ターゲット遺伝子発現

最も重要な遺伝子にフォーカス

ターゲット遺伝子発現を使用すれば、シングルセルや組織切片から興味のある転写産物セットをプロファイリングできます。カスタム化できる包括的な遺伝子パネルを利用することで、サンプル数を増やしつつコストを削減したり、シーケンスの深さを増やすことができます。

ターゲット遺伝子発現
  • より多くをより少なく

    より多くをより少なく

    全トランスクリプトーム解析に比べて、シーケンスコストを最大90%削減。またはサンプル規模を10倍にスケールアップ

  • 高い柔軟性

    高い柔軟性

    事前に設計されたパネルに加えて、興味のある遺伝子や配列の追加も可能。あるいは新しいパネルを最初からデザイン

  • ターゲットにフォーカス

    ターゲットにフォーカス

    重要な遺伝子をもれなく解析。オンターゲットリードを最大化し、データを最小限に低減

  • シームレスな統合

    シームレスな統合

    Feature Barcodeテクノロジーおよび既存の遺伝子発現ライブラリーと容易に統合が可能

  • スケールに合わせて構築

    スケールに合わせて構築

    ターゲット濃縮時にライブラリーをマルチプレックス化し、サンプルのスループットを拡張

  • 効率化なデータ解析

    効率化なデータ解析

    使いやすいソフトウェアでターゲット遺伝子の発現プロファイルの探索と解釈

さらなる可能性を探る

トランスレーショナルリサーチの加速

臨床に関連する遺伝子発現にフォーカスすることで、有用なデータと共にトランスレーショナル研究を迅速化し情報をもたらします。

細胞スクリーニングのスケールアップ

CAR-T細胞の特性評価やCRISPR遺伝子編集のための大規模な遺伝子スクリーニングを可能にします。

発見の精緻化

希少な細胞集団やユニークな細胞集団を検出し、局在化することで、正常な発生や疾患の病態をより深く理解します。

バイオマーカーと創薬ターゲットの検証

全トランスクリプトーム解析で探索した後、同じライブラリーから関連性の高い遺伝子を濃縮できます。

パネルのオプション

設計済みパネル

研究分野ごとに関連する遺伝子発現にフォーカスできます。各パネルは1,000以上の遺伝子に対する検証済みのプローブで構成されています。

Human Pan-Cancer Panel
Human Immunology Panel
Human Gene Signature Panel
Human Neuroscience Panel - 近日公開

    設計済みのパネルに追加

    10x Genomics Custom Panel Designerでは、あらかじめデザインされたパネルをカスタマイズし、最大200個の遺伝子を追加することができます。また、解析したい遺伝子が決まっている場合は、その遺伝子のパネルデザインを一から作成することもできます。

    完全カスタムパネルの作成

    設計済みパネルに頼らず、完全に別の研究領域に取り組みたい場合や、解析したい特定の遺伝子セットがある場合は、Custom Panel Designerを使ってパネルデザインを作成します。

    Custom Panel Designerの使い方

    アカウント作成

    アカウント作成

    カスタムパネルを設計してアカウント内に保存

    パネルの種類を選択

    パネルの種類を選択

    既存パネルに遺伝子を追加するセミカスタム、あるいは完全カスタムパネルを作成

    カスタム遺伝子リストを入力

    カスタム遺伝子リストを入力

    セミカスタムの場合、最大200遺伝子、10の外因性配列を既存パネルに追加。完全カスタムパネルの場合は10–1,500 遺伝子で作成

    確認後デザインファイルをダウンロード

    確認後デザインファイルをダウンロード

    作成したパネルデザインを確認したら、必要な10x Genomics試薬の見積もり依頼し、また互換性のあるパートナー企業へカスタムパネルオリゴを注文

    ワークフロー

    1. 1Step 1

      パネルの選択

      どのような遺伝子にフォーカスしたいかを決めます。包括的な設計済みのパネル、あるいはアドオンで遺伝子を追加したセミカスタムパネル、そして10x Genomics Custom Panel Designerを使用してフルデザインのカスタムパネルから選択します。

