Chromium 单细胞ATAC

逐个细胞地揭示表观基因组景观

Chromium单细胞ATAC(染色质转座酶可接近性分析)可以帮助您在单细胞水平上分析染色质开放性,获得细胞类型和状态的信息,并深入了解基因调控机制。

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单细胞ATAC

Resources:

  • 检测染色质开放性

    分析每个细胞全基因组范围内数千个独特的开放染色质片段。

  • 单细胞分辨率

    超越群体的平均数信息,获得单个细胞核的表观基因组图谱。

  • 灵活且可扩展

    每张芯片可分析数百个至数千个细胞核。

  • 简化的数据分析

    通过易用的软件探索和查看染色质开放性图谱。

  • 为期一天的实验室流程

    在一天之内完成从样品到可测序文库的过程。

  • 兼容不同的样本

    经验证适用于细胞系、原代细胞以及新鲜和冷冻组织样本。

探索您的应用

  • 定义细胞类型和细胞状态

  • 鉴定主要的调控因子

  • 探索顺式调控元件,如启动子和增强子

  • 描绘基因调控网络

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文献

Developmental and evolutionary dynamics of cis-regulatory elements in mouse cerebellar cells

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Science. 2021, Sarropoulos I, et al.

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Cell-type specialization is encoded by specific chromatin topologies

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Nature. 2021, Winick-Ng W, et al.

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Single-cell analyses reveal key immune cell subsets associated with response to PD-L1 blockade in triple-negative breast cancer

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Cancer Cell. 2021, Zhang Y, et al.

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资源

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Is single cell epigenomics right for me? ATAC-ing your research questions for deeper insights

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10x Genomics Blog

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Deciphering Epigenetic Regulation with Single Cell ATAC-Seq

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Application Note, 10x Genomics

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Single Cell ATAC-Seq for Characterization of Complex Biological Systems

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Application Note, 10x Genomics

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完整的解决方案

基于Next GEM技术的Chromium仪器

小巧灵活

我们可扩展的仪器

Chromium单细胞ATAC试剂

利用我们试剂盒内的转座酶检测开放染色质区域,并生成可立即测序的NGS文库。

分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

  1. 1Step 1

    样本制备

    从分离自细胞培养物、原代细胞、新鲜或冷冻组织的细胞核悬液开始。

    CHROMIUM细胞核分离试剂盒

    对于许多冻存的哺乳动物组织,Chromium细胞核分离试剂盒提供了一体化的试剂盒,用于简便而可靠的细胞核分离,专为10x Genomics单细胞ATAC分析而优化。

    资源
    • Chromium细胞核分离试剂盒 (预计2022年年中上市)

    • 示范性操作方案
    • 样本制备在线研讨会
  2. 2Step 2

    文库构建

    利用我们的试剂盒和Chromium Controller构建带有10x条形码的单细胞ATAC-seq文库。首先对细胞核进行大规模转座,然后利用Chromium Controller将带有10x条形码的凝胶珠封装起来。在每个纳升级的液滴中,转座后的DNA片段带有10x条形码标记,而每个条形码序列代表一个独特的细胞。

    资源
  3. 3Step 3

    测序

    第2步所生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现数千个单细胞的大规模转录分析。

    资源
  4. 4Step 4

    数据分析

    我们的Cell Ranger ATAC分析软件会为每个细胞生成开放的染色质图谱,识别具有相似图谱和检出峰的细胞簇,并可以汇总来自多个样本的数据。

    分析流程输出

    输出内容包括质量控制信息和文件,这些都可以在我们的Loupe可视化软件或第三方的R工具或Python工具中轻松地进行进一步分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据可视化

    利用我们的Loupe Browser可视化软件,您可以交互式地探索实验结果,研究目的基因的表达模式,确定细胞类型,并开展细胞簇和样本之间的比较分析。

    只有生物信息专家才能使用吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都可以轻松下载和使用。

    资源

常见问题

它能够以单细胞分辨率分析开放染色质景观。

可以,需要使用第三方工具。如果想了解更多信息,请观看我们的在线研讨会。

Integrative analysis of multi-modal single-cell data

需要以细胞核悬液作为起始。您可以从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中获得高质量的细胞核悬液。此分析已针对人类和小鼠样品进行优化,也可能适用于其他物种。

来自细胞系的大量细胞ATAC-seq和单细胞ATAC-seq的比较结果表明,单细胞ATAC-seq回收的峰占大量细胞ATAC-seq的90%以上。单细胞ATAC-seq还具有从特定细胞类型的水平查看染色质图谱的分辨率。

ATAC-seq能够捕获所有的开放染色质区域,而不仅仅是那些与特定因子结合的区域。这是一种无偏的方法,能够寻找样本内的表观遗传变化。对于具有已知序列结合基序的蛋白质,附带的软件可以逐个细胞地识别在开放染色质中富集的那些基序。

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单细胞ATAC

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单细胞基因表达

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单细胞多组学ATAC + 基因表达

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性能

  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 在同一个单细胞核中进行转录组和开放染色质的联合分析

扩展应用

  • 细胞表面蛋白
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测

仪器

  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
Single Cell Gene Expression

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