Chromium 单细胞ATAC

逐个细胞地揭示表观基因组景观

Chromium单细胞ATAC(染色质转座酶可接近性分析)可以帮助您在单细胞水平上分析染色质开放性,获得细胞类型和状态的信息,并深入了解基因调控机制。

单细胞ATAC

Resources:

  • 产品目录
  • 下载产品说明
  • 单细胞购买指南
  • 检测染色质开放性

    检测染色质开放性

    分析每个细胞全基因组范围内数千个独特的开放染色质片段。

  • 单细胞分辨率

    单细胞分辨率

    超越群体的平均数信息,获得单个细胞核的表观基因组图谱。

  • 灵活且可扩展

    灵活且可扩展

    每张芯片可分析数百个至数千个细胞核。

  • 简化的数据分析

    简化的数据分析

    通过易用的软件探索和查看染色质开放性图谱。

  • 为期一天的实验室流程

    为期一天的实验室流程

    在一天之内完成从样品到可测序文库的过程。

  • 兼容不同的样本

    兼容不同的样本

    经验证适用于细胞系、原代细胞以及新鲜和冷冻组织样本。

探索您的应用

  • 定义细胞类型和细胞状态

  • 鉴定主要的调控因子

  • 探索顺式调控元件,如启动子和增强子

  • 描绘基因调控网络

经过验证的结果

查看全部

经过验证的结果

视频

观看视频,了解客户如何使用Chromium单细胞ATAC

文献

Single-cell multiomic analysis identifies regulatory programs in mixed-phenotype acute leukemia

Single-cell multiomic analysis identifies regulatory programs in mixed-phenotype acute leukemia

Nature Biotechnology, 2019, Jeffrey M Granja, et al.

Nature Biotechnology, 2019, Jeffrey M Granja, et al.

Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion

Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion

Nature Biotechnology, 2018, Ansuman T Satpathy, et al.

Nature Biotechnology, 2018, Ansuman T Satpathy, et al.

Hic1 Defines Quiescent Mesenchymal Progenitor Subpopulations with Distinct Functions and Fates in Skeletal Muscle Regeneration

Hic1 Defines Quiescent Mesenchymal Progenitor Subpopulations with Distinct Functions and Fates in Skeletal Muscle Regeneration

Cell Stem Cell. 2019, R Wilder Scott, et al.

Cell Stem Cell. 2019, R Wilder Scott, et al.

Rapid Generation of Somatic Mouse Mosaics with Locus-Specific, Stably Integrated Transgenic Elements

Rapid Generation of Somatic Mouse Mosaics with Locus-Specific, Stably Integrated Transgenic Elements

Cell. 2019, Gi Bum Kim, et al.

Cell. 2019, Gi Bum Kim, et al.

资源

查找有关Chromium单细胞ATAC的最新应用指南及其他文档

Deciphering Epigenetic Regulation with Single Cell ATAC-Seq

Deciphering Epigenetic Regulation with Single Cell ATAC-Seq

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

Single Cell ATAC-Seq for Characterization of Complex Biological Systems

Single Cell ATAC-Seq for Characterization of Complex Biological Systems

Application Note, 10x Genomics

Application Note, 10x Genomics

完整的解决方案

基于Next GEM技术的Chromium仪器

基于Next GEM技术的Chromium仪器

小巧灵活

Chromium单细胞ATAC试剂

Chromium单细胞ATAC试剂

利用我们试剂盒内的转座酶检测开放染色质区域,并生成可立即测序的NGS文库。

分析和可视化软件

分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

  1. 1Step 1

    样本制备

    从分离自细胞培养物、原代细胞、新鲜或冷冻组织的细胞核悬液开始。

    资源
  2. 2Step 2

    文库构建

    利用我们的试剂盒和Chromium Controller构建带有10x条形码的单细胞ATAC-seq文库。首先对细胞核进行大规模转座,然后利用Chromium Controller将带有10x条形码的凝胶珠封装起来。在每个纳升级的液滴中,转座后的DNA片段带有10x条形码标记,而每个条形码序列代表一个独特的细胞。

    资源
  3. 3Step 3

    测序

    第2步所生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现数千个单细胞的大规模转录分析。

    资源
  4. 4Step 4

    数据分析

    我们的Cell Ranger ATAC分析软件会为每个细胞生成开放的染色质图谱,识别具有相似图谱和检出峰的细胞簇,并可以汇总来自多个样本的数据。

    分析流程输出

    输出内容包括质量控制信息和文件,这些都可以在我们的Loupe可视化软件或第三方的R工具或Python工具中轻松地进行进一步分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据可视化

    利用我们的Loupe Browser可视化软件,您可以交互式地探索实验结果,研究目的基因的表达模式,确定细胞类型,并开展细胞簇和样本之间的比较分析。

    只有生物信息专家才能使用吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都可以轻松下载和使用。

    资源

常见问题

它能够以单细胞分辨率分析开放染色质景观。

可以,需要使用第三方工具。如果想了解更多信息,请观看我们的在线研讨会。

利用Seurat v3将多种类型的单细胞数据整合起来与哪些类型的样品兼容?

需要以细胞核悬液作为起始。您可以从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中获得高质量的细胞核悬液。此分析已针对人类和小鼠样品进行优化,也可能适用于其他物种。

来自细胞系的大量细胞ATAC-seq和单细胞ATAC-seq的比较结果表明,单细胞ATAC-seq回收的峰占大量细胞ATAC-seq的90%以上。单细胞ATAC-seq还具有从特定细胞类型的水平查看染色质图谱的分辨率。

ATAC-seq能够捕获所有的开放染色质区域,而不仅仅是那些与特定因子结合的区域。这是一种无偏的方法,能够寻找样本内的表观遗传变化。对于具有已知序列结合基序的蛋白质,附带的软件可以逐个细胞地识别在开放染色质中富集的那些基序。

相关产品

产品

单细胞ATAC

View details

单细胞基因表达

View details

单细胞免疫分析

View details

空间基因表达

View details
性能
  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 多样本混合检测
  • 全长配对的TCR/BCR序列
  • 5’全转录组基因表达
  • 靶向基因表达
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 靶向基因表达
  • 兼容FFPE组织切片和新鲜冷冻组织切片
扩展应用
  • Cell Surface Protein
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测
  • Cell Surface Protein
  • Antigen Specificity
  • Spatial Gene Expression with Immunofluorescence
  • 免疫荧光蛋白共检测
仪器
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
  • Chromium Connect
Single Cell Gene Expression

开始探索