Chromium 靶向基因表达

专注于重要的基因

采用靶向基因表达解决方案对单细胞或组织切片中已明确的转录本进行分析。使用全面的可定制的基因组合,能够在增加样本数量或增加测序深度的同时降低成本。

靶向基因表达

Resources:

  • 产品目录
  • 下载产品说明
  • 基因组合定制化工具
  • 关注重点

    关注重点

    与全转录组分析相比,靶向基因表达可将测序成本降低多达90%,或将样本通量提高多达10倍。

  • 提高灵活性

    提高灵活性

    除了提供预先设计的基因组合,您还可以基于现有组合添加新的基因或序列,或从头开始设计属于您的定制化基因组合。

  • 靶向聚焦

    靶向聚焦

    不错过任何重要的基因。在保证靶向读取最大化的同时,尽量将数据量最小化。

  • 无缝整合

    无缝整合

    可与Feature Barcode技术和任何现有的基因表达文库轻松整合。

  • 提升通量

    提升通量

    在靶标富集过程中同时分析多个文库,轻松扩展样本通量。

  • 简便的数据分析

    简便的数据分析

    借助易于使用的软件对目标基因表达进行探索和注释。

采用新技术您可以做什么

加快转化研究

通过专注于临床相关的基因表达,加速转化研究进展,为转化研究提供可用数据。

大规模细胞筛选

使针对CAR-T细胞鉴定或CRISPR基因编辑的大规模遗传筛选成为可能。

完善科学发现

对罕见或独特的细胞群进行检测和定位,更深入地了解正常发育和疾病病理。

验证生物标志物和药物靶标

首先使用全转录组分析进行发现性研究,然后直接在此文库基础上对最相关的基因进行扩增。

可选的基因组合

预先设计的基因组合

专注于与您的研究领域相关的基因表达。每种基因组合包含针对1000多个基因的经过验证的探针。

人类泛癌症基因组合
人类免疫学基因组合
人类基因签名基因组合
人类神经科学基因组合

在预先设计的基因组合上添加新基因进行定制

使用10x Genomics基因组合定制化工具(Custom Panel Designer)基于预先设计好的基因组合进行定制,可添加多达200个新基因。或者,如果您已有一组特定的感兴趣的基因,也可以定制一个全新的基因组合。

创建完全定制的基因组合

如果您想从头开始,研究一个完全不同的领域,或者有一组特定的想要关注的基因,基因组合定制化工具将帮助您实现这些设计。

基因组合定制化工具如何工作

创建账户

创建账户

设计定制化基因组合,保存到您的账户中。

选择您的基因组合类型

选择您的基因组合类型

以我们的商品化预设计基因组合为起始并在此基础上添加新基因,或重新设计一个定制化基因组合。

输入定制基因列表

输入定制基因列表

在预设计好的商品化基因组合上可添加多达200个基因及10个外源基因序列,或重新设计含有10-1,500个基因的定制化基因组合。

查看及下载设计文件

查看及下载设计文件

对设计满意后,请索取10x Genomics的试剂报价,并从与我们兼容的合作伙伴处订购您的定制化基因组合。

通过样本多路复用技术扩展您的研究

通过使用完整的样本多路复用解决方案实现大规模的单细胞研究,可以增加您对生物学复杂性的了解。

单细胞基因表达结合CellPlex技术

能够以细胞或细胞核为起始,通过基于脂质标记的标签,在跨物种中实现多达12个样本的混合上样。

解锁更多见解

通过多路复用实现更大的细胞核样本通量,降低样本成本,并扩展到更大的单细胞实验室。

广泛的样本兼容性

通过统一的与各种样品和物种兼容的试剂来实现多样本标记,包括病人样本,动物模型,细胞系,以及整个细胞或细胞核。

完整的解决方案

利用具有多路分解功能的完全受支持的实验方案和集成的数据分析流程,有效地进行大规模的单细胞实验。

定制选项

以下是适用于不同产品和参考的自定义面板选项。

产品配置
面板选项
产品参考预设计面板在预设计面板基础上添加内容设计完全定制的面板
单细胞基因表达
单细胞免疫分析
人类
小鼠
空间基因表达
人类
小鼠

工作流程

  1. 1Step 1

    选择适合您的基因组合

    确定您要关注的基因。即可以使用我们全面的预设计的基因组合、也可以借助10x Genomics基因组合定制化工具基于该组合添加感兴趣的基因或重新定制全新的产品。

    资源
  2. 2Step 2

    富集您感兴趣的10x文库

    从基于组织切片的现有的10x Genomics单细胞文库或可直接用于测序的Visium基因表达文库开始。用选定的基因组合进行杂交捕获,以富集感兴趣的转录本。

    资源
  3. 3Step 3

    测序

    最终得到的由10x条形码编码的目标富集文库与Illumina测序仪标准的NGS短读长测序技术兼容,可用于单个细胞或组织切片的高效转录分析。

    资源
  4. 4Step 4

    分析您的数据

    通过Cell Ranger或Space Ranger中的靶向分析流程将原始测序数据转换为具有生物学意义的见解。

    分析结果输出

    输出内容包括QC信息和文件,可在我们的Loupe可视化软件或第三方的R或Python工具中轻松地将其用于进一步分析。

    资源
  5. 5Step 5

    将您的数据可视化

    使用Loupe Browser可视化软件以交互的方式查看您的单细胞或空间结果。在细胞簇和样本之间进行差异基因表达分析,以识别细胞类型,区分基因等。

    只有生物信息专家才能使用吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都可以轻松下载和使用。

    资源

常见问题解答

当与10x Genomics单细胞基因表达工作流程结合使用时,它能够以数百到数千个单细胞悬浮液为起始样本,为您提供一组目标基因的表达谱。 当与Visium工作流程配合使用时,它可以为您提供完整组织切片中具有组织学和空间分辨率的靶向基因表达谱。

通常,靶向方法可以大大提高效率并降低基因表达研究的成本。由于您会将测序重点放在相关基因的子集上,因此可以在保持相同测序深度的同时将测序成本降低多达90%。

单细胞的靶向基因表达可以以新鲜和冷冻保存的单细胞悬液为起始样本。目前提供的商品化基因组合仅针对人类样本。对于Visium工作流程,则与含有mRNA的新鲜冷冻组织兼容。在这里可以找到内部成功测试过的组织列表。

查看内部成功测试的组织

10x Genomics提供的预先设计的基因组合非常全面,每个组合中都有1000多个基因。使用基因组合定制化工具能够在现有组合基础上添加多达200个基因,您还可以使用该工具设计一个完全定制化的基因组合,基因数量在10-1500个。

对于Chromium实验,分析软件Cell Ranger可以自动为每个细胞生成表达谱,并识别具有相似表达谱的细胞集群。然后,您可以使用可视化软件Loupe Browser交互式地浏览结果。您可以从10x支持网站免费下载Cell Ranger和Loupe Browser。 对于Visium实验,分析软件Space Ranger可以自动在图像上叠加空间基因表达信息,并识别具有相似转录谱的点集群。然后,您可以使用可视化软件Loupe Browser交互式地浏览结果。您可以从10x支持网站免费下载Space Ranger和Loupe Browser。

从10x支持网站下载软件

兼容产品

产品

单细胞基因表达

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单细胞免疫分析

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空间基因表达

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性能
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 兼容FFPE组织切片和新鲜冷冻组织切片
扩展应用
  • Cell Surface Protein
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • Spatial Gene Expression with Immunofluorescence
  • 免疫荧光蛋白共检测
仪器
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
Single Cell Gene Expression

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