Visium HD 空間的遺伝子発現

高解像度な全トランスクリプトーム空間解析

全トランスクリプトーム空間的遺伝子発現とシングルセルスケールの解像度のパワーを組み合わせて、組織におけるミクロ単位の生物学を探索しましょう。CytAssistによるシンプルなワークフローで、最高品質のデータを手にすることが可能になります。

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Centrillion社のライセンスに基づき製造
FFPE Human Prostate Cancer Tissue

参考資料

  • FFPE human prostate cancer tissue
    空間的探索に必要な高分解能

    組織全体を途切れなくカバーすることで、シングルセルスケールの全トランスクリプトーム遺伝子発現解析を実現

  • FFPE mouse embryo sample
    組織におけるミクロ単位の高品質なデータ

    業界をリードするVisium CytAssistによる転写産物の移動により、最高品質の空間トランスクリプトームデータを取得

  • Graphic of FFPE samples, including archived blocks and pre-sectioned slides
    幅広いFFPEサンプルに対応

    保存ブロックや切片スライドなど、ヒトおよびマウスのFFPEサンプルから優れたデータを生成

  • Graphic of stained tissue samples
    組織学を次のレベルへ

    H&EおよびIF染色されたサンプルと同じ組織切片から高分解能の空間トランスクリプトーム解析

Visium HD スライド

シングルセルスケールの解像度を可能にする次世代スライドの構造

Visium HD slide architecture

Visium HD 空間的遺伝子発現スライドには、6.5 x 6.5 mmのキャプチャーエリアが2つ搭載されています。各キャプチャーエリアには、数百万もの2 x 2 µmの正方形が並んでおり、それぞれユニークなバーコード付きのオリゴヌクレオチドが連続的に配置されています。これによりシングルセルスケールの空間分解能が実現します。データは2µm正方形の単位、および複数のビンサイズで出力されます。視覚化と下流解析には、8 x 8 µmビンを使用することを推奨しています。

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Loupe Browser

組織学的データと遺伝子発現データをシームレスに組み合わせた使いやすい視覚化ソフトウェア

遺伝子発現クラスターを組織情報と一緒に探索

何千もの遺伝子発現をH&EまたはIF画像にマッピング

近傍領域の遺伝子シグネチャーを特定

確かな結果

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確かな結果

ビデオ

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参考資料

Visium HD enables spatial discovery in FFPE human breast cancer at single-cell scale

Visium HD enables spatial discovery in FFPE human breast cancer at single-cell scale

Poster, 10x Genomics

Poster, 10x Genomics

Grant application resources for Visium Spatial products

Grant application resources for Visium Spatial products

Grant Application Resources, 10x Genomics

Grant Application Resources, 10x Genomics

Whole transcriptome spatial discovery at the resolution you need

Whole transcriptome spatial discovery at the resolution you need

Flyer, 10x Genomics

Flyer, 10x Genomics

よくある質問

Visium HD 空間的遺伝子発現スライドには、6.5 x 6.5 mmのキャプチャーエリアが2つ搭載されています。各キャプチャーエリアには、数百万もの2 x 2 µmの正方形が並んでおり、それぞれユニークなバーコード付きのオリゴヌクレオチドが連続的に配置されています。これによりシングルセルスケールの空間分解能が実現します。

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Visium HDは、mRNAを含んだヒトおよびマウスのホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織切片に対応しています。これには保存されたFFPEブロックや切片化されたスライドガラス組織が含まれます。将来的には、他の組織条件にも対応できる予定です。

Visium HD 空間的遺伝子発現は、形態学的情報のためのヘマトキシリン・エオジン(H&E)染色と、タンパク質の共検出のための免疫蛍光(IF)染色に対応しています。

10x Genomicsではデータ解析に役立つ2種類のソフトウェア( Space Ranger と Loupe Browser )を提供しています。Space Ranger は、空間的な遺伝子発現情報を組織画像に自動的に重ね合わせ、類似した転写プロファイルを持つバーコード付きの正方形のクラスターを特定する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索します。Space RangerとLoupe Browserは10x Genomics Supportサイトから無料でダウンロードできます。

Visiumの解析について
The Visium Cytassist and HD kits

Visium空間的プラットフォーム

バイアスのない全トランスクリプトームプロファイルに空間的な情報を加えるVisiumは、研究者が細胞の同定、機能、相互作用、組織構造内の位置関係をマッピングできるように設計されています。

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