンプルのスループットを容易にスケールアップできます。

効率化されたデータ解析

使いやすいソフトウェアで標的遺伝子の発現プロファイルを探索し、解釈します。

この製品で可能になること

トランスレーショナルリサーチの加速

臨床に関連する遺伝子発現にフォーカスすることで、有用なデータと共にトランスレーショナル研究を迅速化し情報をもたらします。

細胞スクリーニングのスケールアップ

CAR-T細胞の特性評価やCRISPR遺伝子編集のための大規模な遺伝子スクリーニングを可能にします。

発見の精緻化

希少な細胞集団やユニークな細胞集団を検出し、局在化することで、正常な発生や疾患の病態をより深く理解します。

バイオマーカーと創薬ターゲットの検証

全トランスクリプトーム解析で探索した後、同じライブラリーから関連性の高い遺伝子を濃縮できます。

パネルのオプション

設計済みパネル

研究分野ごとに関連する遺伝子発現にフォーカスしましょう。各パネルは1,000以上の遺伝子に対する検証済みのプローブで構成されています。

Human Pan-Cancer Panel
Human Immunology Panel
Human Gene Signature Panel
近日公開: Human Neuroscience Panel

近日公開予定:設計済みのパネルに追加

10x Genomics Custom Panel Designerでは、あらかじめデザインされたパネルをカスタマイズし、最大200個の遺伝子を追加することができます。また、解析したい遺伝子が決まっている場合は、その遺伝子のパネルデザインを一から作成することもできます。

近日公開予定:完全カスタムパネルの作成

設計済みパネルに頼らず、完全に別の研究領域に取り組みたい場合や、解析したい特定の遺伝子セットがある場合は、カスタムパネルデザイナーを使ってパネルデザインを作成します。

Custom Panel Designerの使い方

アカウント作成

アカウント作成

カスタムパネルを設計してアカウント内に保存

パネルの種類を選択

パネルの種類を選択

    既存パネルに遺伝子を追加するセミカスタム、あるいは完全カスタムパネルを作成

    カスタム遺伝子リストを入力

    カスタム遺伝子リストを入力

      セミカスタムの場合、最大200遺伝子、10の外因性配列を既存パネルに追加。完全カスタムパネルの場合は10–1,500 遺伝子で作成

      確認後デザインファイルをダウンロード

      確認後デザインファイルをダウンロード

        作成したパネルデザインを確認したら、必要な10x Genomics 試薬の見積もり依頼 および互換性のあるパートナー企業へカスタムパネルを注文

        ワークフロー

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          パネルの選択

          どのような遺伝子にフォーカスしたいかを決めます。包括的な設計済みのパネル、あるいはアドオンで遺伝子を追加したセミカスタムパネル、そして10x Genomics Custom Panel Designerを使用して最初から全てをデザインするカスタムパネルからお選びいただけます。

          リソース
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          10xライブラリーの濃縮

          既存の10x Genomics シングルセルライブラリー、または組織切片からのシーケンス可能な Visium 遺伝子発現ライブラリーからスタートできます。選んだ遺伝子パネルを使い、ハイブリダイゼーションキャプチャー法で目的の転写産物を濃縮します。

          Resources
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          シーケンス

          作成した10xバーコード付きターゲット濃縮ライブラリーは、標準的なNGSイルミナシーケンサーに互換性があります。シーケンスすることで、各細胞あるいは組織切片から効率的な転写産物プロファイリングを行います。

          Resources
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          データ解析

          Cell Ranger または Space Ranger のターゲット解析パイプラインを使用して、シーケンスの生データを生物学的に意味のある結果に変換します。

          Analysis pipelines output

          Output includes QC information and files that can be easily used for further analysis in our Loupe visualization software, or third-party R or Python tools.

          リソース
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          データの視覚化

          Loupe Browser視覚化ソフトウェアを使用して、シングルセルまたは空間的な結果をインタラクティブに探索します。クラスター間、あるいはサンプル間における差分遺伝子発現解析を行い、細胞タイプや遺伝子を識別します。

          Do I need to be a bioinformatician to use it?

          Loupe is a point-and-click software that’s easy for anyone to download and use.

          Resources

        よくある質問

        10x Genomics シングルセル遺伝子発現ワークフローと組み合わせて使用すると、懸濁液中の数百から数千のシングルセルから、標的遺伝子の発現プロファイルが得られます。Visium ワークフローと組み合わせて使用すると、インタクトな組織切片から組織学的および空間的な情報を保ったまま、標的遺伝子の発現プロファイルが得られます。

        一般的にターゲットを絞ったアプローチでは、遺伝子発現研究の効率を大幅に高め、コストを削減することができます。関連する遺伝子のサブセットのみにフォーカスしてシーケンスを行うため、同じシーケンス深度を維持しながら、シーケンスコストを最大90%削減することができます。

        シングルセルを対象とした標的遺伝子発現では、新鮮な凍結保存されたシングルセル懸濁液と互換性があります。固定パネルは現在、ヒト遺伝子をターゲットにしています。Visium ワークフローでは、このアッセイは mRNA を含む新鮮凍結組織と互換性があります。社内でのテストに成功した組織のリストは、こちらをご覧ください。

        10x Genomicsが提供するパネルは、1,000以上の遺伝子を網羅しています。Custom Panel Designerではアドオンで200遺伝子まで既存パネルに追加できます。完全カスタムパネルの場合は、10~1,500遺伝子をデザインできます。

        Chromiumを使った実験では、Cell Rangerを使い、各細胞の発現プロファイルを自動的に生成し、発現プロファイルの類似性から細胞のクラスターを識別します。次に、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。 Cell RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無料でダウンロードできます。Visiumのターゲット遺伝子パネルについては、実験サポート、プロトコールおよび解析ソフトウェアは2020年9月からを予定しています。

        対応製品

        シングルセル遺伝子発現

        シングルセル免疫プロファイリング

        空間的遺伝子発現*

        性能
        • 細胞懸濁液から3'トランスクリプトーム遺伝子発現
        • ペア全長TCR/BCRシーケンス、5'トランスクリプトーム遺伝子発現
        • 組織における3'トランスクリプトーム遺伝子発現
        追加機能
        • 細胞表面タンパク
        • CRISPRスクリーニング
        • 細胞表面タンパク
        • 抗原特異性
        装置

        *空間的遺伝子発現解析用のターゲットパネルの最適化プロトール、サポート、ソフトウェアは2020年9月に予定しています。

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