      リソース
    2. 2Step 2

      10xライブラリーの濃縮

      既存の10x Genomics シングルセルライブラリー、または組織切片からのシーケンス可能な Visium 遺伝子発現ライブラリーを出発材料とします。選択した遺伝子パネルを使い、ハイブリダイゼーションキャプチャー法で目的の転写産物を濃縮します。

      リソース
    3. 3Step 3

      シーケンス

      10xバーコードが付加したターゲット濃縮ライブラリーは、標準的なNGSショートリードシーケンサー(イルミナ)と互換性があります。シーケンスにより、各細胞あるいは組織切片から効率的な転写産物プロファイリングを実施します。

      リソース
    4. 4Step 4

      データ解析

      Cell Ranger または Space Ranger のターゲット解析パイプラインを使用して、シーケンスの生データを生物学的に意味のある結果に変換します。

      解析パイプライン出力

      出力にはQCの情報およびファイルが作成され、10xのLoupe視覚化ソフトウェア、サードパーティのR、Pythonツールで使用できます。

      リソース
    5. 5Step 5

      データの視覚化

      Loupe Browser 視覚化ソフトウェアを使用して、シングルセルまたは空間的な結果をインタラクティブに探索します。クラスター間、あるいはサンプル間における遺伝子発現解析を行い、細胞タイプや遺伝子を識別します。

      使用するにはバイオインフォマティシャンである必要がありますか?

      Loupeは、誰でも簡単にダウンロードして使用できるクリックベースのソフトウェアです。

      リソース

    よくある質問

    10x Genomics シングルセル遺伝子発現ワークフローと組み合わせて使用すると、懸濁液中の数百から数千のシングルセルからターゲット遺伝子の発現プロファイルが得られます。 Visium ワークフローと組み合わせて使用すると、インタクトな組織切片から組織学的および空間的な情報を保ったまま、標的遺伝子の発現プロファイルが得られます。

    一般的にターゲットを絞ったアプローチでは、遺伝子発現研究の効率を大幅に高め、コストを削減することができます。関連する遺伝子のサブセットのみにフォーカスしてシーケンスを行うため、同じシーケンス深度を維持しながら、シーケンスコストを最大90%削減することができます。

    シングルセルを対象とした標的遺伝子発現では、新鮮な凍結保存されたシングルセル懸濁液と互換性があります。固定パネルは現在、ヒト遺伝子をターゲットにしています。Visium ワークフローでは、このアッセイは mRNA を含む新鮮凍結組織と互換性があります。社内でのテストに成功した組織のリストは、こちらをご覧ください。

    10x Genomicsが提供するパネルは、1,000以上の遺伝子を網羅しています。Custom Panel Designerではアドオンで200遺伝子まで既存パネルに追加できます。完全カスタムパネルの場合は、10~1,000遺伝子をデザインできます。

    Chromiumを使った実験では、Cell Rangerを使い、各細胞の発現プロファイルを自動的に生成し、類似した発現プロファイルを持つ細胞のクラスターを識別します。次に、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。 Cell RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無料でダウンロードできます。Visiumの実験の場合、Space Rangerで画像上に空間的な遺伝子発現情報を自動的に重ね合わせ、類似した転写プロファイルを持つスポットのクラスターを識別します。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索することができます。Space RangerとLoupe Browserは、10xサポートサイトから無料でダウンロードできます。

    関連製品

    Single Cell Gene Expression

    Single Cell Immune Profiling

    Spatial Gene Expression

    性能
    • 3’ transcriptome gene expression in tissues
    • Targeted gene expression
    • Paired full-length TCR / BCR sequencing
    • 5’ whole transcriptome gene expression
    • Targeted gene expression
    • 3’ transcriptome gene expression in tissues
    拡張機能
    • Cell Surface Protein
    • CRISPR Screening
    • Cell Surface Protein
    • Antigen Specificity
    • Immunofluorescence Protein Co-detection
    装置

    * Visium空間的遺伝子発現に最適化されたターゲットパネルのプロトコール、サポート、ソフトウェアは2020年9月にリリースされる予定です。

    Single Cell Gene Expression

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